简介：摘要目的分析河南省境外输入2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)毒株的基因组进化特征及变异情况。方法纳入2020年5月至12月河南省报告的16例境外输入新型冠状病毒肺炎确诊病例，采集患者咽拭子标本送至河南省疾病预防控制中心进行全基因组测序。以全球共享流感数据倡议组织平台上公布的SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1作为参考序列，采用MEGA X软件进行序列比对和分析，并采用最大似然法构建系统进化树。结果16例病例中，13例来自俄罗斯，2例来自缅甸，1例来自乌克兰。共获得16条基因组长度为29 804~29 882 bp的2019-nCoV基因组序列。共检测到145个核苷酸突变位点和80个氨基酸突变位点，所有序列均存在C241T、C3037T、C14408T、A23403G核苷酸位点突变，以及刺突蛋白区D614G氨基酸位点突变。BetaCov/HEN02/Human/2020、BetaCov/HEN04/Human/2020和BetaCov/HEN05/Human/2020毒株基因组的第29704位点出现碱基A插入，所有序列均未发现缺失变异。系统进化树分析显示，16株毒株与目前流行的需关注的变异株均无相关性。结论2020年5月至12月河南省境外输入病例的2019-nCoV毒株基因组突变呈现随机性和多样性，均不属于需关注的变异株。

简介：摘要目的了解引起河南省2021年11月COVID-19暴发疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征，分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法收集病例急性期咽拭子标本，应用实时荧光RT-PCR方法对SARS-CoV-2核酸进行检测。选取SARS-CoV-2核酸阳性样本进行高通量基因序列测定和全基因组序列比对分析。结果核酸检测显示，70例阳性标本ORF1ab基因Ct值的中位数为26.41(15.58~39.27)，N基因Ct值的中位数为24.43(12.04~39.74)。测序结果显示，同武汉参考株(NC_045512)序列相比，测序成功的63例本土病例SARS-CoV-2基因组序列存在47~49个核苷酸突变位点，共享47个突变位点和41个氨基酸变异位点，其中S蛋白区核苷酸突变位点9个，氨基酸变异位点为12个。指示病例与河南省10月14日俄罗斯输入病例和江西省10月本土病例共享47个突变位点，基因组高度同源，属于VOC/Delta变异株(AY.122进化分支)。结论应对境外输入性COVID-19进行持续监测，适当延长隔离观察期限，降低输入性COVID-19引起本地暴发与流行的风险；通过分析病毒基因组特征及核苷酸和氨基酸变异情况，进行快速溯源，为我省后续精准防控提供有力依据。

简介：摘要目的了解新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)确诊病例血清抗新型冠状病毒(2019 novel Coronavirus, 2019-nCoV)中和抗体动态变化规律及可能的影响因素。方法采用微量中和试验检测COVID-19确诊病例血清中和抗体，采用Excel 2007和SPSS 22.0对COVID-19病例血清中和抗体检测数据进行分析。结果采集、检测来自155个COVID-19病例的420份血清样本，包括急性期、恢复期和痊愈半年病例血清样本。采样时间为发病第0～221天。发病第1周血清中和抗体几何平均滴度(geometric mean titer, GMT)为1∶13，第2周为1∶31；个别病例发病第15天血清中和抗体滴度仍表现为<1∶4；发病第6～32周血清中和抗体GMT均超过1∶52(13×4)。以1∶64作为血清中和抗体保护水平分界点，急性期病例(0～14 d，0～2 w)、痊愈病例(36～63 d，6～9 w)和痊愈半年病例血清(183～210 d，27～30 w)中和抗体阳性率分别为30.56%、82.31%和86.52%。统计分析显示，除第1、2周以外，各周血清中和抗体水平无显著性差异(χ2＝9.270，P＝0.931)。病例血清中和抗体水平在性别、年龄、职业方面不存在统计学差异，普通型和轻型病例血清中和抗体水平不存在统计学差异(P>0.05)。结论COVID-19病例血清中和抗体水平仅与疾病进程具有统计学关联；中和抗体在感染后第3周整体上可达到保护性水平，并维持至发病后第30周。

简介：摘要目的动态监测COVID-19确诊患者SARS-CoV-2感染后体内特异性IgM和IgG抗体的变化特点，并分析其临床意义。方法收集2020年1月8日至2月21日在河南省疾病预防控制中心核酸检测阳性的56例COVID-19确诊患者不同病程的168份血清样本，已排除COVID-19的25例健康人群的血清样本作为对照组，采用化学发光法检测SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体。结果IgM抗体在发病后1～3周急剧上升，在发病后第3周达到峰值(21.78 AU/ml)；IgG抗体在发病后3～6周上升幅度最大，在发病后第9周达到峰值(81.58 AU/ml); IgM和IgG抗体水平与患者年龄和病程密切相关(P<0.05)。其中30～60岁组抗体水平最高，急性期、既往感染IgM抗体阳性率与抗体水平低于恢复期，急性期IgG抗体阳性率与抗体水平均低于恢复期和既往感染；在整个病程中，IgM和IgG抗体水平总体呈现急性期逐渐升高、恢复期达到高峰、既往感染下降并维持在一定水平的趋势。结论血清SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体检测可作为COVID-19的辅助诊断指标，对其连续观测有助于流行病学调查、血清学诊断及病程监测。