简介:摘要目的了解四川省西昌市蚊虫样本中虫媒病毒的流行情况,丰富四川省西南部地区虫媒病毒的活动规律和病毒遗传特征的研究数据。方法2018年6月对采集自西昌市3个村不同猪圈环境中的三带喙库蚊提取核酸,使用云南环状病毒属、版纳病毒属、西藏环状病毒属(S7、S10)、黄病毒属、甲病毒属的特异性引物进行PCR检测,对阳性产物克隆测序并进行序列分析。结果共采集到蚊虫9 012只,其中三带喙库蚊为优势蚊种,对采集到的三带喙库蚊分88批次进行扩增,分别检测出2株乙型脑炎病毒(JEV)、7株版纳病毒(BAV)、7株西藏环状病毒(TIBOV)和1株云南环状病毒(YOUV),序列分析结果显示,17株新检测病毒株均与云南分离株遗传关系接近,2株JEV位于GⅠ-b进化支;7株BAV为A2进化分支;7株TIBOV中,6株位于同一进化支;1株TOUV与云南分离株在同一进化支。结论西昌市的三带喙库蚊中存在携带JEV、BAV、YOUV及TIBOV等病毒的可能,其中JEV为GⅠ-b型病毒,BAV为A2型,为西昌市虫媒病毒的检测及分析提供了数据支持。
简介:摘要:该文对核酸(RNA)序列分类问题进行了讨论。对已给定的两类核酸序列,把未分类的核酸序列进行归属分类。在讨论中,把RNA序列的单码子、二码子、三码子特征统一进行考虑,作为 84维空间向量,分别建立了相似度模型和单隐含层BP神经网络模型,并利用MATLAB软件,对单隐含层神经单元个数分别取N=42、84、168进行了计算。结果显示,两种模型对未分类序列分类结果的一致率,N=84时可达到90%,N=42、168时可达到80%,这在一定程度上说明了两种模型的一致性和有效性。关于BP神经网络单隐含层神经单元只给了三种不同的个数选取,尽管所得到的分类结果有所不同,但差别不是很大,关于这一点也是一个不断在探索的问题。
简介:目的:在血液中心现行的单人份核酸检测(ID-NAT)的模式下,对核酸检测无效结果进行初步分析和探讨。方法:对南京地区无偿献血者的70231份血液标本进行核酸单人份检测(包括联合检测和鉴别检测)。结果:总测试数为78866,无效测试率为0.09%。2台仪器的无效测试率相近,但不同项目的无效测试率差异有统计学意义,鉴别检测的无效测试率显著高于联合检测(P〈0.01)。在无效结果的原因分布中,联合检测较平均,而鉴别检测分布不均,其中样品原因和其他硬件原因的出现频率,鉴别检测均高于联合检测。结论:核酸检测人员只有通过重视样品的检测前质量控制和仪器的日常维护保养,才能减少无效结果的出现,避免浪费。
简介:本研究探讨基于核酸序列的扩增技术(nucleicacidsequencebasedamplification,NASBA)检测mRNA对异基因外周血干细胞移植受者术后人类巨细胞病毒(HCMV)感染的诊断价值,并评价该技术对抗病毒治疗的指导意义。以128例移植术后患者为研究对象,采集移植术后外周血352份;利用NASBA检测外周血中HCMV基质外壳蛋白PP67(UL65)mRNA,并与HCMVDNA的结果进行比较。结果表明:352份血标本中,HCMVmRNA阳性105份(29.83%),HCMVDNA阳性183份(51.99%)。128例患者术后有45例发展为HCMV病,HCMVDNA和HCMVmRNA检测诊断HCMV病的敏感性和特异性分别为95.56%(43/45)、93.33%(42/45)和60.24%(50/83)、97.59%(81/83)。两者特异性的比较差异具有显著性(P〈0、05)。结论:HCMV-PP67的NASBA检测方法具有快速、敏感性高和特异性强等优点,可作为快速检测HCMV病的方法用于临床。该法检测结果与移植受者的临床症状相关。故也可用作监视异基因造血干细胞移植受者术后HCMV感染和指导抗病毒治疗的依据。
简介:摘要目的本研究以目前国际病毒分类委员会(ICTV)所接受的肠道病毒分界标准为基础,通过客观地比较全基因组/多聚蛋白两两相似值,试图寻找一种简单可靠的方法来对新的肠道病毒进行的分类。方法分析960株肠道病毒在全基因组水平上的两两比对相似值(pairwise identity scores,PIS)的频率分布图,观察在不同肠道病毒型别、不同种及不同属之间是否存在明显的分类界限,结合病毒聚类和系统发育树的结果寻找能够区分肠道病毒不同种/属的标准。结果肠道病毒不同种间及与相近病毒属之间在全基因水平上存在比较好的PIS分类界限。多聚蛋白核苷酸PIS为0.657和0.536时可对肠道病毒进行可靠、稳定的种和属的分类。结论肠道病毒多聚蛋白核苷酸序列间PIS在种和属水平上具备明显的遗传边界,并能够简单、可靠地用于肠道病毒监测实验室新种属的初步鉴定。
简介:目的核酸序列依赖性扩增(nucleicacidsequence-basedamplification,NASBA)、Real-timePCR及GM试验在侵袭性曲霉菌感染中的诊断价值。方法收集2013年11月~2014年6月临床上曲霉菌感染高危病患的血液标本80例,并根据EORTC/MSG诊断标准分为确诊组8例,拟诊组26例,非感染组46例,分别利用NASBA、real-timePCR及GM试验进行检测,计算3种方法的诊断指标并分析评价。结果NASBA、real-timePCR及GM试验3种方法的灵敏度分别为76.47%、67.65%、52.94%,特异度分别为80.43%、89.13%、80.43%。联合诊断结果显示,NASBA与real-timePCR串联方案有最好的特异度(100%)及阳性预测值(100%);NASBA与real-timePCR并联方案则最为灵敏(94.12%)。结论NASBA用于诊断IA最为敏感,而real-timePCR则最为特异,GM试验的表现差于前两者。联合应用的诊断策略,在特定情况下提高临床早期诊断IA的准确性。