简介：摘要目的明确2022年云南省某中学一起急性肠胃炎暴发疫情的病原和基因特征。方法采集这起暴发疫情中的学生和厨工病例的肛拭子，使用诺如病毒GⅠ/GⅡ双通道核酸检测试剂盒定性检测。GⅠ和GⅡ阳性的样本分别采用引物G1SKF/G1SKR和MON431/G2SKR进行病毒扩增和测序，通过在线分型工具及系统进化分析确定病毒基因型别。结果共采集58份肛拭子，实验室检测阳性率为53.45%（31/58）。其中，GⅠ阳性样本22份，GⅡ阳性样本14份，GⅠ和GⅡ合并感染样本5份。31份阳性样本基因测序获得毒株序列22株，包括诺如病毒GⅠ型15株，其中GⅠ.6[P6]型9株、GⅠ6.[P11]型6株；诺如病毒GⅡ.4[P16]型7株。结论本起疫情由诺如病毒GⅠ.6[P6]型、GⅠ.6[P11]型和GⅡ.4[P16]型混合感染引起，这是云南省首次在诺如病毒暴发疫情中检出GⅠ型。

简介：摘要目的明确2018—2020年丽江市手足口病（hand，foot and mouth disease，HFMD）的流行情况及2020年EV-A71分离株的基因特征。方法对收集到的2018—2020年丽江市HFMD患者粪便标本进行核酸检测，结果为EV-A71阳性的标本进行病毒分离，扩增其VP1区，获得的序列与参考株构建系统进化树。结果2018—2019年，丽江市HFMD报告病例以≤5岁儿童为主。历年男性病例数均高于女性，但男女性病例阳性检出率差异无统计学意义。构成丽江市HFMD主要病原的是EV-A71、CV-A16和其他EV。其中EV-A71阳性病例2018年1份（0.48%，1/210），2019年未检出，2020年159份（66.53%，159/239）。系统进化分析显示丽江市EV-A71分离株均处于C4a分支，分离株间核苷酸和氨基酸同源性分别是99.44%~100%和99.65%~100%，与攀枝花参考株核苷酸和氨基酸同源性分别是99.10%~100%和98.99%~100%。所有丽江分离株在中国大陆EV-A71常见的氨基酸变异位点均发生了S283T和A293S突变，在B细胞抗原中和表位中的氨基酸序列均未发生改变。结论其他EV、CV-A16和EV-A71作为丽江市2018—2020年的HFMD流行的优势病原交替出现。2020年丽江市流行的EV-A71均为C4a亚型，与攀枝花参考株亲缘关系最近，考虑为攀枝花市输入传播。

简介：摘要目的了解云南省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)监测中分离到的2株柯萨奇病毒A12型(Coxsackievirus A12, CV-A12)VP1区基因序列特征。方法对HFMD监测中获得的临床标本开展RD细胞上的病毒分离培养，通过荧光定量PCR和测序方法鉴定为CV-A12的毒株，进一步对其VP1区进行序列测定，并搜集GenBank中CV-A12其他型别的参考株，共同构建系统进化树，分析CV-A12的VP1区基因特征。结果获得2株CV-A12分离株的VP1区序列(888 bp)，与2018年的云南参考株毒株同源性最高，其VP1区氨基酸在多个位点上与其他云南参考株存在特异突变。结论云南省HFMD标本中发现的CV-A12已经发生地区特异性VP1基因变异。

简介：摘要目的了解2016—2018年昆明市手足口病病原构成情况，阐明昆明市流行的柯萨奇病毒A组6型（CV-A6）基因特征。方法对2016—2018年云南省手足口病实验室监测系统收集的昆明市手足口病患儿样本使用CV-A16和肠道病毒71型（EV-A71）+ EV通用型核酸检测试剂盒进行实时荧光RT-PCR检测，并对非EV-A71和非CV-A16阳性样本进行普通RT-PCR扩增得到VP1全长序列。用MEGA 5.2软件对本次研究分离到的昆明市CV-A6毒株序列与参考序列构建系统进化树，分析其分子流行病学特征。结果2016—2018年昆明市手足口病病原监测结果显示，昆明市实验室诊断手足口病共2 318例，其中，检出EV-A71阳性417例，CV-A16阳性883例，其他EV阳性1 018例。2016年的优势病原为CV-A16（50.26%），2017和2018年优势病原均为其他EV，分别占56.06%和54.03%。从其他EV共分离出CV-A6毒株57株，均属于国内流行的D3a亚型。结论2016—2018年引起昆明市儿童手足口病的主要病原体是CV-A16和其他EV，应加强常规监测中其他EV的监测，并关注CV-A6毒株的持续流行。