简介：采用EST-SSR标记构建了国家种质广州甘薯圃中52份甘薯种质资源的DNA指纹图谱。利用52份供试资源,从早期筛选出的342对候选多态性引物中筛选出16对核心引物,16对引物在52份资源中共扩增出159个等位位点,每对引物的等位位点数为5～19个不等,平均为9.94个,多态性信息含量变化范围为0.6235～0.9593,平均为0.7991。选择带型清晰、重复性好、易于统计且能将52份资源完全区分开的2对引物组合构建供试资源的DNA指纹图谱。NTSYS软件聚类分析表明,EST-SSR标记能正确反映出不同资源间的亲缘关系,为构建甘薯大型DNA指纹图谱数据库奠定了基础。

简介：利用EST-SSR标记分析了藜科6种耐盐植物的遗传基础和遗传多样性,以期为藜科耐盐植物遗传育种提供快速、可靠的分子标记辅助选择工具。采用31对藜科海蓬子属和碱蓬属的EST-SSR引物对藜科6种植物进行PCR扩增,其中16对引物得到较好扩增,引物通用率为51.6%,共检测到18个多态性位点,每位点等位基因数2~4个,多态性丰富。进一步采用Nei’s遗传距离聚类分析表明6种植物可以分为3组,主成分分析也支持上述分组,而且DY529957、DY529903和DY5298853个EST在分组中贡献率最高。经与GenBank中序列相似性比对,前两者分别编码生长素抑制蛋白（Auxin-repressedprotein,ARP）和植物防御素（Defensins,Def）,都参与植物逆境胁迫响应,但分属于不同代谢途径;后者则编码未知蛋白。总体而言,16对SSR引物在藜科6种植物间具有较好的通用性,能够揭示该6种植物间广泛的遗传多样性,及其存在不同耐盐机制提供分子证据。

简介：Expressedsequencetags(ESTs)arewidelyusedingenesurveyresearchtheseyears.TheESTPipelineSystem,softwaredevelopedbyHangzhouGenomicsInstitute(HGI),canautomaticallyanalyzedifferentscalarESTsequencesbysuitablemethods.Alltheanalysisreports,includingthoseofvectormasking,sequenceassembly,geneannotation,GeneOntologyclassification,andsomeotheranalyses,canbebrowsedandsearchedaswellasdownloadedintheExcelformatfromthewebinterface,savingresearcheffortsfromroutinedataprocessingforbiologicalrulesembeddedinthedata.

简介：Sincepigisanimportantlivestockspeciesworldwide,itsgeneexpressionhasbeeninvestigatedintensively,butrarelyinbrain.Inordertostudygeneexpressionprofilesinthepigcentralnervoussystem,wesequencedandanalyzed43,122highquality5′endexpressedsequencetags(ESTs)fromporcinecerebellum,cortexcerebrum,andbrainstemcDNAlibraries,involvingseveraldifferentprenatalandpostnataldevelopmentalstages.TheinitialESTswereassembledinto16,101clustersandcomparedtoproteinandnucleicaciddatabasesinGenBank.Ofthesesequences,30.6%clustersmatchedproteindatabasesandrepresentedfunctionknownsequences;75.1%hadsignificanthitstonucleicaciddatabasesandpartialrepresentedknownfunction;73.3%matchedknownporcineESTs;and21.5%hadnomatchestoanyknownsequencesinGenBank.WeusedthecategoriesdefinedbytheGeneOntologytosurveygeneexpressionintheporcinebrain.

