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  • 简介:摘要目的筛选与结肠癌预后相关长链非编码RNA(lncRNA),并构建结肠癌预后风险模型。方法数据提取时间:建库至2022年3月1日。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载并整理结肠癌转录组数据,构建配对样本lncRNA表达矩阵,利用“edgeR”R包筛选获得差异表达lncRNA(DElncRNA)。对DElncRNA先后行COX回归模型单变量分析、Lasso回归分析、Kaplan-Meier(K-M)生存分析、多元COX回归模型分析,获取预后相关lncRNA。依据多元COX回归模型中回归系数构建结肠癌预后风险模型。通过C指数值、时间依赖的受试者工作特征曲线(ROC)和ROC下的面积(AUC)及K-M生存分析评估模型预测的准确性。对模型中lncRNA构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络,对相关的mRNA进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组大百科全书数据库(KEGG)富集分析,探索lncRNA影响结肠癌进展的机制。结果整理转录组数据得到5 460个lncRNA,配对样本分析获得DElncRNA 868个,其中上调548个、下调320个。单变量COX回归分析后获得40个lncRNA,经Lasso回归分析过滤共线性因素,得到lncRNA 34个,K-M生存分析后,得出14个候选lncRNA。再进行多元COX回归分析,得到7个预后相关lncRNA(下调:LINC01132;上调:ELFN1-AS1、RP5-884M6.1、LINC00461、RP1-79C4.4、RP4-816N1.7、RP3-380B8.4),依据回归系数构建预后风险模型模型的C指数值为0.82;3年和5年的AUC值分别为0.79、0.84;进行K-M生存分析提示高低风险组生存率差异有统计学意义(P<0.000 1)。随后构建ceRNA网络,通过KEGG富集分析提示下调lncRNA可能是通过肌动蛋白细胞骨架的调控、癌症中蛋白聚糖、PI3K-Akt信号通路等抑制结肠癌进展,上调lncRNA可能是通过细胞粘附分子、局灶性粘连、吞噬体等通路促进结肠癌进展。结论本研究构建了一个包含7个lncRNA的结肠癌预后风险模型,具有较好预测患者生存预后准确性,每个lncRNA是潜在单独的预后生物标志物,对临床上结肠癌患者预后评估具有一定参考价值。

  • 标签: 结肠癌 结直肠癌 TCGA lncRNA 预后模型