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  • 简介:摘要如病毒是引起急性胃肠炎的主要病原体之一,极易突变和重组,型别众多。研究早期采用VP1区氨基酸序列对如病毒进行分型及鉴定。由于处在或接近聚合酶和衣壳区的重叠区为重组发生的热点区域,因此国际上提出使用聚合酶和衣壳区的双区域分型系统。目前基于2 s标准的双区域分型方法,聚合酶区可分为10个基因组及76种基因型,包括2个暂定基因组及16种暂定基因型,VP1可分为12个基因组及53种基因型,包括2个暂定基因组及5种暂定基因型。暂定基因组和基因型有待进一步型别鉴定和基因组划分。本文对如病毒分子特征、不同分型方法的原理、序列扩增方法、在线分型工具及最新的基因分型研究进展进行综述。

  • 标签: 诺如病毒 基因分型 聚合酶区 衣壳区
  • 简介:摘要目的调查北京市宾馆住宿场所工作人员的如病毒隐性感染状况及宾馆住宿场所和旅游大巴车中如病毒污染情况,为如病毒防控提供科学参考依据。方法采用横断面调查方法,按照方便抽样的原则,抽取北京市16个区内的宾馆住宿场所以及旅游人员集中区域的旅游大巴车,采集环境标本,并采集相关工作人员肛拭子标本,使用荧光定量PCR技术进行如病毒核酸检测。采用描述性方法分析不同场所环境中如病毒污染情况和人员隐性感染情况。结果共采集北京市宾馆住宿场所工作人员肛拭子标本320件,环境涂抹标本640件,其中工作人员如病毒隐性感染率为0.94%,厨师隐性感染率为0.99%,环境污染阳性率为0.16%。旅游大巴车环境涂抹标本180件,未检出如病毒。结论在2019年如病毒非流行季期间北京市宾馆住宿场所中,工作人员如病毒感染率较低,环境中存在如病毒污染,为避免或减少旅游团体如疫情的发生,需进一步做好针对性的防控工作。

  • 标签: 诺如病毒 污染状况 隐性感染
  • 简介:摘要目的调查北京市市售结球生菜如病毒(norovirus,NoV)和轮状病毒(rotavirus,RV)污染情况。方法2015年11月至2016年10月,在北京市某菜市场摊位采集结球生菜54件。用离心法和直接法,分别对应3种洗脱液洗脱菜叶中病毒并浓缩,用荧光PCR法检测NoV和RV核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增NoV阳性样本的衣壳蛋白区基因,PCR产物直接测序,用BioEdit7.0. 9.0软件进行序列比对,用MEGA6.06软件构建进化树。结果54件结球生菜,未检出RV。NoV总检出率为11.1%(6/54),其中GI组1件、GⅡ组3件、GI/GⅡ组混合2件。春夏秋冬季检出率依次为8.3%(1/12)、0.0%(0/8)、28.6%(4/14)和5.0%(1/20)。1件GⅡ阳性样本测序成功,为GⅡ.3基因型,该毒株与2014年广东省人源毒株KY348698相似性最高100.0%。结论北京市市售部分结球生菜存在人源NoV污染,生食未洗净结球生菜有引起病毒性急性胃肠炎的风险。

  • 标签: 结球生菜 诺如病毒 轮状病毒 基因型
  • 简介:摘要目的对2016—2019年北京市GII.2[P16]如病毒全长基因组进行系统进化分析。方法收集2016—2019年北京市GII.2[P16]如病毒毒株,采用一步法RT-PCR对基因组全长进行分段扩增,应用BioEdit软件分析核苷酸相似性和氨基酸变异情况,采用BEAST软件分别构建衣壳蛋白(major capsid protein,VP1)区和RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)区全长序列的贝叶斯进化树,结合流行病学资料对毒株进化特征进行分析。结果测得44个毒株的全基因组序列,其VP1和RdRp基因分型一致。进化分析显示北京市2017年5月以后毒株形成新亚群并分为两个分支,分别以2017—2018年和2018—2019年毒株为主。该亚群毒株在VP1区均存在Val256Ile点突变,但RdRp区没有发现氨基酸变异位点。流行病学数据表明,北京市GII.2[P16]型如病毒从2016年10月输入,2017年3月至6月为暴发高峰,2017年7月以后暴发数量明显降低,但2018年底暴发又有所增加。结论北京市GII.2[P16]如病毒新变异株2017年5月之后基因特征有所改变,暴发强度降低,但仍具有传播风险。

  • 标签: 诺如病毒 全基因组 进化分析