简介：

简介：摘要 目的：通过分析 GEO数据库中食管癌的芯片数据集，挖掘差异表达基因，并在 TCGA数据库中验证，寻找食管癌的候选肿瘤标志物。方法：分析 GEO数据库中食管癌的三个芯片数据集 GSE17351、 GSE75241、 GSE89102，分别搜索差异表达基因，利用韦恩软件寻找核心基因。在 TCGA数据库中验证核心基因，并且进行 GO功能注释和 KEGG代谢通路分析。最后对通过验证的核心基因进行生存分析。结果： GSE17351芯片数据集筛选出 618个差异表达基因，其中下调基因 265个，上调基因 353个； GSE75241芯片数据集筛选出 1652个差异表达基因，其中下调基因 481个，上调基因 1171个； GSE89102芯片数据集筛选出 7939个差异表达基因，其中下调基因 312个，上调基因 7627个。利用韦恩软件，发现核心基因 115个，上调基因 94个，下调基因 94个。在 TCGA数据库中进行了验证、 GO功能注释和 KEGG代谢通路分析。对通过验证的核心基因进行生存分析，发现 CDKN3、 NUP155、 RAD51AP1可以作为食管癌的候选肿瘤标志物。

简介：目的分析人不同发育阶段表皮干细胞基因表达变化特征，探讨其可能的生物学意义。方法收集胎龄28～32周胎儿、4～12岁少儿、35～55岁成人3组正常皮肤组织标本，每组10例。采用胰蛋白酶和乙二胺四乙酸联合消化法分离表皮，Ⅳ型胶原快速黏附法分离、纯化表皮干细胞，免疫细胞化学染色法行整合素β1、角蛋白19单克隆抗体检测鉴定。Trizol一步法分别提取各组细胞总RNA，琼脂糖甲醛变性凝胶电泳质检。制备探针并与表达谱芯片进行杂交，扫描芯片荧光信号图像。对芯片图像进行分析，以2倍差异表达值筛选差异表达基因。选择明显上调或下调的基因，用实时RT—PCR技术进一步验证相关基因。结果与少儿组比较，成人组差异表达基因1808个，其中上调的基因1089个、下调的基因719个，已知基因1462个、未知基因346个。少儿组样本与胎儿组比较，差异表达基因4534个，其中上调的基因1783个、下调的基因2751个，已知基因3577个、未知基因957个。根据基因功能分类，成人组与少儿组差异表达基因可分为128类，少儿组与胎儿组差异表达基因可分为216类。1104个基因在胎儿组、少儿组与成人组样本中呈持续差异表达，根据基因功能分为32类。实验检测到持续差异表达基因中，有94个差异表达基因呈持续上调状，75个差异表达基因呈持续下调趋势。实时RT—PCR验证结果与芯片筛选结果一致。结论体外培养的胎儿、少儿与成人表皮干细胞基因表达谱有明显不同，其差异可能与不同发育阶段人表皮干细胞的增殖分化能力及皮肤创伤修复能力不同密切相关。

简介：目的探讨护骨素（OPG）A163G、瘦素受体（LEPR）Gln223Arg和过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARγ）C161T3个单核苷酸多态性（SNPs）与糖皮质激素性骨质疏松症（GIO）的关系。方法选择哈尔滨医科大学附属第一医院肾内科患者采用限制性片断长度多态性法,在208例健康对照组、168例非GIO组和104例GIO组中分析A163G、Gln223Arg和C161T多态性的基因型分布;应用双能X线骨密度仪（DEXA）测定股骨、腰椎等部位的骨密度。结果在单基因研究中,GIO组患者与健康对照组比较,A163G和C161T基因型和等位基因频率差异有显著意义（P〈0.05）;采用多基因联合分析,OPGGG纯合子中,PPARγTT纯合子GIO患病率显著增高（OR=2.04,95%CI1.26～3.67,P=0.02）。结论OPGA163G和PPARγC161T多态性可能与GIO的发病相关;在GIO人群中,OPGA163G和PPARγC161T多态可能有协同作用。