简介:从农业(USDA)米饭收集的美国部门的36个米饭条目的基因差异用103ILP(intron长度多型性)和54SSR(简单顺序重复)被估计标记。236和332等位基因的一个总数被ILP和SSR标记分别地检测。平均,SSR标记比ILP标记生产了更高的多型性信息内容价值和等位基因的数字。而Nei的基因距离测量了,使用SSR标记比用ILP标记测量了的高得多。壁炉架的测试显示有统计上重要的关联(r=0.827,P<0.001)在二个标记系统之间。基于ILP和SSR标记聚类的UPGMA导致了一致dendrograms。cophenetic关联系数(r=0.918,0.878和0.924,P<0.001为ILP,SSR和联合标记,分别地)证明高度精确的dendrogram在这些条目之中代表了基因距离。36个条目被划分成四个组。四非洲的Oryzaglaberrima就职在不同的组(I)以内被聚类,并且留下的条目被分开成三个组(II,III和IV)。所有条目能也被聚类进二个主要的组:一个人由III和IV组成,看作了indica组,并且其他人由构成我(O。glaberrima)并且II(像装饰用的梨树)。当indica组分享了混合祖先时,基于模型的簇分析表明像装饰用的梨树的组维持了很纯的祖先,特别为组III,它有七混合与组IV从19.5%~30.0%祖先分享(基于SSR标记)。ILP和SSR标记能为基因学习是很有用的并且在米饭繁殖,这被建议。
简介:ToinvestigategeneticdiversitiesamongtheAAgenomeOryzaspeciesintheSoutheastandSouthAsia,atotalof428accessionsoftheAAgenomeOryzaspeciesweregenotypedusing36simplesequencerepeats(SSR)markersdistributedthroughoutthericegenome.Allofthe36SSRmarkersgeneratedpolymorphicbands,revealing100%polymorphism.Thenumberofallelesperlocusrangedfrom3to17withthemeanof8.6.TheNei’sgeneticdiversityindex(He)rangedfrom0.337atRM455to0.865atRM169withanaveragevalueof0.650.ThegeneticdiversityoftheAAgenomeOryzaspeciesintheSoutheastAsiawasobviouslyhigherthanthatintheSouthAsia.AmongthedetectedOryzaspeciesintheSouthandSoutheastAsia,O.rufipogonshowedthehighestgeneticdiversity.Meanwhile,ahighergeneticdifferentiation(Fst)wasfoundamongthedetectedOryzaspeciesintheSoutheastAsiathanintheSouthAsia.TheFstvaluebetweenO.nivaraandO.sativawasthehighest.Theresultsfromthenumberofspecificalleles,specificloci,andallelefrequencyconfirmedthegreatergeneticvariationamongthedetectedspecies.Inaddition,thespecificalleleinRM161displayedhigherfrequency(0.193),suggestingitsimportantfunctioninidentifyingOryzaspeciesofAAgenome.
简介:由使用能识别栽培米饭(OryzasativaL)的二亚种(indica和装饰用的梨树)的19份教材,从在Yuanjiang的普通野米饭(OryzarufipogonGriff)的自然人口的56个个人的indica装饰用的梨树区别被SSR分析(微卫星DNA,或简单顺序重复)。19份教材,17对(89.47%)能个人在所有之中放大一个种仅仅乐队类型,但是教材RM251andRM18能放大多态的乐队类型。16份教材(84.21%)放大的乐队与indica装饰用的梨树相同在栽培米饭的相关地点的诊断乐队,包括11像装饰用的梨树的loci和4象indica一样loci。乐队由另外的三份教材放大了(RM18,RM202,RM205)与indica或装饰用的梨树不同栽培米饭的诊断乐队。结果证明根据分析的19loci,在Yuanjiang的普通野米饭的SSRlociingenomic脱氧核糖核酸的84.21%显示了indica装饰用的梨树区别,13.79%loci仍然保持原始,并且大多数检测loci是在自然人口基因的人。
简介:有在家和国外的好吃的质量的60常规装饰用的梨树米饭就职的差异用SSR分子的标记,农学的特点和味道特征被分析。290等位基因的一个总数在72SSRloci在60就职被检测,高类似系数在0.600和0.924之间变化。染色体5上的loci在平均等位基因数字显示出最大的价值。另外,大多数SSRloci能检测3~4等位基因。UPGMAdendrogram基于基因类似系数的簇分析证明米饭就职的部分的组织趋势是地理相关的并且大多数在江苏省的米饭就职,中国一起被聚类。而且,来自南方的许多国内就职和在中国的北方起源接近了外国装饰用的梨树米饭变化,从外国高质量的来源由他们的家谱起源证明了。为味道特征,尽管他们来自不同地理区域,有优秀味觉的就职的部分清楚地被聚类进一个范畴,它显示一些变化的味道特征主要是遗传上坚定的。另外,有好味觉的装饰用的梨树米饭的农学的特点可能仔细与他们的地理起源,而是在优异味道特征和农学的特点之间的关系被联系应该进一步被澄清。
简介:四十个SSR标记被用来在在1950年代并且在种的151个中国主要米饭变化比较基因差异变化最近十年。40SSRloci,39被发现当时,多态一地点(RM479)monomorphic。213等位基因的一个总数从39多态的loci被识别。等位基因的平均数字每地点(Na)具有5.5,从2~11。Nei的基因差异索引(他)在RM418从0.309atRM174在loci之中急速地变化了到0.869,与0.649的平均值。在在indica和装饰用的梨树亚种之间的SSRallelic差异的在那里存在的重要差别,和indica在Na两个都比装饰用的梨树有更多的变化并且他。由有在Na的基因变化的比较并且他,在1950年代种的变化有更多的等位基因,这被揭示并且更高他比那些在里面最近为indica的十年和装饰用的梨树米饭。为Na的二亚种之间的差别随着时间的过去在一个趋势是重要的(indica:z=2.677,P=0.007;装饰用的梨树:z=3.441,P=0.001),然而并非为重要他(indica:z=1.471,P=0.141;装饰用的梨树:z=1.932,P=0.053)。分子的变化(AMOVA)的分析显示了那在那里存在的重要差别(P<0.05)在在二个时期,更多的遗传变异被indica(Fst=0.050)和装饰用的梨树贡献之间的遗传变异(Fst=0.082)子集。用locus-by-locusAMOVA过程,重要基因区别为indica变化和11loci在13loci(RM21,RM128,RM147,RM169,RM190,RM221,RM231,RM251,RM253,RM317,RM341,RM418,和RM478)被观察(RM101,RM135,RM152,RM159,RM169RM190RM251RM253RM311,RM418,和RM478)为在二时期之间的装饰用的梨树一。Itwas发现一些等位基因作为与那些in1950s作比较沉醉于当前的主要米饭变化。因此,利用更多的相异的精英应该是必要的为在当前的米饭繁殖的遗传背景的扩展的基因资源编程序。