简介：Seventy-fivepreviouslyknownplantmicroRNAs(miRNAs)wereclassifiedinto14familiesaccordingtotheirgenesequenceidentity.Atotalof18,694plantexpressedsequencetags(EST)werefoundintheGenBankESTdatabasesbycomparingallpreviouslyknownArabidopsismiRNAstoGenBank'splantESTdatabaseswithBLASTalgorithms.AfterremovingtheESTsequenceswithhighnumbers(morethan2)ofmismatchednucleotides,atotalof812ESTcontigswereidentified.AfterpredictingandscoringtheRNAsecondarystructureofthe812ESTsequencesusingmFoldsoftware,338newpotentialmiRNAswereidentifiedin60plantspecies,miRNAsarewidespread.SomemicroRNAsmayhighlyconserveintheplantkingdom,andtheymayhavethesameancestorinveryearlyevolution.ThereisnonucleotidesubstitutioninmostmiRNAsamongmanyplantspecies.SomeofthenewidentifiedpotentialmiRNAsmaybeinducedandregulatedbyenvironmentalbioticandabioticstresses.Somemaybepreferentiallyexpressedinspecifictissues,andareregulatedbydevelopmentalswitching.ThesefindingssuggestthatESTanalysisisagoodalternativestrategyforidentifyingnewmiRNAcandidates,theirtargets,andothergenes.AlargenumberofmiRNAsexistindifferentplantspeciesandplayimportantrolesinplantdevelopmentalswitchingandplantresponsestoenvironmentalabioticandbioticstressesaswellassignaltransduction.EnvironmentalstressesanddevelopmentalswitchingmaybethesignalsforsynthesisandregulationofmiRNAsinplants.AmodelformiRNAinductionandexpression,andgeneregulationbymiRNAishypothesized.

简介：ToobtainaprimaryoverviewofgenediversityandexpressionpatterninLycorislongituba,4,992ESTs(ExpressedSequenceTags)fromL.Longitubabudweresequencedand4,687cleanedESTswereusedforgeneexpressionanalysis.ClusteredbythePHRAPprogram,967contigsand1,343singletswereobtained.Blastsearchshowedthat179contigsand227singlets(totally1,066ESTs)hadhomologuesinGenBankand3,621ESTswerenovel.

简介：用21个分布在谷子9条染色体上的SSR标记,对120份来自于核心种质的谷子材料进行遗传多样性研究。21个标记共检查出305个等位变异,各标记检测出的等位变异数在3～26个之间,平均每个位点检测出的等位变异数为14.5个;21个位点的平均多态信息量（PIC）为0.809。基于21个SSR标记的分子鉴定,计算了120份材料间的遗传相似系数,其变化范围为0.8393～0.9672,平均值为0.8906。根据计算的遗传距离,对120份谷子材料进行UPGMA聚类,在遗传相似系数0.8865处这些材料被划分为4个类群,分类结果与这些谷子来源地生态类型总体上表现一致,分别为西北内陆类群、黄土高原内蒙古高原类群、华北平原类群以及华北平原近年育成种类群。

简介：红菜苔是我国独有的蔬菜资源,深受消费者喜爱。利用63对SSR引物检测来自全国的45份红菜苔种质资源的遗传多样性,63对引物扩增出124条带,平均每条引物扩增出近2条带,扩增产物片段大小都在150～300bp之间,相似系数在0.56～0.89之间。结果表明,红菜苔具有丰富的遗传多样性,本研究为菜苔资源的利用和育种提供了分子生物学依据。

简介：Toenrichthegenomicinformationofthecommerciallyimportantfishspecies,weobtained5,063high-qualityexpressedsequencetags(ESTs)fromthemusclecDNAdatabaseofthemandarinfish(Sinipercachuatsi).Clusteringanalysisyielded1,625uniquesequencesincluding443contigs(from3,881ESTsequences)and1,182sin-gletons.BLASTXsearchesshowedthat959uniquesequencessharedhomologytoproteinsintheNCBInon-redundantdatabase.Atotalof740uniquesequenceswerefunctionallyannotatedusingGeneOntology.The1,625uniquesequenceswereassignedtoKyotoEncyclopediaofGenesandGenomesreferencepathways,andtheresultsindicatedthattranscriptsparticipatinginnucleotidemetabolismandaminoacidmetabolismarerelativelyabundantinS.chuatsi.Meanwhile,weidentified15genestobeabundantlyexpressedinmuscleofthemandarinfish.Thesegenesareinvolvedinmusclestructuralformationandregulationofmuscledifferentiationanddevelopment.ThemostremarkablegeneinS.chuatsiisnucleasediphosphatekinaseB,whichisrepresentedby449ESTsequencesaccountingfor8.86%ofthetotalESTsequences.Ourworkprovidesatranscriptprofileexpressedinthewhitemuscleofthemandarinfish,layingdownafoundationinbetterunderstandingoffishgenomics.

