简介：摘要目的评估三种商业化试剂盒对新型冠状病毒奥密克戎变异株核酸检测的效果。方法收集2021年12月北京市监测发现的经测序分析确定为新型冠状病毒奥密克戎变异株的咽拭子标本8份，同时收集北京市2021年11月监测发现的新型冠状病毒德尔塔变异株咽拭子标本5份，用三种针对新型冠状病毒奥密克戎变异株的商业化荧光定量RT-PCR试剂盒进行检测，对检测效果进行比较分析。取其中两份Ct值较低的样本10倍系列稀释5个梯度，用于比较检测试剂的灵敏性。结果三种试剂盒均能特异性地检出8份奥密克戎变异株和5份非奥密克戎株（德尔塔变异株）。试剂A和B的灵敏性高于试剂盒C一个稀释度。结论三种试剂盒均能特异性地检测奥密克戎变异株。试剂盒A核酸用量最少，虽然只检测一个变异位点（Q498R），但该位点是奥密克戎变异株特有的，从而使实验操作和结果判定都更简便。

简介：摘要目的调查北京市市售结球生菜诺如病毒(norovirus，NoV)和轮状病毒(rotavirus，RV)污染情况。方法2015年11月至2016年10月，在北京市某菜市场摊位采集结球生菜54件。用离心法和直接法，分别对应3种洗脱液洗脱菜叶中病毒并浓缩，用荧光PCR法检测NoV和RV核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增NoV阳性样本的衣壳蛋白区基因，PCR产物直接测序，用BioEdit7.0. 9.0软件进行序列比对，用MEGA6.06软件构建进化树。结果54件结球生菜，未检出RV。NoV总检出率为11.1%(6/54)，其中GI组1件、GⅡ组3件、GI/GⅡ组混合2件。春夏秋冬季检出率依次为8.3%(1/12)、0.0%(0/8)、28.6%(4/14)和5.0%(1/20)。1件GⅡ阳性样本测序成功，为GⅡ.3基因型，该毒株与2014年广东省人源毒株KY348698相似性最高100.0%。结论北京市市售部分结球生菜存在人源NoV污染，生食未洗净结球生菜有引起病毒性急性胃肠炎的风险。

简介：摘要诺如病毒是引起急性胃肠炎的主要病原体之一，极易突变和重组，型别众多。研究早期采用VP1区氨基酸序列对诺如病毒进行分型及鉴定。由于处在或接近聚合酶和衣壳区的重叠区为重组发生的热点区域，因此国际上提出使用聚合酶和衣壳区的双区域分型系统。目前基于2 s标准的双区域分型方法，聚合酶区可分为10个基因组及76种基因型，包括2个暂定基因组及16种暂定基因型，VP1可分为12个基因组及53种基因型，包括2个暂定基因组及5种暂定基因型。暂定基因组和基因型有待进一步型别鉴定和基因组划分。本文对诺如病毒分子特征、不同分型方法的原理、序列扩增方法、在线分型工具及最新的基因分型研究进展进行综述。

简介：摘要目的了解北京市肠道门诊腹泻病例中札如病毒（sapovirus，SaV）的感染特征。方法收集2019年肠道门诊腹泻病例流行病学和临床表现相关资料，应用x2检验或Fisher检验比较不同组间检出率；采集患者粪便标本，应用不同种PCR方法对腹泻病例粪便标本进行札如病毒检测，并进行基因分型。结果1 047例腹泻病例粪便标本中，SaV检出率为2.77%（29/1 047），成功测序16株，GI组11株，GII组4株，GIV组1株。春季检出率5.24%（x2=8.857，P=0.031）高于其他季节；远郊区检出率5.00%（x2=8.906，P=0.012）高于城区及近郊区；不同性别、年龄组检出率差异均无统计学意义。腹泻、恶心、呕吐及腹痛为SaV腹泻病例的主要临床症状。结论SaV是北京市腹泻病例的病原之一，春季和远郊区检出率高，GI组为主要基因型别。

简介：摘要目的对2016—2019年北京市GII.2[P16]诺如病毒全长基因组进行系统进化分析。方法收集2016—2019年北京市GII.2[P16]诺如病毒毒株，采用一步法RT-PCR对基因组全长进行分段扩增，应用BioEdit软件分析核苷酸相似性和氨基酸变异情况，采用BEAST软件分别构建衣壳蛋白（major capsid protein，VP1）区和RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase，RdRp）区全长序列的贝叶斯进化树，结合流行病学资料对毒株进化特征进行分析。结果测得44个毒株的全基因组序列，其VP1和RdRp基因分型一致。进化分析显示北京市2017年5月以后毒株形成新亚群并分为两个分支，分别以2017—2018年和2018—2019年毒株为主。该亚群毒株在VP1区均存在Val256Ile点突变，但RdRp区没有发现氨基酸变异位点。流行病学数据表明，北京市GII.2[P16]型诺如病毒从2016年10月输入，2017年3月至6月为暴发高峰，2017年7月以后暴发数量明显降低,但2018年底暴发又有所增加。结论北京市GII.2[P16]诺如病毒新变异株2017年5月之后基因特征有所改变，暴发强度降低，但仍具有传播风险。