简介:为探索白刺花(Sophoraviciifolia)硬实形成的相关机制,采用IlluminaHiSeqTM2000高通量测序技术对白刺花种子转录组进行测序,利用Trinity软件将数据组装形成转录本,对所有转录本进行Nr(NCBInonredundantproteinsequences)、Nt(NCBInucleotidesequences)、Pfam(proteinfamily)、KOG/COG(euKaryoticorthologgroups/clustersoforthologousgroups)、Swiss-Prot(Amanuallyannotatedandreviewedproteinsequencedatabase)、KEGG(kyotoencyclopediaofgenesandgenomes)和GO(geneontology)分类和功能注释、Pathway注释,并对种子形成的代谢通路中的相关基因进行了分析。转录组共获得了333339724条初始序列,总长为335557bp,初始序列组装获得序列片段的平均长度与N50值分别为282bp和537bp;与KOG功能注释、GO分类及KEGG代谢通路分析后,获得了44840个GO功能注释、46126个KOG功能注释以及89494个PFAM注释:并从KEGG通路中找到有色氨酸代谢、半胱氨酸和甲硫氨酸的代谢途径的编码基因片段分别有66和37个。
简介:通过利用新一代高通量测序手段——转录组测序(RNA-Seq)技术研究巴西蕉(Musaparadisiaca)叶片在60mmol/LNaCl人工模拟盐胁迫0、12h、24h不同时间点的转录组分析。结果表明:盐胁迫12h上调和下调的DEGs(differential-expressedgenes)分别为2938个和2727个;24h分别有834个和893个。GO富集分析,差异基因主要在细胞过程、代谢过程、刺激响应、结合以及催化活性等。KEGG分析,差异基因主要涉及代谢途径、光合作用、黄酮类生物合成、苯丙素生物合成等。通过GO和KEGG显著性富集分析发现,NaCl胁迫12h后差异表达的基因数明显多于24h胁迫后的差异基因表达数。qRT-PCR验证了DEGs的表达趋势与RNA-Sep测序分析结果的一致,证明了RNA-Sep结果的准确性。本研究通过香蕉叶片转录组分析,为研究香蕉耐盐分子机制提供参考。
简介:利用气-质联用仪和ICP-OES型等离子发射仪对雷竹(Phyllostachyspraecox)、白夹竹(Phyllostachysnidularia)、斑竹(Phyllostachysbambusoidesf)、赤竹(SasalongiligulaMcClure)4种竹醋液的组分含量、微量元素进行了测定与分析。结果表明:(1)4种竹醋液组分含量、有机物种类各不相同。斑竹含有81种有机物,白夹竹75种,赤竹76种,雷竹61种,主要包括有机酸类、酚类、酮类、醇类、醛类、酯类及少量其它物质。(2)从K、Ca、Na、Mg元素的含量来看,雷竹的含量最高,斑竹含量最低;重金属Hg、Cd、Se基本没有,重金属As、Pb、Cr、Co等含量各不同。(3)不同竹种的竹醋液化学组分、含量和微量元素各不同,应根据不同的用途进行合理选择竹醋液。
简介:为了找出差异基因用于高油酸油菜育种,对两个油酸含量不同的高油酸油菜材料(油酸含量分别为84.4%和56.2%)成熟期种子进行转录组分析和实时荧光定量PCR分析。IlluminaHiseq,M2000测序得到8.09Gbcleanreads,组成52361个unigene,平均长度为659bp。比对公共数据库得到48911f93.41%)个氨基酸序列。鉴定出6414个在高油酸油菜和低油酸油菜中差异显著的基因,这些基因有1296个在高油酸油菜中上调表达(20.21%),5118个下调表达(79.79%),共有2043个差异基因在119个代谢通路中富集表达。将其中14个与脂肪酸代谢和光合作用相关基因进行荧光定量PCR验证。Bna0799930,Bna0104450和Bna0305890在高油酸油菜中上调表达,其余的下调表达。Bna0501620,Bna0391450和Bna0084310在高油酸油菜中的表达量超过低油酸油菜中表达量2倍以上,分别为4.48倍,4.21倍和2.26倍。这些新发现的差异基因可用于高油酸油菜分子育种研究。
简介:通过原位进行控制、低氮和高氮(0,60,240kg/(hm^2·a))3个氮添加处理,采用挖壕沟法区分自养呼吸,研究板栗林土壤不同组分呼吸对氮添加的响应机制.结果表明:1)氮添加处理对土壤温度和湿度的影响均不显著(P>0.05);2)在控制处理样地中,土壤呼吸、异养呼吸和自养呼吸速率分别为(3.47±0.09)、(2.26±0.10)和(1.21±0.16)μmol/(m^2·s),土壤不同组分呼吸对氮添加处理有不同的响应,低氮添加显著促进了土壤呼吸及不同组分呼吸(P<0.05),高氮添加则显著抑制了土壤呼吸及异养呼吸(P<0.01),而对自养呼吸无显著影响(P>0.05);3)在控制处理样地中,土壤呼吸、异养呼吸和自养呼吸的Q10值分别为2.44、1.93和4.10,氮添加处理可显著降低自养呼吸的Q10值(P<0.05),而对土壤呼吸和异养呼吸无显著影响(P>0.05).
