简介:紫云英属于异花授粉植物,品种内个体基因型杂合,品种鉴定难度大。本研究以紫云英闽紫系列3个审定品种为材料,采用SSR标记进行取样策略对3个品种鉴别能力影响的研究。结果表明:(1)固定4对引物组合,从5~50进行梯度取样时,品种内的扩增位点总数、观测等位基因数趋于增多,但有效等位基因数、Shanon信息指数、遗传多样性指数增大到最大值后趋于下降,其中取样量为30时总体样品出现最大值;随着样品量的增加,品种间Nei氏遗传距离以及分子方差分析的品种间期望变异系数比例值(PhiPT)均呈减少趋势,但PhiPT值的置信度在增大;(2)固定品种的样品容量为30和50,再加入2对能扩增出在品种间形成频率差异的标记位点的SSR引物对,基于这6对SSR引物可以将参试的3个紫云英品种有效的区分,品种间期望变异系数比例值(PhiPT)提高且差异的置信度为极显著。主成分分析进一步表明:3个参试品种30个样品与50个样品的散布状况基本一致。对紫云英取样策略的研究表明:为提高对参试品种的鉴别能力,样品取样量以30株为宜,即达到较佳鉴别效果又降低分析成本。
简介:以水稻单株谷重及其氮素反应指数作为耐低氮能力指标,分析不同施氮水平下水稻种质资源的耐低氮能力以及单株谷重及其氮素反应指数与其他农艺性状的相关关系。结果表明,水稻种质资源的耐低氮能力在不同施氮水平间均有较大差异,多数农艺性状的表型差异顺序为未施氮〉施低氮〉普通施氮;不同施氮水平间单株谷重、单株草重和穗数的差异大于其他农艺性状。在不同施氮水平下,单株谷重与单株草重均呈极显著正相关;单株谷重的氮素反应指数与单株谷重、单株草重和谷草比均呈极显著正相关。在未施氮水平下,单株谷重与株高、穗数、穗粒数和单株草重的相关性以及单株谷重的氮素反应指数与穗数、单株谷重、单株草重和谷草比的相关性比施低氮或普通施氮水平更为密切。花峰稻、中作9059、旱稻9号、旱稻502和IRAT359等种质资源表现较迟钝的氮素反应,具有较强的耐低氮能力。
简介:以国家桑树种质资源圃华南分圃中保存的160份果桑种质资源为材料,对桑椹高花色苷及抗氧化能力种质资源进行了筛选与评价。结果表明,其总花色苷含量、总抗氧化能力和DPPH清除能力的变幅分别为106.5~1472.0mg/L、5.4~32.3mmol/mL和33.7%~87.8%,表现出明显的品种间差异。113份二倍体和47份四倍体果桑种质资源桑椹中的花色苷含量、总抗氧化能力和DPPH清除率差异较大,但差异无统计学意义(P>0.05)。聚类分析表明,160份果桑种质资源可分为6大类群,分别由13、11、56、44、10和26份种质构成。桑椹的总抗氧化能力、DPPH清除率和总花色苷含量呈极显著(P﹤0.01)正相关,表明桑椹的抗氧化能力与其所含的总花色苷类物质密切相关。本研究筛选出了一批高花色苷和抗氧化能力的果桑种质资源,可用于高花色苷和高抗氧化能力果桑新品种的培育。
简介:生长素应答因子(ARF,auxinresponsefactors)是一类可以结合在生长素应答基因启动子部位的转录因子,在植物的生长发育中起至关重要的作用。本研究以谷子为材料,共鉴定出24个ARF基因,命名为SiARFs。利用生物信息学对谷子SiARFs基因的结构、染色体分布、基因倍增模式、系统进化以及基因的表达模式进行分析。结果表明,SiARF基因家族在染色体上呈不均匀分布,除2号染色体外,其他染色体上都有该家族基因,基因的扩增模式为分散复制与片段复制。SiARFs基因家族具有相对保守的结构,即包含1个保守的B3DNA结构域、ARF结构域和Aux/IAA结构域,ARF蛋白的3D结构含有3个α螺旋和7个β折叠结构。进化树分析表明谷子ARF蛋白和物种相近的高粱、玉米聚在一起。大多数ARF基因在谷子根、茎、叶和穗中都有表达,且不同基因表达量有较大差异。