简介：利用10对多态性丰富的SSR引物,以国家甘蔗种质资源圃中保存的14份具有代表性的割手密为对照,对新收集的云南省11份割手密（SaccharumspontaneumL.）资源进行多样性分析。结果共扩增出233条DNA谱带,与对照相比,新采集材料的多态性条带为207条,其中14条为特有条带,多态性条带比率为0.89。遗传相似性系数和UPGMA聚类分析表明,新采集的材料并没有单独聚为一类,而是比较分散,在相似性系数为0.64处作切割线,参试材料可分为3个类群：第Ⅰ类群主要由龙门割手密、河边村割手密和福建仙游1号组成;第Ⅱ类群中包含19份材料,其中新采集的样品有上岗割手密、他拉割手密、安乐割手密、勐根割手密、芒美割手密、贺海割手密、回落割手密、里拉割手密和曼亨割手密,对照材料主要包含了云南、四川、越南、老挝、泰国地区的割手密,其共同特点是均匀分布在内陆地区;第Ⅲ类群包括3个材料,分别是海南1号、海南92-2和广东化州割手密,其中不包含新采集的材料。而在相似性系数为0.654处作切割线又能将上述第Ⅱ类群分为较细的3个亚群。由此可见,新采集的11份割手密资源具有丰富的遗传多样性,与已收集的资源相比,具有一定的差异性。说明依靠云南高山峡谷等立体气候特点,分布着遗传差异显著的割手密无性系。

简介：以商业栽培的25个香菇（Lentinulaedodes）品种为材料,应用SSR分子标记技术进行区别性分析。本研究使用14对引物,引物的多态性为100%,每对引物产生的等位基因数为2～9个,平均5.0个,基因型数为2～12个,平均6.3个。预期杂合度为0.1151～0.8131,平均预期杂合度为0.6126;PIC值为0.1064～0.7736,平均PIC值为0.5541。25个品种中,除申香10号和申香12号不能区分外,对其他23个品种清晰鉴别,为构建香菇栽培品种的SSR分子指纹图谱提供了依据和方法。本方法获得的数据可以成为重复性良好、实验室间可比对的香菇栽培品种标准指纹图谱,在品种特异性鉴定中不再需要已有所有品种做参照,较RAPD、ISSR、SRAP等鉴定方法工作量大大减少。

简介：为了保护我国特有的优异萝卜资源,促进资源的有效区分和合理利用,保障我国萝卜产业发展,目前需积极开展萝卜种质资源的特异性鉴定和种质识别技术研究。本研究基于SSR分子标记、信息处理和图像处理技术,筛选出22对SSR引物对75份来源和特征不同的代表性萝卜种质进行鉴定,共扩增出153条带,其中多态性条带为87条,平均多态性位点百分率为55.49%,平均每对引物可扩增出6.95条带和3.95条多态性带,有效地显示出每份萝卜种质的特异性。基于最少引物鉴定最多种质的原则,利用MATLAB程序筛选出8对SSR引物,依据8对引物的扩增数据,经过多态性谱带的有序编码转换,构建出75份萝卜种质分子身份证。结果显示利用SSR标记构建萝卜种质分子身份证进行种质资源的鉴定和保护是可行的。