简介:茶树是重要的叶用经济作物,但是茶树每年都要开花结实,消耗大量的养分,导致茶树鲜叶产量减少和品质降低。雌蕊缺失茶树资源是天然的不结实茶树品种。采用IlluminaHiSeqTM2500高通量测序技术,对雌蕊缺失茶树花花芽、花蕾、花进行转录组分析。经组装获得237484条Transcripts,取最长Transcripts作为Unigene,有182123条,将获得的Unigene与Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO等七种数据库进行注释,有22049条Unigene被注释上26种KOG分类,注释到KEGG的Unigene条数为21315,涉及的pathway有130条。此外,发掘出与花器官形态建成的ABCDE模型的功能基因31个,这些注释信息的完成为茶树花器官发育基因及性别决定相关基因的发掘提供了重要依据。
简介:应用分子蒸馏技术加工冷压甜橙精油,分离得到轻相与重相两个组分,采用气相色谱-质谱联用技术(GC-MS)分析其化学成分,鉴定出甜橙精油轻相组分中含22种化合物,重相组分中含40种化合物。抑菌试验结果表明,甜橙精油轻相和重相组分对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和酵母菌均具有较好的抑菌效果,最低抑菌浓度(MIC)范围为0.78~3.125μL/mL。抑菌活性受不同pH和温度条件的影响,酸性环境下轻相组分的抑菌效果较好,碱性环境下重相组分的抑菌活性更强。在高温处理下,轻相组分对细菌的抑菌效果具有较好的热稳定性,重相组分的抑菌效果有所减弱。
简介:以对化感物质具有高敏感性的莴苣(Lactucasativa)种子为指示材料,研究了烟草品种K326形成的顶、腋芽等残体腐解液的化感潜力,同时将残体腐解液(各组分)分离后分别进行化感潜力的生物测定。结果表明:1)烟草残体腐解液对莴苣种子萌发及幼苗生长具有显著的抑制作用,且表现出低促高抑的双重浓度效应;2)腐解液及其组分对种苗各部分生长的抑制强度表现为:胚根〉胚轴〉子叶;3)将烟草残体腐解液分离后进行的生物测定表明,其酸溶性组分的生长抑制作用强度〉碱溶性组分〉中性组分,在烟草残体腐解液中酸溶性组分的化感物质是形成生长抑制作用的主体,而中性及碱溶性组分中的化感物质在一定浓度范围内对生长具有促进效应。
简介:热激蛋白70(heatshockprotein70,HSP70)是广泛分布于生物体内的重要分子伴侣,在环境应激和热适应中起着重要作用。本研究对诗神袖蝶Hsp70s进行了全基因组鉴定,共获得12个Hsp70s基因,其编码蛋白分子量均在70kDa左右。进化分析表明,Hsp70s在分子系统发生树中聚为2类,分别为应激诱导型(HSP70)和组成型(HSC70)。诗神袖蝶和果蝇组成型Hsc70s基因存在1∶1的直系同源关系,而应激诱导型Hsp70s则同一物种聚为一枝,表明Hsc70s在诗神袖蝶和果蝇物种分化前业已发生基因扩增,而Hsp70s则是物种形成后发生世系特异扩增而产生的多个拷贝。我们对诗神袖蝶Hsp70s基因在化学感受器官中的表达进行了分析,除HmelHsp68、HmelHsp70A和HmelHsc70-2在化学感受器官中不表达或表达量极低外,其他基因均有明显的表达信号(FPKM〉1),而且在雌雄个体间具有相似的表达信号。这一研究有助于拓展我们对昆虫Hsp70s进化和功能的认识。
