简介：摘要：基因芯片技术能够一次性将大量探针固定在支持物上，因此可以同时对待测样品进行序列检测及分析，从而避免了传统核酸印迹杂交技术操作繁杂、检测序列数量少、自动化程度低等不足。由于其显著的优势，使得基因芯片自从产生以来，就备受人们关注。近几年，分子生物学发展迅速，促进了基因芯片技术不断优化和完善，日益成熟，使其在各领域中被广泛应用。基因芯片技术系统、全面、高通量的优势与中医药多靶点、多效应、整体观的理论具有同一性，基于此，本文进一步论述基因芯片技术在中医药研究中的应用，希望给相关科学研究提供参考数据。

简介：摘要目的建立同时检测疱疹病毒(human herpesvirus, HHV)-6A、B和核糖核酸酶P/MRP 30 kDa亚基(RPP30)的三重芯片式数字PCR(chip digital PCR，cdPCR)方法确定HHV-6A与HHV-6B感染的病毒载量，及高病毒载量的HHV-6是否由病毒整合到染色体导致。方法根据已建立的HHV-6A、HHV-6B实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR, RT-qPCR)方法，建立HHV-6三重cdPCR方法。分别使用HHV-6A、HHV-6B病毒培养物进行敏感性检测，并与其他疱疹病毒进行特异性检测。随后，使用127份全血样本进行三重cdPCR方法验证。结果HHV-6 cdPCR与RT-qPCR方法检测结果的相关性良好(R2>0.97)，且与其他疱疹病毒无交叉反应。对经RT-qPCR与cdPCR检测均为阳性的14份样本，经三重cdPCR方法检测，得到HHV-6A和HHV-6B的最低检测病毒载量分别为50拷贝/ml和105拷贝/ml。并且14份样本中HHV-6病毒载量与(RPP30拷贝数/2)的比值均小于1。结论建立的三重cdPCR具有较好的敏感性和特异性，且HHV-6三重cdPCR方法可以定量检测HHV-6A、HHV-6B的病毒载量以及RPP30的拷贝数。通过检测样本中HHV-6病毒载量与(RPP30拷贝数/2)的比值，可以确定高病毒载量的HHV-6是否存在染色体整合。

简介：摘要目的基于生物信息学方法，利用基因表达数据库（GEO）分析脓毒症相关长链非编码RNA（lncRNA）和mRNA表达谱，结合微小RNA（miRNA）数据库进行竞争性内源RNA（ceRNA）网络分析。方法从GEO数据库下载脓毒症相关lncRNA数据集，使用生物信息分析工具对数据集进行基因表达差异分析，得到差异表达lncRNA（DElncRNA）和差异表达mRNA（DEmRNA），并绘制聚类热图。通过miRNA结合图谱数据库（miRcode）预测与DElncRNA结合的miRNA，并检索miRNA靶基因数据库TargetScan、miRDB和mirTarBase筛选出同时满足3个数据库的靶mRNA，比对后得到lncRNA-miRNA-mRNA相互作用关系，导入调控网络可视化软件CytoScape中得到ceRNA网络。将ceRNA网络中的DEmRNA导入基因与蛋白质相互作用检索数据库（STRING），绘制基因编码蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图。对DEmRNA进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果在GEO数据库中通过检索、筛选获得两个脓毒症相关lncRNA芯片数据集，分别为GSE89376和GSE145227。差异分析显示，GSE89376数据集中老年脓毒症组有14个DElncRNA、359个DEmRNA，成人脓毒症组有8个DElncRNA、153个DEmRNA；GSE145227数据集中儿童脓毒症组有1 232个DElncRNA、1 224个DEmRNA。聚类热图显示，脓毒症组与对照组lncRNA和mRNA的表达存在明显差异；通过筛选的miRNA构建ceRNA网络，发现多个DElncRNA和DEmRNA参与了脓毒症的ceRNA网络。PPI网络图显示有多个基因编码蛋白相互作用，且分别与多个基因编码蛋白形成多节点的相互作用网络。在对相关基因进行功能注释及富集分析后发现，在核受体活性、配体激活的转录因子活性、类固醇激素受体活性等功能相关基因上可能存在串扰机制，并通过叉头框转录因子（FoxO）、Janus激酶/信号转导与转录激活因子（JAK/STAT）、p53、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）等信号通路发挥作用。结论通过构建脓毒症相关lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络，结合通路分析发现，脓毒症中存在多个lncRNA和mRNA参与ceRNA网络，并在多个重要信号通路上发挥作用。