简介:目的构建烟曲霉额外拷贝菌株,了解额外拷贝烟曲霉sho1、pbs2基因能否增强菌株对高渗透压、过氧化氢(H:O2)、碱性pH、刚果红应激的抵抗能力,探讨HOG通路(highosmolarityglycerolpathway)参与的应激反应。方法用原生质体法构建分别含有烟曲霉sho1、pbs2基因的额外拷贝菌株,采用Real-timePCR方法检测额外拷贝株中sho1、pbs2的表达情况。观察并比较缺陷株、额外拷贝株对NaCl(1mol/L)、H2O2(5mmol/L)、刚果红(400mg/L)及碱性pH(10.0)应激的反应。结果获得了含有烟曲霉sho1、pbs2基因的额外拷贝菌株MCsho1、MCpbs2,和含空白质粒的对照株Empty。额外拷贝株sho1、pbs2的表达水平增高,对NaCl(1mol/L)、H2O2(5mmol/L)、刚果红(400mg/L)、碱性pH(10.0)应激的抵抗强于Empty。MCpbs2对这些应激的抵抗较MCsho1更显著。烟曲霉缺陷株△sho1、△pbs2对NaCl(1mol/L)、H2O2(5mmol/L)、碱性pH(10.0)的敏感性高于野生株AF293。△sho1对刚果红(400mg/L)的敏感性高于野生株,△pbs2对刚果红的敏感性与野生株比,无显著差别。结论额外拷贝烟曲霉sho1或pbs2基因能增强菌株对高渗透压、氧化压力、刚果红、碱性pH应激的抵抗能力。
简介:目的分析新生隐球菌荚膜多糖GXM对小鼠神经小胶质细胞能量代谢和凋亡的影响.方法①采用紫外分光光度计检测GXM干预后的神经小胶质细胞能量产物ATP含量的改变情况.②采用AnnexinV-异硫氰酸荧光素(fluoresceinisothiocyanate,FITC)/碘化丙啶(propidiumiodide,PI)双标记法流式细胞术检测GXM细胞诱导神经小胶质细胞凋亡的情况.结果①GXM体外可诱导神经小胶质细胞产ATP能力下降.②GXM体外可诱导神经小胶质细胞的凋亡.结论新生隐球菌可通过GXM诱导能量代谢紊乱和凋亡来对神经小胶质细胞产生影响.
简介:目的评估BDPhoenix^TM酵母菌鉴定板对酵母菌的鉴定能力.方法选取白念珠菌18株,热带念珠菌22株,光滑念珠菌19株,克柔念珠菌8株,近平滑念珠菌20株,新生隐球菌14株,季也蒙念珠菌4株,平常念珠菌1株,葡萄牙念珠菌1株,头状地霉2株,挪威念珠菌1株,链状念珠菌1株,乳酒念珠菌1株,希木龙念珠菌1株,解脂念珠菌3株,皱褶念珠菌1株,菌膜念珠菌3株,共计120株.借助Phoenix^TM100全自动微生物鉴定仪,使用BDPhoenix^TM酵母菌鉴定板鉴定上述菌株.用真菌通用引物ITS1与ITS4对所有受试菌株的rDNA进行PCR扩增,对PCR产物进行序列测定、分析并作为金标准与BDPhoenix^TM酵母菌鉴定板的结果比较,同时使用MALDI-TOFMS质谱分析对试验菌株进行菌种鉴定.结果BDPhoenix^TM酵母菌鉴定板除了对1株挪威念珠菌、1株平常念珠菌、1株解脂念珠菌、1株皱褶念珠菌未能鉴定以及1株链状念珠菌、1株克柔念珠菌、2株菌膜念珠菌、1株解脂念珠菌鉴定错误外其余试验菌株鉴定均正确,鉴定准确率为92.5%.所有鉴定结果均在17h内获得,而白念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌的鉴定时间均小于6h,并且不受推荐培养基的限制.所有菌株MALDI-TOFMS的鉴定结果与其rDNAITS序列分析的结果完全一致.结论BDPhoenix^TM酵母菌鉴定板对多数酵母菌能够快速准确地鉴定到种,但对某些少见酵母菌的鉴定能力有待进一步考证.
