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  • 简介:摘要目的筛选在肺腺癌(LUAD)中起关键作用的肿瘤干细胞相关基因(SRGs),并研究作用机制,和对患者预后的影响。方法从GEO数据库和TCGA数据库下载肺腺癌数据集的基因表达谱。使用R软件分析差异表达基因(DGEs),并和SRGs交叉分析,确定影响肺腺癌发生和预后的关键SRGs。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建方法对关键SRGs分析,利用GO和GSEA进行富集分析。使用TIMER数据库分析SRGs对肿瘤免疫浸润的影响。此外,分析SRGs与生存预后的关系。结果在数据集GSE68465中得到740个差异基因,在数据集GSE31210中得到364个差异基因,在数据集GSE115002中得到859个差异基因,在TCGA数据集中得到4 464个差异基因,4个数据集与肿瘤干性基因集取交集得到干性基因CDCA8。采用GO和GSEA分析CDCA8主要参与有丝分裂过程,PPI分析得到核心基因,TIMER分析CDCA8与多种免疫细胞表达水平相关,高表达CDCA8肺腺癌患者预后较差。结论CDCA8作为SRGs参与肺腺癌发生发展过程,与肺腺癌免疫浸润相关,是肺腺癌患者生存与预后评价指标之一,并可为免疫治疗发展提供新的思路。

  • 标签: 肺肿瘤 腺癌 生物信息学 免疫细胞浸润 预后
  • 简介:摘要为探讨SCN8A基因突变相关婴儿痉挛症的临床特点与诊治,选择四川大学华西第二医院2019年9月收治的1例1岁9个月的SCN8A基因突变相关婴儿痉挛症患儿,采用回顾性分析方法对其临床表现和诊治过程进行分析。同时复习相关文献,总结SCN8A基因突变相关婴儿痉挛症的临床特点与诊治要点。本研究系国内首次关于SCN8A基因突变相关婴儿痉挛症的报道,且该患儿合并食管裂孔疝,目前在SCN8A基因突变患儿中尚未报道过。该例患儿在8月龄抽搐发作后出现了明显的发育倒退,联合应用多种抗癫痫药物效果欠佳,此次发作类型转变为婴儿痉挛症,入院后减停左乙拉西坦,应用促皮质素(ACTH)治疗,痉挛发作逐渐缓解。食管裂孔疝可能是SCN8A基因突变的一个表型,该例患儿扩展了SCN8A基因表型谱。SCN8A基因突变相关癫痫的抗癫痫药物选用钠离子通道阻滞剂治疗有效。SCN8A基因突变相关婴儿痉挛症应用ACTH治疗有一定效果。

  • 标签: SCN8A基因 婴儿痉挛症 癫痫 食管裂孔疝
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  • 简介:摘要目的分析河北省D8基因型麻疹病毒输入性疫情流行及基因型特征。方法对麻疹监测病例的流行特征进行分析,对采集的急性期咽拭子标本进行荧光定量RT-PCR鉴定、病毒分离培养及核苷酸序列测定和分析。结果监测到输入性D8基因型麻疹病例36例,主要集中在邯郸市的8个县(区),其中成安县确诊病例数最多,占报告病例数的58.33%(21/36),所有病例均出现了发热和出疹症状,2岁以下病例及无免疫史病例分别占全部发病数的55.55%(20/36)和86.11%(31/36),发生肺炎的儿童数占患病儿童总数的44.12%(15/34)。经基因亲缘性关系分析,输入性D8基因型与D8基因型WHO参考株(D8-Manchester.UNK/30.94)的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%~98.6%和97.3%,与我国本土基因型H1基因型参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为92.8%~93.1%和93.3%。结论D8基因型麻疹病毒输入性疫情已造成河北省内的本土传播,需要进一步加强麻疹病毒的分子流行病学监测,及早发现和处置疫情,提高适龄儿童麻疹类疫苗的覆盖率和及时接种率,避免院内交叉感染。

  • 标签: 麻疹病毒 基因型 特征 监测
  • 简介:摘要目的研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型(CV-A8)全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列,采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间,与原型株比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%;与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析,可将CV-A8分为5个基因型:A、B、C、D和E,本研究11株CV-A8分属于C(1株)、D(2株)、E(8株)3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%,P2区进化树图显示,本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近,P3区进化树图显示,本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性,非衣壳区呈现重组多样性,提示CV-A8正在经历变异动态变化; CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体,因此需要进一步加强监测CV-A8