简介：以结缕草属植物DNA为模板，应用正交设计法对简单重复序列（simplesequencerepeats，SSR）反应体系中的各个主要影响因子进行了优化筛选，并通过比较不同浓度的模板DNA对聚合酶链式反应（polymerasechainreaction，PCR）的影响，确立了适合结缕草属植物SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明，10μl的SSR反应体系中各组分的最适浓度分别为：10×PCR缓冲液，Mg^2＋2．5mmol／L，dNTP200μmol／L，左右引物分别为0．6μmol／L，TaqDNA聚合酶0．5U，模板DNA的用量在30～90ng均可。利用该优化体系，通过30对SSR引物对包含结缕草属植物4个种的10份材料进行了种质鉴定，结果发现Xgwm系列SSR引物可以有效地用于结缕草属植物不同种源间的鉴定及遗传多样性研究。其中有3对引物Xgwm459-6A、Xgwml49-4B和Xgwml35-1A因具有特异性条带或条带的缺失可以很明显地将大穗结缕草Z010与其他材料区分开来，在抗寒性和青绿期两极端类型材料的研究中发现，引物Xgwm484．2D和Xgwm44-7D均在抗寒性弱的部分材料和青绿期长的部分材料中扩增出一条抗寒性强和青绿期短的材料中没有的特异带，且两对引物中具有特异带的材料具有较高的一致性，初步认为这两标记可能与结缕草属植物的抗寒性或青绿期相关。

简介：从水稻12条染色体上筛选出22对有效引物，对陕西省17个有色稻品种的遗传多样性进行分析，共检测到128个等位基因，平均每个标记检测到5．8个等位基因，每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0．49-0．89之间，平均值为0．73。SSR聚类分析表明，陕西省17个有色稻品种的遗传相似系数在相似系数0．24处可以分为2类，其中绿稻单独聚为一类。用11个农艺性状聚类分析，在欧式距离为7．22处绿稻和其他品种聚为两类。

简介：ExpressedSequenceTag(EST)analysishaspioneeredgenome-widegenediscoveryandexpressionprofiling.Inordertoestablishageneexpressionindexinthericecultivarindica,wesequencedandanalyzed86,136ESTsfromninericecDNAlibrariesfromthesuperhybridcultivarLYP9anditsparentalcultivars.WeassembledtheseESTsinto13,232contigsandleave8,976singletons.Overall,7,497sequenceswerefoundsimilartotheexistingsequencesinGenBankand14,711arenovel.Thesesequencesareclassifiedbymolecularfunction,biologicalprocessandpathwaysaccordingtotheGeneOntology.WecomparedoursequencedESTswiththepubliclyavailable95,000ESTsfromjaponica,andfoundlittlesequencevariation,despitethelargedifferencebetweengenomesequences,Wethenassembledthecombined173,000riceESTsforfurtheranalysis.UsingthepooledESTs,wecomparedgeneexpressioninmetabolismpathwaybetweenriceandArabidopsisaccordingtoKEGG.Wefurtherprofiledgeneexpressionpatternsindifferenttissues,developmentalstages,andinaconditionalsterilemutant,aftercheckingthelibrariesarecomparablebymeansofsequencecoverage.Wealsoidentifiedsomepossiblelibraryspecificgenesandanumberofenzymesandtranscriptionfactorsthatcontributetoricedevelopment.

简介：利用33对SSR引物对来自中国16个省的46份野生芒（Miscanthussinensis）种质进行遗传多样性分析。结果显示：（1）33对SSR引物共扩增出87条DNA条带，75条为多态性条带，占86．21％，条带大小范围80～310bp；（2）遗传多样性参数分析结果：Shannon’s信息指数（1）变幅为0．020—1．522，平均为0．745，引物多态性信息含量（P1C）变幅为0．040～0．738，平均为0．445，遗传相似系数（GS）的变幅为O．315～0．933，平均为0．569，说明我国芒种质资源遗传基础宽，遗传多样性丰富；（3）相似系数UMPGA聚类结果与主成分分析（PCA）结果一致，可将46份种质分为3大类群，类群I主要由中部芒组成，类群Ⅱ主要由北方芒组成，类群Ⅲ主要由南方芒组成，西南芒在每个类群中均有渗透，这一结果说明芒种质资源的遗传分化与其种源的地理分布有一定的相关性，但与地理起源不能完全吻合。