简介:番茄Pto基因编码包含丝氨酸/苏氨酸激酶(STK)结构域的蛋白,它能抗由丁香假单胞菌番茄致病变种(Pseudomonassyringaepv.Tomato,Pst)造成的细菌性斑点病。本研究使用PVX系统的体内识别系统测定显示AvrPto在辣椒基因型中被特异性识别。这种AvrPto识别导致非寄主超敏反应(HR),以及PVX::AvrPto融合蛋白在接种辣椒叶组织中的定位,这表明在辣椒中存在与番茄类似的Pto识别机制。然而,辣椒全基因组分析显示没有对应番茄的Pto进化枝,表明在辣椒中有一个Pto识别的替代系统。不过,辣椒基因组中已经鉴定出25个具有高度保守STK结构域的类Pto蛋白激酶(PLPKso对于Ptos和PLPK的STK结构域中的大部分氨基酸位点,非同义(dN)与同义(dS)核苷酸替换速率的比值(ω)小于1。表明纯化选择在进化中起主要作用。然而,一些氨基酸位点在Pto同源物的进化过程中被发现为偶发性正选择,因此,不同的进化过程可能在植物中形成了Pto基因家族。基于RNA—seq数据,PLPK基因和其他Pto通路基因,例如Prf,Pti1,Pti5和Pti6在所有检测的辣椒基因型中都表达了。因此,辣椒中对Pst的非寄主超敏反应可能是由于PLPK同系物对AvrPto效应物的识别,以及Pto信号通路下游组分的后续作用。然而,辣椒中AvrPto的识别可能涉及其他类受体激酶(RLKs)的活性。本研究中鉴定的PLPKs将作为进一步了解PLPKs在非寄主抗性中作用的基础。
简介:对香蕉束顶病毒(BBTV)广州分离物MGHDNA组分6全序列进行了克隆及序列分析。并对来自广州、海南、台湾、澳大利亚及印度的BBTV组分6进行了分析,结果表明:BBTV组分6都含有CR-SL(stem-loopcommonregions),CR-M(majorcommonregions)结构等典型的特征序列。BBTV组分6的核苷酸全序列、开放阅读框(ORF)核苷酸、CR-M核苷酸序列及其氨基酸序列系统进化树结果显示,BBTV分离物可分为2个组群:亚洲组和南太平洋组。CR-M结构在2个组群间有明显的差异,南太平洋组分离物的CR-M结构中有一段不完全保守的16个核苷酸的重复序列,而在亚洲组的分离物中这个序列并不重复。对BBTV组分6蛋白质进行了二级结构预测和理化性质分析发现,这2个类群蛋白质的二级结构有差异,但是理化性质无明显差异。
简介:以烤烟为供试作物,研究了不同磷水平对烤烟的根体积、根冠比以及伤流强度,伤流液中可溶性糖、磷、钾、钙、锌、镁含量的影响。结果表明:随施磷量的增加,低磷土壤,根体积、伤流强度增大,根冠比呈下降趋势,伤流液中可溶性糖含量先增加,后又稍有下降;中磷土壤,根体积变化趋势是先升高后又降低,根冠比下降,伤流强度增大,可溶性糖含量先增加后又快速下降。低磷土壤施磷能促进烟株对矿质营养的吸收,中磷土壤则表现各异。相关分析表明,低磷土壤烟株伤流液中P和Zn,K和Mg存在显著正相关;中磷土壤伤流液中Mg和伤流强度,Ca和Mg、P、伤流强度存在显著正相关,Zn和伤流强度,Zn和Mg存在显著性负相关。
简介:人参中的水提物根据其在乙醇中的溶解性被分级,其中乙醇不溶组份用于免疫调节活性的测试。结果,乙醇不溶组份(Fr.3)体外能够激增脾细胞,并产生活性化吞噬细胞。这些活化吞噬细胞既能杀死NK细胞的敏感肿瘤靶细胞,也能杀死NK细胞的钝化肿瘤靶细胞,而不受MHC限制。由于内生IL-2,脾细胞的活性被人参调节。为研究人参中Fr.3对同源肿瘤的作用,对出生后24h的N:GP(s)雄鼠单独给予0.5mgBP(苯并芘)皮下注射,在戒除BP后6星期,在饮用水中分别加入Fr.3;2mg/ml、1mg/ml或0.5mg/ml饲喂小鼠。BP处理后第9个星期,Fr.3处理组与只饲喂BP组(在饮用水中加入2mg/ml或1mg/ml的BP)相比,其肺肿瘤发生率被显著地抑制(P<0.05)。这些给果暗示,人参中乙醇不溶组份象免疫调节剂一样显示抗癌作用。