  • 标签: 手足口病 柯萨奇病毒A组8型 分子进化 重组
  • 简介:摘要目的研究微小RNA-144-3p(miRNA-144-3p)靶向调控配对盒基因8(PAX8)对甲状腺癌细胞顺铂耐药性的影响。方法体外培养人甲状腺癌细胞株FTC-133,并构建对顺铂耐药的人甲状腺癌细胞株FTC-133,采用反转录PCR(RT-PCR)检测FTC-133细胞和顺铂耐药FTC-133细胞中miRNA-144-3p相对表达量。将顺铂耐药FTC-133细胞分为A组、B组、C组,A组不作任何处理,B组转染空质粒,C组转染pCDNA3. 1+miRNA-144-3p质粒,采用RT-PCR检测各组miRNA-144-3p、PAX8相对表达量,采用MTT法检测各组顺铂耐药细胞的半数抑制浓度(IC50)值;采用CCK-8法检测各组增殖率,采用流式细胞术检测各组凋亡率。结果顺铂耐药FTC-133细胞中miRNA-144-3p相对表达量显著高于FTC-133细胞[(0.93±0.24) vs (0.26±0.04), P<0.05];B组顺铂耐药FTC-133细胞IC50值、增殖率、凋亡率及miRNA-144-3p、PAX8相对表达量与A组比较差异无统计学意义(P>0.05);C组顺铂耐药FTC-133细胞IC50值、增殖率及miRNA-144-3p相对表达量显著高于B组(P<0.05),细胞凋亡率、PAX8相对表达量显著低于B组(P<0.05)。结论miRNA-144-3p过表达可能通过下调PAX8基因表达而增加甲状腺癌细胞的顺铂耐药性,促进甲状腺癌细胞增殖并抑制其凋亡。

  • 标签: 甲状腺肿瘤 细胞系,肿瘤 微RNAs PAX8转录因子 抗药性,肿瘤
  • 简介:摘要目的研究微小RNA-144-3p(miRNA-144-3p)靶向调控配对盒基因8(PAX8)对甲状腺癌细胞顺铂耐药性的影响。方法体外培养人甲状腺癌细胞株FTC-133,并构建对顺铂耐药的人甲状腺癌细胞株FTC-133,采用反转录PCR(RT-PCR)检测FTC-133细胞和顺铂耐药FTC-133细胞中miRNA-144-3p相对表达量。将顺铂耐药FTC-133细胞分为A组、B组、C组,A组不作任何处理,B组转染空质粒,C组转染pCDNA3. 1+miRNA-144-3p质粒,采用RT-PCR检测各组miRNA-144-3p、PAX8相对表达量,采用MTT法检测各组顺铂耐药细胞的半数抑制浓度(IC50)值;采用CCK-8法检测各组增殖率,采用流式细胞术检测各组凋亡率。结果顺铂耐药FTC-133细胞中miRNA-144-3p相对表达量显著高于FTC-133细胞[(0.93±0.24) vs (0.26±0.04), P<0.05];B组顺铂耐药FTC-133细胞IC50值、增殖率、凋亡率及miRNA-144-3p、PAX8相对表达量与A组比较差异无统计学意义(P>0.05);C组顺铂耐药FTC-133细胞IC50值、增殖率及miRNA-144-3p相对表达量显著高于B组(P<0.05),细胞凋亡率、PAX8相对表达量显著低于B组(P<0.05)。结论miRNA-144-3p过表达可能通过下调PAX8基因表达而增加甲状腺癌细胞的顺铂耐药性,促进甲状腺癌细胞增殖并抑制其凋亡。

  • 标签: 甲状腺肿瘤 细胞系,肿瘤 微RNAs PAX8转录因子 抗药性,肿瘤
  • 简介:摘要:药物是一把双刃剑,其在治疗患者疾病的同时,也可能会给患者带来一定的不良反应。加强患者用药指导,提高患者用药依从性,保证患者用药疗效及用药安全性,是临床药师义不容辞的重要职责。

