简介:Pre-mRNAsplicingisafundamentalprocessrequiredfortheexpressionofmostmetazoangenes.Itiscarriedoutbythespliceosomethatcatalyzestheremovalofnon-codingintronsequencestoligateexonsintomaturemRNApriortotransportandtranslation.Thepurposeofourstudyistoexplorewhethertheinvitrounlabeledpre-mRNAsplicingassaycouldbeperformedasanalternativemethodofsplicingreactionotherthantheradiolabeledone.Twodifferentsplicingmethodsinvitro,Plabeledandunlabeledpre-mRNAasthesubstratesinthereaction,wereinvestigated.TheradiolabeledproductswerevisualizedbyautoradiographywhiletheunlabeledproductswereobservedbyEthidiumBromide(EB)staining.Asaresult,althoughtherearemoreunspecificbandsintheEBstainingassaythan32Plabeledone,theRNAproductsofinvitrosplicingcouldbeobservedclearly.Thissuggeststhattheunlabeledpre-mRNAsplicingassaycanbeanoptionalsubstitutionfortheisotope-labeledassay.
简介:摘要目的探讨ATP7B基因罕见同义变异对其前体mRNA剪接的影响。方法从ExAc数据库中筛选出人群等位基因频率<0.005的248种罕见同义变异,用Human Splicing Finder(HSF)软件分析其对于前体mRNA剪接的影响,进一步用ESE Finder 3.0软件预测其对于反式作用因子SR蛋白家族结合能力的影响。筛选出同时影响两种或以上SR蛋白结合的罕见同义变异,用体外迷你基因剪接报告系统进行验证。结果HSF分析提示有136种罕见同义变异可能破坏外显子剪接增强子(exonic splicing enhancer,ESE)的基序;ESE Finder 3.0分析提示其中19种会同时影响两种或以上SR蛋白的结合。体外迷你基因实验证实其中c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异可导致相应外显子的剪接异常,分别造成第4外显子的完全跳跃以及使第18外显子的跳跃增加25%。结论同义变异可能通过各种途径影响前体mRNA的剪接,其中以破坏ESEs基序最为常见。本研究结果证实c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异会对ATP7B基因的mRNA剪接产生影响,使相应的外显子发生跳跃,从而为携带者的基因诊断和遗传咨询提供了依据。
简介:摘要目的探讨可变剪接事件结合剪接因子对乳头状肾细胞癌患者预后的预测作用。方法从TCGA数据库下载乳头状肾细胞癌患者的临床相关资料(性别、年龄、分期等)及转录组数据,并从TCGASpliceSeq数据库获得可变剪接事件信息。通过R语言软件及程序包,使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及相关特异剪接因子,建立乳头状肾细胞癌预后模型,进行独立预后分析,并绘制剪接事件相关的调控网络。结果通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 405个可变剪接事件与乳头状肾细胞癌相关,包括可变受体位点(AA)事件98个、可变供体位点(AD)事件101个、可变启动子(AP)事件333个、可变终止子(AT)事件346个、外显子跳跃(ES)事件448个、外显子互斥(ME)事件3个和内含子保留(RI)事件76个。经过LASSO、多因素Cox比例风险回归分析,并结合临床数据,显示可变剪接事件(C16orf13|32924|ES、TSFM|22759|ES、MACF1|1881|ES、ATP5C1|10726|ES、UNG|24277|AP、UNKL|33077|AP)可能是乳头状肾细胞癌的独立预后风险因素(HR=1.028,95%CI:1.018~1.039,P<0.01)。通过相关性分析寻找乳头状肾细胞癌中可变剪接事件与剪接因子之间的潜在调控关系,构建调控网络,共116个剪接因子及1 059个可变剪接事件纳入分析,其中正、负相关调控事件分别为553、506个。结论可变剪接事件结合相关临床数据对预测乳头状肾细胞癌患者预后具有一定意义,对探索乳头状肾细胞癌的研究具有重要作用。
简介:摘要目的分析一个X连锁显性遗传Alport综合征家系COL4A5基因的剪接突变位点,探索外显子特异性U1核小RNA(small nuclear RNA,snRNA)基因治疗的可能性。方法收集Alport综合征先证者及其家族成员临床资料,高通量测序技术检测先证者肾病系列基因全外显子组基因突变。用在线软件分析COL4A5 c.546+5G>A变异引起的剪接位点改变及其致病性。用minigene实验验证和分析Alport综合征家系先证者COL4A5基因突变位点c.546+5G>A及瞬时转染导入修饰过的U1 snRNA纠正剪接突变的效果。结果基因测序结果显示,先证者和其同母异父的兄长均存在COL4A5基因半合子变异,变异位点为c.546+5G>A。在线软件分析剪接变异致病性的结果显示,突变后原有的Donor剪切位点检测不到,提示影响剪切可能性很大。杂交小基因检测结果验证了COL4A5基因c.546+5G>A突变的异常剪接模式——外显子9缺失。经过修饰的U1 snRNA可部分纠正该异常的剪接突变,ExSpeU1(MT)、ExSpeU1(E9+1)、ExSpeU1(E9+9)、ExSpeU1(E9+11)对c.546+5G>A引发的外显子9缺失的纠正比例分别为0、43.81%、52.09%、48.12%。结论COL4A5新发剪接突变具有致病性,修饰过的U1 snRNA可部分纠正异常剪接。
