Model-based Comparative Prediction of Transcription-Factor Binding Motifs in Anabolic Responses in Bone

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摘要 理解控制全球基因表达模式的改变的规章的机制继续是在计算生物学的一项挑战性的任务。我们以前开发了一个蚂蚁算法,为微数组数据的一种生物学上启发的计算技术,和预言的通常认为的抄写因素绑定主题(TFBM)通过模仿国王自然蚂蚁的交互行为。这里,我们把算法扩大了到一套基于万维网的软件,蚂蚁Modeler,并且使用了它调查transcriptional机制内在的骨头形成。机械装载和骨头morphogenic蛋白质(BMP)的管理是二个已知的处理加强骨头。我们探讨了一个问题:有任何TFBM,刺激“机械装载的anabolism的回答”并且“调停BMP的osteogenic发信号”吗?尽管在在二回答的基因之中没有重要重叠,比较基于模型的分析建议二个独立osteogenic过程采用普通TFBM,例如一个压力为peroxisome的应答的元素和一个主题激活proliferator的受体(PPAR)。在用老鼠造骨细胞房间的vitro分析的modeling以后响应机械装载支持了象PPAR,Ikaros3,和LMO2那样的预言的TFBM的参与。总起来说,结果将是有用的导出一套可试验的假设并且在骨头形成的复杂transcriptional控制检验特定的管理者的角色。
机构地区 不详
出版日期 2007年03月13日(中国期刊网平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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