  • 标签: 药师 用药指导 用药依从性
  • 简介:摘要目的分析囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)基因变异患儿临床特征。方法回顾性分析2013年12月至2020年10月就诊于重庆医科大学附属儿童医院经全外显子测序确定存在CFTR基因变异7例患儿的一般情况、临床表现、基因测序结果、诊断、治疗情况。结果7例患儿(男2例,女5例),年龄5.2(0.5~11.3)岁,主要临床表现为营养不良5例、反复呼吸道感染4例、支气管扩张3例、脂肪泻3例、婴儿期呕吐2例、肝硬化2例、胎粪性肠梗阻1例、代谢性碱中毒及低氯血症1例。经全外显子测序和Sanger 测序验证共发现15个变异位点,其中3个为新发现变异,7个为错义变异。4例患儿确诊为囊性纤维化,3例患儿囊性纤维化诊断依据不足,更倾向于诊断CFTR基因相关性疾病(CFTR-RD)。相较于囊性纤维化患儿,CFTR-RD患儿胰腺功能不全及进行性肺功能损伤表现较轻。6例患儿经对症治疗后,症状均得到控制,1例患儿因肺部感染重、严重水盐代谢紊乱放弃出院。结论CFTR基因变异相关疾病的发病年龄、变异位点及临床表现多样,全外显子测序可协助诊断。部分患儿CFTR基因变异致病性质不明,诊断囊性纤维化依据不足,不可过度诊断或漏诊,需警惕CFTR-RD,从而进行长期规范化管理。

  • 标签: 囊性纤维化跨膜传导调节因子 囊性纤维化 儿童
  • 简介:摘要基因表达失调与血液肿瘤的生物学特性、治疗反应和预后密切相关。近年迅速发展的转录组测序、单细胞转录组测序等技术为发现疾病诊疗相关的标志性基因和研究基因表达模式提供了强有力的工具。文章结合第62届美国血液学会(ASH)年会中的报道介绍相关研究进展。

  • 标签: 血液肿瘤 基因表达 高通量核苷酸测序
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  • 简介:摘要目的通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别脓毒症发生发展过程中的关键基因。方法从基因表达数据库(GEO)中下载基因表达数据集GSE154918,其中包含对照40例、无症状感染12例、脓毒症39例、脓毒症随访14例,共105例芯片数据。采用R软件筛选出脓毒症差异表达基因(DEG),用分布式访问视图集成数据库(DAVID)、检索交互基因的搜索工具(STRING)和可视化软件Cytoscape进行基因功能和通路富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析及关键基因分析,筛选出脓毒症发生发展过程中的关键基因。结果通过WGCNA并结合DEG表达分析得到46个候选基因,对这46个基因进行基因本体(GO)、京都市基因基因组百科全书(KEGG)途径富集分析得到基因功能和参与的信号通路。进一步使用STRING数据库构建PPI网络,通过PPI网络可视化软件Cytoscape选出5个关键基因,包括肥大细胞表达膜蛋白1基因(MCEMP1)、S100钙结合蛋白A12基因(S100A12)、脂肪因子抵抗素基因(RETN)、c型凝集素结构域家族4成员基因(CLEC4D)、过氧化酶增殖因子活化受体基因(PPARG),对这5个基因分别进行表达差异分析,结果显示,在脓毒症患者中上述5个基因的表达水平较健康对照者显著性上调。结论本研究通过构建WGCNA方法筛选出有关脓毒症的5个关键基因,可能成为潜在的脓毒症诊疗相关候选靶点。

