简介:研制人线粒体DNA(mitochondrialDNA,mtDNA)表达谱芯片,鉴定芯片的特异性和稳定性,完善芯片的制备和使用程序,优化实验参数,为线粒体功能研究提供物质基础及技术保障。以人mtDNA剑桥序列为标准,设计mtDNA编码的13种mRNA、2种rRNA和9种tRNA基因及蛋白产物定位于线粒体的核DNA(nDNA)编码的5种凋亡相关基因寡核苷酸探针。芯片点样仪点制芯片,进行荧光显示和洗脱,用其检测人宫颈癌上皮Hela细胞和人肾小管上皮Hc1细胞cDNA文库mtDNA编码基因及nDNA编码凋亡相关基因的差异表达情况。所点制的芯片扫描结果显示,样点分布均匀、清晰,规整度好,无漏点、连点。cDNA文库杂交鉴定结果显示,整张芯片荧光信号均匀一致,背景清晰,各基因重复样点杂交结果一致,各质控点能正常显示。成功制备了人mtDNA基因表达谱芯片,完善了该芯片的制备和使用程序,通过初步应用,证明所研制的人mtDNA基因表达谱芯片具有特异性高、稳定性好等优点,可用于不同组织或细胞样本cDNA文库mtDNA基因的差异表达分析。
简介:摘要目的探讨APELA基因启动子区甲基化水平与子痫前期的关联。方法系统回顾2007年至2017年GEO基因表达数据库中APELA基因cg02779075位点在6项胎盘全基因组甲基化研究中与子痫前期关联的甲基化改变。检测研究间异质性后,使用随机效应模型进行meta分析。同时回顾性收集2008年至2010年复旦大学附属妇产科医院17例子痫前期和24例正常产妇共41份胎盘组织样本,MassARRAY定量CpG位点甲基化水平,用荧光实时定量聚合酶链反应检测APELA基因表达。采用t检验或Mann-Whitney U检验对数据进行统计分析。结果(1)经检索获得的6项全基因组甲基化研究,异质性检测表明研究间存在显著异质性(I2=0.64,P=0.016),使用随机效应模型进行meta分析,cg02779075位点在子痫前期胎盘中甲基化水平显著下调(Pmeta=6.7×10-6)。(2)胎盘组织分析中,与正常产妇相比,子痫前期产妇CpG1[0.12(0.00~0.25)与0.21(0.09~0.33),U=-2.569]和CpG2[0.07(0.01~0.14)与0.17(0.09~0.34),U=-4.160]位点甲基化水平显著下调(P值均<0.05)。子痫前期胎盘中APELA基因表达上调,但差异无统计学意义(U=0.891,P=0.384)。结论子痫前期产妇胎盘中APELA基因启动子区甲基化调控异常。
简介:本研究旨在分析鉴定中国人群HLA—B位点一个新等位基因。应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR—SSOP)技术检测到一个与HLA—B*35:03:01相关的未知基因,应用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的心等位基因的序列差异。结果表明,先证者HLA-B位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*35:03:01相比,第3外显子387位碱基由C→G,并导致相应的105位密码子编码的氨基酸由CCC变为CCG,编码的氨基酸没有改变,仍为苯丙氨酸。结论:被测样本含有HLA-B新等位基因,WHOHLA因子命名委员会将其正式命名为HLA-B*35:03:07。
简介:摘要目的比较正常生育男性及少弱精子症患者DAZL基因启动子区域DNA甲基化水平的差异。方法采用病例对照研究,回顾性分析2018年6月至2019年6月期间于徐州医科大学附属连云港医院就诊的具有正常生育男性(对照组)15例和少弱精子症患者35例(少弱精子症组)的临床资料,对精液标本进行精子形态与精子浓度、活力分析。提取精液基因组DNA行亚硫酸氢盐处理,利用PCR体外扩增并将PCR产物经纯化后与pCR2.1载体连接及酶切验证,挑选阳性克隆进行测序和DNA甲基化程度差异比较。结果对照组DAZL基因启动子均呈低甲基化水平,甲基化率为0.96%±0.46%,少弱精子症组甲基化率为12.15%±11.35%,组间差异有统计学意义(P=0.000 4);DAZL基因甲基化率在少弱精子症组患者中个体差异明显,有12例(34.3%)患者DNA甲基化水平超过10%。结论DAZL基因启动子区域甲基化异常可能和少弱精子症有关,有望成为男性生精缺陷的生物学标志之一。