简介：摘要目的利用生物信息学分析肾嫌色细胞癌基因表达谱芯片，寻找肾嫌色细胞癌发生的关键基因。方法从GEO数据库下载肾嫌色细胞癌基因芯片数据GSE15641和GSE11151，利用R软件中的"affy"、"limma"等R软件包进行差异表达基因筛选，结合DAVID和STRING在线生物信息学工具对差异表达基因进行调控网络分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，通过Cytoscape软件中的Cytohubba插件筛选Hub基因。结果共筛选出肾嫌色细胞癌差异表达基因261个，包括194个表达下调基因，67个表达上调基因。对差异表达基因进行基因富集(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析以挖掘其生物学功能，其中GO富集分析中的生物学过程(BP)主要富集于细胞分泌、糖异生和细胞增殖调控；在细胞组成(CC)主要富集于细胞外泌体、细胞质膜及其组成部分；在分子功能(MF)主要富集于肝素结合，在KEGG通路分析中主要富集于代谢通路、抗体的生物合成、蛋白质消化吸收、肾素-血管紧张素系统等。利用在线生物信息学工具构建PPI网络，通过Cytoscape软件中的Cytohubba插件筛选前10位Hub基因，分别是胡椒酸和肌氨酸氧化酶(PIPOX)、羟基酸氧化酶2(HAO2)、犬尿氨酸-3-单加氧酶(KMO)、溶质转运家族2成员2(SLC2A2)、甲酰亚胺基转移酶环脱氨酶(FTCD)、血管生成素(ANG)、催化多肽-1(APOBEC1)互补因子(A1CF)、重组表达醛脱氢酶8A1(ALDH8A1)、维生素D结合蛋白(GC)、血浆富含组氨酸糖蛋白(HRG)。结论利用生物信息学方法分析肾嫌色细胞癌的差异表达基因，可有效发掘这些差异表达基因的相互作用信息，为肾嫌色细胞癌的治疗提供新的思路。

简介：摘要目的利用生物信息学分析肾嫌色细胞癌基因表达谱芯片，寻找肾嫌色细胞癌发生的关键基因。方法从GEO数据库下载肾嫌色细胞癌基因芯片数据GSE15641和GSE11151，利用R软件中的"affy"、"limma"等R软件包进行差异表达基因筛选，结合DAVID和STRING在线生物信息学工具对差异表达基因进行调控网络分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，通过Cytoscape软件中的Cytohubba插件筛选Hub基因。结果共筛选出肾嫌色细胞癌差异表达基因261个，包括194个表达下调基因，67个表达上调基因。对差异表达基因进行基因富集(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析以挖掘其生物学功能，其中GO富集分析中的生物学过程(BP)主要富集于细胞分泌、糖异生和细胞增殖调控；在细胞组成(CC)主要富集于细胞外泌体、细胞质膜及其组成部分；在分子功能(MF)主要富集于肝素结合，在KEGG通路分析中主要富集于代谢通路、抗体的生物合成、蛋白质消化吸收、肾素-血管紧张素系统等。利用在线生物信息学工具构建PPI网络，通过Cytoscape软件中的Cytohubba插件筛选前10位Hub基因，分别是胡椒酸和肌氨酸氧化酶(PIPOX)、羟基酸氧化酶2(HAO2)、犬尿氨酸-3-单加氧酶(KMO)、溶质转运家族2成员2(SLC2A2)、甲酰亚胺基转移酶环脱氨酶(FTCD)、血管生成素(ANG)、催化多肽-1(APOBEC1)互补因子(A1CF)、重组表达醛脱氢酶8A1(ALDH8A1)、维生素D结合蛋白(GC)、血浆富含组氨酸糖蛋白(HRG)。结论利用生物信息学方法分析肾嫌色细胞癌的差异表达基因，可有效发掘这些差异表达基因的相互作用信息，为肾嫌色细胞癌的治疗提供新的思路。

简介：【摘要】目的：探讨阴道微生物芯片技术应用在阴道分泌物念珠菌检测中的操作方式及其效果。方法：特选2020年5月至2021年5月我中心机构接受妇科阴道分泌物常规检测的患者60例进行研究分析。采用阴道微生物芯片技术开展检测，基于甲酚蓝试剂检测结果为金标准，判断阴道微生物芯片技术的检验结果准确性。结果：阴道微生物芯片技术与甲酚蓝检测结果高度相似，差异无统计学意义，P＞0.05。结论：阴道微生物芯片技术能够有效应用于阴道分泌物念球菌的检测，检测结果可靠性较高，值得推广。