  • 标签: 脓毒症 加权基因共表达网络分析 差异表达基因 关键基因 蛋白质-蛋白质相互作用网络 功能富集分析
  • 简介:摘要目的总结SYNGAP1基因相关儿童癫痫的临床特点。方法回顾性收集首都医科大学附属北京儿童医院神经内科2017年3月至2020年10月就诊的13例SYNGAP1基因变异相关癫痫患儿,并进行随访,对其临床特点、脑电图、头颅影像学、基因结果、治疗等进行总结。结果13例患儿(男4例、女9例)随访到12例,末次随访年龄5岁7月龄(3岁1月龄至9岁)。癫痫发作起病年龄为2岁(4月龄至3岁),发作类型包括眼睑肌阵挛伴或不伴失神(9例)、肌阵挛发作(5例)、不典型失神(4例)、可疑失张力发作(4例)、跌倒发作(6例,具体发作类型不详),发作频率每日数次到百余次。4例表型类似肌阵挛-失张力综合征。10例发作有诱因,包括进食(5例)、情绪(5例)、发热(3例)、声音(2例)、劳累(2例)等。10例患儿脑电图提示9例发作间期广泛性或局灶性痫样放电,监测到不典型失神4例、肌阵挛发作2例和眼睑肌阵挛伴失神发作1例。12例中9例加用丙戊酸钠均有效(发作减少50%以上),5例联用左乙拉西坦3例有效,至末次随访3例发作相对控制(6个月至1年1个月),余7例仍有发作(数日1次或每日数次)。13例均存在发育落后(语言落后为著),2例重度,10例中度,1例轻度。13例患儿携带SYNGAP1基因变异,均为新生变异,包括12个变异位点。其中移码变异4个,无义变异4个,错义变异2个,剪切位点变异2个。结论SYNGAP1基因相关儿童癫痫起病年龄较早,发作类型多样,主要发作类型为眼睑肌阵挛伴或不伴失神,还可有肌阵挛发作、不典型失神、跌倒发作等。丙戊酸治疗多有效,部分可为药物难治性癫痫。患儿存在不同程度发育迟缓,以语言落后为著。

  • 标签: 癫痫 基因,SYNGAP1 发育落后
  • 简介:摘要对于不明原因的腹痛、腹泻、发热,临床诊断相当困难。这些症状不一定是由于肠道疾病引起,也可能由于血管、药物、遗传代谢等疾病所致。除了感染性、免疫性、肿瘤性、血管源性、药物性原因外,更为疑难的是与遗传基因相关的肠道疾病,需要结合临床症状、体征、实验室检查、内镜检查及影像学检查,最终结合基因检测明确诊断。

  • 标签: 肠疾病 基因
  • 简介:摘要目的分析生殖系PIGA基因突变患儿的临床表型及基因突变特征。方法对2014年1月至2020年6月北京大学第一医院诊治的10例PIGA基因突变患儿的临床表现、血液生化、脑电图(EEG)、神经影像学及基因检测结果等进行分析。结果10例均为男童。10例均出现癫痫发作及重度发育迟缓,5/8例表现出肌张力减低,4/9例有特殊面容或多器官异常。癫痫发作起病年龄为1个月28 d~10个月,平均年龄为4.8个月。癫痫发作类型多样,且均有局灶性发作,6/10例有热敏感性。9/10例起病时发作间期EEG为弥散性慢波混合局灶或多灶性放电。44.4%(4/9例)的患儿头颅磁共振成像(MRI)结果为蛛网膜下腔增宽,2例血清碱性磷酸酶(ALP)轻度升高。10例经基因分析证实均携带PIGA杂合变异,共发现8种突变位点,其中7种国际上尚未见报道。4例表型诊断为多发先天性畸形-肌张力低下-癫痫综合征2(MCAHS2),5例表型为无畸形的智力障碍和癫痫、其中1例癫痫符合West综合征,1例表型未能归类。结论本研究中携带PIGA基因突变患儿的癫痫发作以局灶性发作为主,并常有热敏感性,发作间期EEG以弥散性慢波混合局灶或多灶性放电为特征。头颅MRI异常以蛛网膜下腔增宽最为常见。临床表型仅部分病例符合典型的MCAHS2,较多为无畸形的智力障碍和癫痫表型。

  • 标签: 糖基磷脂酰肌醇锚定蛋白 PIGA基因 癫痫 发育落后 肌张力减低
  • 简介:摘要先天性特发性眼球震颤(CIN)是指出生后早期出现的、无明显诱因的双眼非自主性、有节律的往返运动。CIN发病率为0.015%~0.14%。CIN患者可表现为不同程度的视力下降以及代偿头位等临床特征。CIN的病因和发病机制不明,但存在家族遗传倾向,可表现为常染色体显性、常染色体隐性以及X连锁遗传。目前报道的与常染色体显性遗传模式相关的致病基因位点有4个,与X连锁遗传模式相关的致病基因位点有3个,而只有位于X染色体上的酵母功能域包含蛋白7(FRMD7)基因被确定与CIN发病相关。笔者现就CIN的遗传特征、临床表型以及相关的致病基因位点、致病基因的发现进行综述,并阐述FRMD7基因突变引起的眼球震颤的发病机制。

  • 标签: 眼球震颤 基因 FRMD7 GPR143 遗传学