简介：使用分布于甜瓜12条染色体上的72对SSR引物,对我国中东部设施内栽培的30个厚皮甜瓜品种进行分析;56对SSR引物在30个品种间表现为多态性。共检测到138个等位变异,每对引物的等位变异数变幅为2～6个,平均为2.6个。有效等位变异为86.16个,平均为2.25。每个SSR位点的多态性信息量（PIC）变化范围为0.045～0.725,平均为0.390。30个品种间遗传相似系数变幅为0.274～0.974之间,平均值为0.665,且90.4%的供试品种其遗传相似系数在0.474～0.824之间,亲缘关系较近;以遗传相似系数为原始数据,按UPGMA方法将30个品种划分为3大类群,结合系谱分析结果表明,我国中东部设施适宜种植的甜瓜品种遗传多样性不够丰富,多数品种间的亲缘关系较近,欲进一步提高中东部地区设施甜瓜产量和品质还需要拓宽亲本选择范围,扩大遗传背景。

简介：大白菜是重要的蔬菜作物,准确鉴定大白菜品种对于大白菜种质资源管理、新品种测试、种子质量检测等具有重要意义。本研究从已定位到大白菜10个连锁群的205个SSR标记中,筛选出30个在连锁群上分布均匀、PCR扩增稳定、带型简单的标记,用于大白菜品种DNA指纹鉴定。对入选的引物用4种荧光染料进行了标记,利用基于毛细管电泳荧光检测的DNA分析仪对SSR扩增产物进行检测。通过比较分析2种不同型号的3台DNA分析仪的扩增片段检测数据,明确了不同DNA分析仪的检测数据间一般存在明显的系统误差。系统误差的大小取决于引物,一般在1～4bp之间。使用扩增产物的片段长度对各SSR位点的不同等位变异进行命名。通过使用一组参照品种,消除了不同批次、不同DNA分析仪型号间的系统误差,保证了检测数据的可重复性和可再现性。在此基础上,对184份大白菜品种进行了DNA分子数据采集。

简介：紫云英属于异花授粉植物,品种内个体基因型杂合,品种鉴定难度大。本研究以紫云英闽紫系列3个审定品种为材料,采用SSR标记进行取样策略对3个品种鉴别能力影响的研究。结果表明：（1）固定4对引物组合,从5~50进行梯度取样时,品种内的扩增位点总数、观测等位基因数趋于增多,但有效等位基因数、Shanon信息指数、遗传多样性指数增大到最大值后趋于下降,其中取样量为30时总体样品出现最大值;随着样品量的增加,品种间Nei氏遗传距离以及分子方差分析的品种间期望变异系数比例值（PhiPT）均呈减少趋势,但PhiPT值的置信度在增大;（2）固定品种的样品容量为30和50,再加入2对能扩增出在品种间形成频率差异的标记位点的SSR引物对,基于这6对SSR引物可以将参试的3个紫云英品种有效的区分,品种间期望变异系数比例值（PhiPT）提高且差异的置信度为极显著。主成分分析进一步表明：3个参试品种30个样品与50个样品的散布状况基本一致。对紫云英取样策略的研究表明：为提高对参试品种的鉴别能力,样品取样量以30株为宜,即达到较佳鉴别效果又降低分析成本。

简介：利用SSR标记技术对40份苜蓿材料（6个雄性不育株系和34个苜蓿品种）的遗传距离进行分析,并利用其中的6个不育株系与14个苜蓿品种测交,进一步对遗传距离（GD）、产量配合力与杂种优势效应进行相关性分析。结果表明,25对SSR引物共扩增出189条谱带,其中多态性条带136条,平均多态性位点百分率为69.23%;40份苜蓿材料的遗传距离为0.1818~0.9091,平均0.4544;各亲本一般配合力及遗传距离均与杂种优势效应存在显著正相关,其中亲本一般配合力与杂种优势的相关性高于遗传距离。因此,仅以SSR遗传距离还不足以准确地组配强优势组合,需结合各性状配合力的分析,以充分发挥杂种优势效应。