简介：摘要目的通过对正常人和慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者肺组织的芯片数据进行生物信息学分析，探究参与调控COPD的Hub基因及其在COPD中的作用。方法从GEO数据库中下载mRNA表达谱数据集GSE106986，筛选出正常人和COPD患者这2组样本的肺组织之间的差异表达基因，并对其进行功能注释，根据蛋白质互作网络筛选出参与COPD调控的Hub基因。使用CIBERSORT数据库进行免疫细胞类群分析，进而探讨Hub基因在COPD中的作用。结果GSE106986及KEGG信号通路富集分析显示共有47个差异表达基因，其中有37个上调基因主要参与疟疾、氨基糖/核苷酸的糖代谢、果糖/甘露糖代谢和补体途径，而10个下调基因主要参与脂肪酸生物合成过程。基因本体论富集分析表明，差异表达基因主要参与对细菌的防御反应、细胞外基质和结构的形成及负性调节凝血等生物过程。蛋白质互作网络分析共筛选出Hub基因：FGG、FGA、IL-6、SERPINE1、SPP1。结合CIBERSORT数据库对2组样本进行免疫细胞类群分析发现，Hub基因SPP1可能主要通过作用于树突状细胞、单核细胞或巨噬细胞参与COPD的发生、发展。结论COPD患者肺组织中差异基因表达可能导致代谢及细胞生物功能异常，而SPP1基因则可能通过作用于上述免疫细胞参与COPD的发生、发展。

简介：摘要目的将Goldengate高通量耳聋基因芯片应用于大前庭水管综合征患者，验证芯片的准确性及有效性，为制定更加详细的大前庭水管综合征遗传检测策略提供参考。方法2016年8月至2018年2月利用本研究团队研发的Goldengate高通量耳聋检测芯片，检测15例确诊为大前庭水管综合征耳聋患者及60例健康人对照样本，并利用Sanger测序法验证芯片检测结果。所有大前庭水管综合征患者均进行SLC26A4基因测序，并与芯片结果进行对比分析。结果12/15患者通过芯片检测出SLC26A4基因突变，通过芯片检测和SLC26A4基因直接测序共检出9种突变，其中7种突变被两种方法均检出，该芯片可检测出SLC26A4基因直接测序法所提供的等位基因信息的93.33%（28/30）。除SLC26A4基因以外，15例大前庭水管综合征患者通过芯片还同时检测出GJB2、PCDH15、TMC1、MYO6以及线粒体基因的突变，并均经过Sanger测序法得到验证。结论Goldengate高通量耳聋基因芯片具有检测覆盖广、准确性高等特点，可作为大前庭水管综合征患者的初步检测手段。

简介：【摘要】目的：观察分析在念珠菌性阴道炎临床诊断中采用阴道微生物芯片法进行检测的价值。方法：将2018年01月至2020年06月我院接收的200例疑似念珠菌阴道炎患者的引导分泌物标本列为研究对象，对所有标本实施常规湿片镜检，将检查结果列为湿片组。另对所有标本实施阴道微生物芯片法检测，将该检测结果列为芯片组。将实施真菌显色培养法的诊断结果为标准值。观察比较芯片组与湿片组的诊断效能。结果：使用真菌显色培养法共诊断出178例念珠菌性阴道炎，芯片组的念珠菌性阴道炎阳性检出率82.50%与标准值89.00%存在一定的差异，但无统计学意义（P＞0.05），但湿片组的阳性检出率68.50%与标准值89.00%存在显著差异，组间比较有较大的差别（

简介：无

简介：摘要目的探讨结直肠癌组织(CRC)芯片中蛋白磷酸酶2A的癌性抑制因子(CIP2A)、c-Myc的表达及临床意义。方法采用免疫组织化学方法检测44例CRC组织及正常组织中CIP2A、c-Myc的表达，分析CIP2A、c-Myc表达与临床资料及预后的关系。采用χ2检验和Kaplan-Meier法结合Log-rank检验进行。结果CRC中CIP2A、c-Myc阳性率高于正常组织(59.1%、54.6%比25.0%、34.1%)。CIP2A、c-Myc表达与年龄、性别、肿瘤位置和肿瘤分期等因素无明显相关。CIP2A、c-Myc高表达患者比低表达患者5年总生存期低(60.0%、54.2%比73.7%、79.3%)。多因素分析表明，c-Myc高表达是影响CRC的独立不良预后因素。结论CIP2A、c-Myc共同参与CRC的发生和发展，并于肿瘤的恶性程度明显相关。