简介：摘要目的探讨D-CAG方案治疗初次诱导缓解失败的急性髓系白血病（AML）的转录组学机制及其临床疗效。方法以"decitabine"为检索词在基因表达综合（GEO）数据库中检索2021年8月28日前使用地西他滨前后AML细胞转录组数据，使用R语言包对数据进行差异表达分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）和基因本体（GO）富集分析。采用STRING在线分析网站进行蛋白质互作网络（PPI）分析。利用基于逻辑组学理论设计的表观精准治疗预测平台（EpiMed）进行药物-疾病-靶点关联分析。检索并分析2015年10月8日至2018年7月9日在解放军第三○五医院使用标准蒽环类药物和阿糖胞苷方案（"3+7"方案）诱导缓解失败后使用D-CAG方案治疗的18例AML患者临床资料，评价患者疗效，并分析各药物使用剂量和使用时间对疗效的影响。结果最终选择GPL5188平台GSE40442数据集中地西他滨使用前后AML细胞转录组数据，更新时间为2014年7月10日。共筛选出差异基因366个，其中表达上调的基因201个，表达下调的基因165个。差异基因主要与细胞周期调节，骨髓白细胞迁移、分化，转录调控和骨髓造血等信号通路相关。PPI分析筛选得到ANXA5、IL-10、THBS1、TLR4、JUN和CXCL12等10个核心基因。药物-疾病-靶点分析发现地西他滨对弥漫大B细胞淋巴瘤、血小板减少症、急性T淋巴细胞白血病、再生障碍性贫血、AML等多种血液疾病具有潜在治疗作用。18例患者初次诱导缓解后获得部分缓解（PR）7例（38.8%），未缓解（NR）11例（61.2%）；再次诱导缓解方案1个疗程后完全缓解（CR）9例，PR 5例，NR 4例，总有效率（ORR）77.8%（14/18）。初次诱导获得PR者较NR者在二次诱导时CR率高，分别为85.7%（6/7）和27.3%（3/11），差异具有统计学意义（P＝0.049）。CR患者阿糖胞苷中位使用时间低于NR患者[10 d（7~14 d）比5 d（2~8 d），Z＝3.89，P＝0.002]；CR患者骨髓原始细胞数与阿糖胞苷使用时间的比值中位数少于NR患者[2.29（0.89~9.10）比8.10（3.00~38.50），Z＝-2.19，P＝0.006]；CR患者阿糖胞苷的中位剂量低于NR患者，分别为50 mg·m-2·d-1（30~150 mg·m-2·d-1）和100 mg·m-2·d-1（50~500 mg·m-2·d-1），差异无统计学意义（Z＝-1.80，P＝0.074）。结论初次诱导达PR的初次诱导缓解失败的AML患者使用D-CAG方案治疗可能更易达CR，这种改变可能与地西他滨的表观调控作用相关。

简介：摘要目的探讨冠状病毒感染所致心力衰竭（心衰）的机制，并预测对其可能有效的药物。方法在基因表达数据库（GEO）检索冠状病毒和心衰，并筛选符合实验要求的组学数据。采用R语言Limma程序包进行差异表达基因分析，筛选差异表达基因。将两组差异基因导入R语言clusterProfiler包进行基因本体学（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，取两组结果的交集。采用STRING数据库对所有差异表达基因构建蛋白质互作网络并筛选核心基因。最后采用团队自主研发的表观精准治疗预测平台EpiMed预测冠状病毒所致心衰的治疗药物。结果在GEO数据库检索并筛选得到GSE59185冠状病毒数据集，根据不同的亚型分为wt组、∆E组、∆3组、∆5组、对照组5组样本，差异分析发现各亚组交集上调基因191‌个，下调基因18‌个。在GEO数据库检索并筛选得到GSE126062心衰数据集，共筛选差异表达基因495‌个，其中上调165‌个，下调330‌个。冠状病毒与心衰差异表达基因富集分析，取交集处理共有GO条目20条，主要富集在病毒反应、病毒防御反应、Ⅰ型干扰素反应、γ干扰素调节、先天免疫反应调节、病毒生命周期负调控、病毒基因组复制调控等；共有5条KEGG通路，主要与肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素（IL）-17信号通路、细胞因子与受体相互作用、Toll样受体信号通路、人类巨细胞病毒感染有关。蛋白互作网络分析筛选出信号传导及转录激活蛋白3、IL-10、IL-17、TNF、干扰素调节因子9、2′, 5′-寡腺苷酸合成酶1、丝裂原活化蛋白激酶3、S-腺苷甲硫氨酸基区域蛋白2、CXC趋化因子配体10、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3共10‌个核心基因。EpiMed平台预测可能对冠状病毒所致心衰有效的药物为TNF-α抑制剂、白藜醇、利托那韦、白芍、维甲酸、连翘、鱼腥草等。结论多个炎症通路的异常活化可能是冠状病毒感染所致心衰的原因，白藜芦醇、利托那韦、维甲酸、白芍、连翘、鱼腥草可能对其具有治疗作用。