简介:摘要目的探讨可变剪接事件及剪接因子对雄激素剥夺疗法(ADT)治疗的前列腺癌患者预后的预测作用。方法从TCGA数据库下载60例进行ADT治疗的前列腺癌患者相关临床、转录组信息,并获得可变剪接事件信息。通过R语言程序包,使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及剪接因子,建立相关模型,进行独立预后分析及相关调控网络分析。结果确定前列腺癌患者相关可变剪接事件44 070个,包含可变受体位点(AA)3 525个、可变供体位点(AD)3 101个、可变启动子(AP)9 035个、可变终止子(AT)8 663个、外显子跳跃(ES)16 772个、外显子互斥(ME)228个和内含子保留(RI)2 747个。通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 349个可变剪接事件为与ADT相关的疾病进展相关剪接事件(DFS-SE),包括AA事件145个、AD事件102个、AP事件243个、AT事件189个、ES事件557个、ME事件6个和RI事件107个。多因素Cox回归分析显示,加入临床相关信息后,ME事件(ANK3|11852|ME、TCF7L2|151705|ME、UBR2|127390|ME、SLC39A14|140283|ME)可能为预测ADT抵抗的独立预后因子(HR=1.398,95% CI 1.156~1.689,P<0.01)。结论ME类可变剪接事件结合相关临床数据对预测前列腺癌患者ADT有效性具有一定意义,对探索前列腺癌患者ADT抵抗的研究具有重要作用。
简介:Theinfluenceofinitialstrainstateonthedynamicresponseofanendbearingpileembeddedinisotropicsaturatedsoilisinvestigatedthroughthelinearizedtheoryofsmallelasticperturbationsuperposedonlargelystressedbodies.Thegoverningequationsforsoil,basedonBiot’sporoelasticitytheory,arederivedinthecylindricalcoordinates,andthepileismodeledbyusingtheone-dimensionalelastictheory.Theanalyticalsolutionsofpileimpedance,frequencyresponseofbothtwistangleandtimehistoryofvelocityresponseareobtainedbyusingofseparationofvariablestechnique.Finally,aparametricstudyoftheinfluenceofinitialstrainsonthetorsionalimpedance,twistangle,andvelocityresponseatthetopofthepileiscarriedout.
简介:Asinreadingteaching,schematheoryhaslongbeentakingadominantpart.Accordingtothistheory,Englishteacherscanhelpthestudentstocalluptheirpriorknowledgebyplacinganemphasisonamoreefficientuseofpre-readingactivities.Oneoftheeffectiveactivitiesistomakegooduseofthepre-readingexercisesinthetextbook.Thispaperintendstoanalyzetheresultsoftwobriefinvestigations.Onewasaboutthepre-readingexercisesintheSEFC(NewEdition2010)Book1.Theotherwascar-riedoutamongthefirstyearstudentsfromNanhaiExperimentalHighSchoolofSouthChinaNormalUniversity.Englishteachersinhighschoolthuscantrainthestudentstomakelinksbetweenthetextandwhattheyalreadyknowaccordingtotheirinterests.
简介:Pre-paintedsteelisoneofthemostimportantstructuralmaterialofthe20thcenturywellknownforitsexcellentcorrosionresistanceandwiderangingapplications.Atypicalpre-paintedsteelusuallyconsistsofalayerofmetalcoatingsystem,preferablyzincorzincalloycoatingandacombinationoflayersofinorganic-organiccoatingsusuallyreferredtoaspaintsystem.Thecorrosionresistanceofthemetalcoatingaswellasthepaintsystemmayvaryconsiderablybasedontheircompositionandtheenvironment.Foroptimalcorrosionperformanceofpre-paintedsteel,ajudiciousselectionofbothmetalandinorganic-organiccoatingsystemsareessential.Thispaperreviewsdifferenttypesofpossiblecorrosionissuesinpre-paintedsteelsandmethodstooptimisetheirperformance.