简介:目的探讨尸检老年不同年龄肝组织基因组DNA含量变化。方法选取低温(-80℃)保存尸检的新鲜肝组织样本37例,提取基因组DNA,并按照年龄分为4组:≤65(51.5±15.6)岁组6例,66~79(76.3±2.2)岁组8例,80~89(86.4±1.8)岁组11例,≥90(93.3±4.1)岁组12例,包括2例百岁老人,用紫外光谱法测定DNA含量并进行分析比较。结果(1)80~89岁组DNA含量(0.310±0.286)mg/ml,分别与≤65岁组DNA含量(1.665±0.529)mg/ml、66~79岁组DNA含量(1.393±0.424)mg/ml、≥90岁组DNA含量(1.147±0.333)mg/ml相比,均差异有统计学意义(P〈0.001),提示80~89岁组DNA含量明显降低;(2)≤65岁、66~79岁、≥90岁3组DNA含量比较,差异无统计学意义(P〉0.05),但基因组DNA含量有随龄逐渐降低的趋势;(3)≥90岁组DNA含量比80~89岁组DNA含量高。结论(1)人肝组织基因组DNA含量随年龄的增长而降低,表明在衰老过程中,DNA的改变不仅表现在质的方面,在含量上也有所变化;(2)≥90岁组基因组DNA含量出现略有增高的现象。
简介:目的:通过我市848例临床疑似及确诊病人标本的DNA微阵列法检测,了解我市结核分枝杆菌的耐药情况,为临床诊断和治疗提供依据。方法:采用结核分枝杆菌耐药基因检测试剂盒检测利福平和异烟肼耐药相关基因,采用加入0.5%N-乙酰-L-半胱氨酸优选液化和延长液化时间的方法,对实验进行优化。结果:848份标本中共检出结核分枝杆菌571例(67.33%),结核分枝杆菌的总耐药率为20.02%,MDR-TB占结核分枝杆菌的10.68%。结论:我市结核分枝杆菌耐药情况不容乐观。DNA微阵列法检测结核分枝杆菌的耐药基因能快速高效的为临床诊断和治疗提供依据,对实验的优化能提高耐药基因检出率。
简介:摘要目的建立一种简便方法,用于乙型肝炎病毒基因(HBVDNA)多态性分析。方法将标记生物素的dUTP在双重聚合酶链反应(PCR)时掺入DNA样品目的断片,并将目的断片杂交于含HBV核苷酸序列(1896、1814、1762、1764、P区552)的野生型及突变型探针的DNA芯片上,用亲和素-碱性磷酸酶进行显色,并转印于尼龙膜上,再用光学扫描仪读取结果。结果42例乙型肝炎患者HBV核苷酸序列1896、1814、1762、1764、P区552位点突变率分别为40%、31%、50%、50%、10%;该法检测敏感度为5.6×102病毒拷贝数/毫升;特异性高;强、弱阳性批内变异系数(CV)分别为15.1%和19.8%。结论生物素-亲和素系统用于HBVDNA多态性芯片显色,该法简便,不需特殊设备,易于推广应用。
简介:目的建立一种孕早早期、简便、快速且无创伤性检测胎儿常见B-地中海贫血突变的导流杂交检测技术,用于B-地中海贫血的产前诊断方法。方法采用PCR技术与低密度基因芯片导流杂交技术相结合,设计3组PCR引物单管多重PCR体系及18种DNA探针,用于快速检测100例妊娠6~14W贫血孕妇血浆游离胎儿DNA中缺失型B-地中海贫血。结果40例贫血孕妇血浆中游离胎儿DNA中,检出10例β-地中海贫血突变,分别为4例杂合子CD41/42(-TTCT),3例-28(A→G),3例CD17(A→T)突变型。结论采用该检测方法能快速准确检测出常见β-地中海贫血的突变,对于防止新的患儿出生、提高人口素质、减轻社会负担有着重要的作用。
简介:摘要目的对一个线粒体DNA耗竭综合征家系进行遗传基因变异分析,探讨其分子发病机制。方法提取家系中患者及其父母外周血基因组DNA,采用高通量测序技术检测致病基因变异,并对变异进行Sanger测序验证。结果发现患者DGUOK基因存在c.505_508delTATC的纯合变异,父母都是该位点的杂合变异携带者。c.505_508delTATC为未见报道的新变异位点,造成169位氨基酸由酪氨酸(Y)变异为精氨酸(R),随后编码框改变,在199位翻译提前终止,理论上产生截短蛋白p.Y169Rfs31X。结论c.505_508delTATC为DGUOK基因致病性变异,扩展了DGUOK基因变异谱。