简介：摘要目的分析血管紧张素转换酶2(angiotensin converting enzyme 2，ACE2)抑制性突变相关炎症机制及其潜在干预药物，为治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)提供参考。方法从肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas，TCGA)数据库筛选具有ACE2突变的肺腺癌数据，采用R程序语言edgeR包与clusterProfiler包对数据进行差异分析、基因本体学(gene ontology，GO)功能富集分析与京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG)通路富集分析。使用String在线分析网站对差异基因进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络分析，筛选出核心基因。应用表观精准治疗预测平台(Epigenomic Precision Medicine Prediction Platform，EpiMed)对关键基因进行多组学关联分析和药物预测。结果共得到差异基因1 005个，其中表达上调91个，下调914个。GO富集71条，其中生物学进程45条，细胞组分16条，分子功能10条。KEGG通路共富集13条，主要富集在炎症通路、病毒感染性疾病、转录调控、药物代谢和蛋白质消化吸收相关通路。PPI网络分析共得到252个蛋白质，H2A簇状组蛋白16、H3簇状组蛋白2、H3簇状组蛋白7、H3簇状组蛋白11、H3簇状组蛋白3、H2B簇状组蛋白3、H2B簇状组蛋白6、H4簇状组蛋白2、H1-4接头组蛋白、H2A簇状组蛋白4为筛选出的10个核心基因。α干扰素、白藜芦醇、塞来昔布、鱼腥草、连翘、地塞米松、白头翁、肿瘤坏死因子α抑制剂、甘草和泛昔洛韦可能是治疗ACE2突变相关炎症的药物。结论ACE2抑制性突变相关炎症与COVID-19发病机制类似，通过激活促进丝裂原活化蛋白激酶、Janus激酶/信号转导及转录激活因子和哺乳动物雷帕霉素靶蛋白等炎症通路导致疾病发生，白藜芦醇、干扰素、塞来昔布等药物可能对COVID-19具有潜在治疗作用。

简介：摘要目的分析严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV)感染所致急性肺损伤的机制及潜在干预药物，为治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)提供参考。方法使用基因表达数据库(Gene Expression Ominibus, GEO)筛选SARS-CoV转录组数据，使用R语言包对数据进行差异表达分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)和基因本体学(Gene Ontology, GO)富集分析。使用STRING在线分析网站进行蛋白质互作网络分析，筛选出关键基因。再应用表观精准治疗预测平台(Epigenomic Precision Medicine Prediction Platform, EpiMed)对关键基因进行多组学关联分析和潜在治疗药物预测。结果选择SARS-CoV全基因组表达谱数据，共筛选出差异基因3 606个，其中上调2 148个，下调1 458个。GO富集主要与病毒感染、白细胞迁移与粘附、急性炎症反应和胶原蛋白分泌等有关。KEGG富集主要与信号转导、急性炎症、免疫反应等有关。蛋白互作网络分析筛选得到PTPRC、TIMP1、ICAM1和IL1B等10个肺损伤相关的关键基因。EpiMed平台预测出白头翁、虎杖、TNF-α抑制剂、泛昔洛韦、氟伐他汀等药物具有潜在治疗作用。结论SARS-CoV感染可通过激活一系列炎症相关分子引发肺损伤，可能有效的治疗药物包括白头翁、虎杖、TNF-α抑制剂、泛昔洛韦和氟伐他汀。

简介：摘要目的通过对SARS病毒转录组数据进行临床生物信息学分析，探讨免疫损伤组学机制，预测针对性治疗药物，并为COVID-19的临床治疗提供参考。方法收集公共基因表达数据库(Gene Expression Omnibus，GEO)中的SARS病毒转录组数据并筛选差异基因，应用富集分析、蛋白质相互作用分析探讨SARS病毒感染相关免疫损伤机制，并应用表观精准治疗平台预测潜在治疗药物。结果SARS病毒感染相关免疫损伤机制复杂，包括通过Toll样受体等信号通路影响免疫细胞的功能、通过Th17信号通路诱导血浆细胞因子水平升高，以及通过IL-6、NF-κB、TNF等分子生成自身抗体介导自身免疫应答等。川穹、益赛普等药物可能对SARS病毒感染相关免疫损伤具有治疗作用。结论SARS病毒能够引起大量免疫相关分子及信号通路的异常，川穹、益赛普等药物可能对SARS病毒感染相关免疫损伤具有治疗作用。本研究可为COVID-19的临床治疗提供参考。