简介:采用2种分层方法、3种确定组内取样量方法和2种个体选择方法,分析了3255份燕麦种质资源的12个农艺性状的数据,构建出13个初级核心种质样本。为确定这些样本代表性,分别与总体进行了7个指标的比较,包括数量性状的极差、符合度、平均数、表型方差、遗传多样性指数方差、变异系数及质量性状的频率分布。结果表明。2种分层方法产生的样本在代表性上差异不明显;3种确定组内取样量方法以比例法的代表性最好,对数法的代表性其次,平方根法的代表性最差;在个体选择中,聚类法明显好于随机法。因此,在燕麦核心种质的构建中,先按省份分组,再按比例法确定组内取样量,通过聚类结果选择个体为最佳取样策略。
简介:选取15%的总体取样比例,采用2种分组方法、3种组内取样量比例和2种组内个体选择方法,分析了476份广西甘薯种质资源的18个农艺性状数据,构建出13个甘薯初级核心种质样本。为确定这些样本的代表性.分别与总体进行了5个指标的比较,包括表型保留比例、表型频率方差、遗传多样性指数、变异系数、极差符合率。结果表明,按资源类型分组优于按来源地分组;组内取样量以对数法代表性最好,简单比例法的代表性其次,平方根法最差;在个体选择中,最小距离逐步取样法优于随机法。因此,按资源类型分组,再按对数比例法确定组内取样量,通过最小距离逐步取样法选择个体是甘薯核心种质构建的最佳取样策略。
简介:目的克隆、测序近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列并进行生物信息学分析。方法运用生物信息学的方法,通过与白念珠菌ERG11基因碱基序列同源性比对,在近平滑念珠菌基因组(www.sanger.ac.uk/sequencing/Candida/parapsilosis/)中寻找可能的ERG11基因序列(CpERG11),并据此序列设计引物,经PCR扩增近平滑念珠菌标准株(ATCC22019)的ERG11基因片段,产物经电泳、纯化、克隆到质粒prG-AMAI-NotI中,转染DH10B大肠杆菌细胞,并酶切鉴定筛选阳性克隆测序分析。结果近平滑念珠菌ERG11编码区由1569个碱基组成,编码一段含522个氨基酸的多肽。近平滑念珠菌ERG11的编码区序列与白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、酿酒酵母菌ERG11基因的同源性分别为74%、75%、65%、64%。该近平滑念珠菌ERG11的编码区为唑类药物作用靶酶基因。结论成功克隆、测序、并生物信息学分析近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列,为进一步的功能研究奠定基础。
简介:对用固相扣除杂交方法从低温驯化沙冬青克隆得到的AmLEA5基因进行表达模式分析和生物信息学分析,表明该基因编码一种第5族胚胎发育晚期丰富蛋白(LEA),全长693bp,含有1个297bp的开放阅读框,编码98个氨基酸,预测Am-LEA5的分子量为10.6kDa,是一种亲水性蛋白,有多个磷酸化位点。密码子偏好性分析表明该基因略偏好于用A或T结尾的密码子。系统发生分析表明,AmLEA5蛋白与蒺藜苜蓿LEA(ACJ84182.1)亲缘关系最近。qRT-PCR结果显示AmLEA5的表达量在低温、干旱、盐和热胁迫条件下均有上调,尤其在低温胁迫后期富集量最高。亚细胞定位表明,用YFP标记的AmLEA5位于细胞质和细胞核内。一系列试验结果表明AmLEA5基因在沙冬青抵御非生物胁迫,尤其是在抵御低温胁迫机制中发挥重要作用。
简介:Fibrillin11(FBN11)是植物质体中FBN蛋白家族的重要成员之一,比其他成员多300~500个氨基酸残基,说明其可能存在某些特异性结构和功能。本研究在水稻幼苗中扩增获得到了一个受非生物逆境胁迫诱导的OsFBN11基因的全长cDNA,该基因含有12个内含子和13个外显子。其编码蛋白的分子量为72.36kD,pI值为9.26。生物信息学分析结果表明,该蛋白含有无规则卷曲、α螺旋和β-折叠3种氨基酸二级结构,不含有跨膜结构域,蛋白亲水性强,PSORT软件预测该蛋白可能定位于叶绿体中。进一步对14种植物FBN11蛋白的同源性和5个物种该蛋白的保守结构域分析,发现该蛋白兼有典型的PAP-Fibrillin结构域和蛋白激酶PKc结构域。水稻全生育期芯片分析显示该基因主要在愈伤组织、叶片和根系中高水平表达。RT-PCR检测结果显示,该基因在水稻幼苗中受ABA、NaCl和干旱胁迫处理上调表达。上述结果表明,OsFBN11可能在水稻质体发育和抗非生物胁迫反应中发挥重要作用。
简介:在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLOunigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157-0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5-9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15-50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过qRT-PCR试验验证,结果表明:这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。
简介:NAC转录因子是高等植物所特有的具有多种生物功能的转录因子,在植物生长发育、抵抗逆境和激素调节等过程中发挥着重要作用。本研究利用RACE-PCR技术,克隆获得了紫花苜蓿NAC转录因子MsNAC1(GenBank登录号为JN099384.1)基因的cDNA序列。生物信息学分析显示,MsNAC1基因的开放阅读框(ORF)为993bp,编码一个由330个氨基酸残基组成的亲水性蛋白,N-端具有保守的NAM结构域,C-端高度变异,具备NAC转录因子的基本特征;MsNAC1蛋白被定位在细胞核中,含有2条核定位信号序列,具有9个糖基化位点和23个磷酸化位点,三级结构为对称的同型二聚体。多重比对发现,MsNAC1蛋白与拟南芥ATAF1和水稻OsNAC6蛋白的同源性较高;系统进化分析表明,MsNAC1蛋白属于NAC转录因子家族中的ATAF亚族,与ATAF1的亲缘关系最近。非生物逆境胁迫下的表达分析显示,MsNAC1基因在高盐、干旱和低温胁迫下表达量均呈现先上调后下调的趋势,不同处理时间的差异达到极显著水平,并且根中的表达量上调幅度高于叶片,说明该基因可能参与调控非生物逆境胁迫的生理响应。