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  • 简介:通过对我国18个省市地区的农作物际土壤进行采样,使用木霉菌选择性培养基(TSM)和马铃薯葡萄糖培养基(PDA),对采样土壤中的木霉菌(Trichodermaspp.)进行分离和纯化,再与同一地区的多种植物病原菌进行平板对峙测试,筛选和保存了1300余株有拮抗功能的木霉菌株。经形态学和分子生物学(ITS&Tef1-α)鉴定,这些菌株分属9个木霉菌种。其中哈茨木霉(T.harzianum)和棘孢木霉(T.asperellum)为优势菌种,分别占29.07%和29.91%(总数:393和382株);其次是绿色木霉(T.viride),占筛选总数的14%(总数:185株);而渐绿木霉(T.viridescens)和康宁木霉(T.koningii)分别占7.53%和7.00%(总数:99和92株);深绿木霉(T.atroviride)和钩状木霉(T.harmatum)分别只占5%以上(总数:69和67株);长枝木霉(T.longibrachiatum)和橘绿木霉(T.citrinoviride)的群落在我国农作物际土壤中的分布最少,分别只占1.5%和0.5%以上(总数:21和7株)。同时,为了解不同地区的木霉菌株对上海地区的草莓灰霉菌(Botrytiscinerea)的拮抗作用的差异性,选用14个不同地区的木霉菌株,通过对峙培养拮抗测定,筛选出6个木霉菌株,进一步做了抑制草莓灰霉病的室内生测试验。结果显示,来源于华东地区的木霉菌株TR78和TR85,在平板对峙试验中对草莓灰霉菌生长的抑菌率分别为85.49%和82.90%,室内生测对灰霉病的防治效果分别为80.19%和80.02%,显著高于(P〈0.05)其他菌株对灰霉病的防治效果。

  • 标签: 木霉菌 根际土壤 种质资源 多样性
  • 简介:目的:人肌球蛋白7A(MYO7A)基因是遗传性耳聋分子筛查的候选基因之一。从已知的MYO7A非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)位点数据库中筛选可能与致病表型相关的nsSNPs位,以提高MYO7A基因耳聋分子诊断的有效性和准确率。方法:首先,从NCBI数据中心的dbSNP数据库(dbSNP)和DeafnessVariationDatabase数据库获得MYO7A基因的SNPs数据和基因的相关信息;然后,通过SIFT、PolyPhen-2、PANTHER、PhD-SNP、MutationTaster、SNP&GO和MutPred软件进行nsSNPs表型致病性分析,预测潜在致病位;接着,应用ClustalX2和GeneDoc软件进行同源氨基酸序列比对,分析潜在致病的nsSNPs位保守性;最后,应用SwissModel平台选择性地对某些突变蛋白质的三维结构进行建模,并分析结构域的变化。结果:预测出MYO7A的104个高风险致病的nsSNPs位,包括25个已报道的耳聋相关nsSNPs位;高风险致病的nsSNPs位点中,有42个位于肌球蛋白马达(myosinmotor)结构域,其中12个预测有致病风险的nsSNPs位与MYO7A基因致聋的突变研究报道一致。肌球蛋白马达结构域中包含30个新预测的潜在致病性nsSNPs位,其中仅L366P位点在7个预测软件中具有高度一致性。通过对L366P位突变前后的三维模型构建,发现存在蛋白结构的改变,且同源性比对结果显示了该位的高度保守性。结论:MYO7A的L366P为潜在高风险致病性nsSNP位,推测该基因突变可能与耳聋表型相关。本研究所采用的分析筛选方法对MYO7A基因突变的临床筛查及其他致病基因的nsSNPs筛选具有重要的参考价值。

  • 标签: 人肌球蛋白7A 非同义单核苷酸多态性 遗传性耳聋 基因型 表型