简介：摘要：目的：本研究采用RNA-Seq技术对福建三叶青和浙江三叶青进行转录组测序分析，并对黄酮苷生物合成差异性进行分析，初步探索三叶青糖苷类成分的生物合成机制。方法：该文采用Illumina HiSeqTM2500测序获得浙江和福建三叶青（不同期根、茎和叶等部位混合）的转录组数据，使用Trinity软件实现Unigene的denovo拼接，基于BLAST完成两者差异性Unigene的分析，采用KEGG数据库对黄酮苷生物合成相关代谢通路进行分析。结果：完成了福建和浙江两个样品的转录组测序，共获得22.80Gb Clean Data，两个产地三叶青样品Clean Data分别达到11.16Gb和11.19Gb，Q30碱基百分比分别达到88.79%和89.77%，并分析两者差异基因注释到KEGG数据库中的Unigene有26201条，其中与黄酮类生物合成途径有关的Unigene有72条，并解析三叶青主要黄酮类成分的生物合成途径。结论：本研究为福建和浙江三叶青基因克隆和分子生药学研究提供了丰富的基础数据信息，为三叶青苷类次生代谢物的生源途径、分子标记或辅助选育奠定基础。
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