简介:摘要目的采用生物信息学方法筛选和分析原发性肝细胞癌组织和癌旁组织差异表达基因(DEGs),探索原发性肝细胞癌发生和预后的分子机制。方法通过GEO数据库收集了GSE76427数据集,采用GEO2R在线分析鉴定了DEGs。利用GO和KEGG数据库对DEGs进行富集和功能注释。基于STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络分析肝细胞癌发病关键基因。通过GEPIA数据库对这些关键基因进行生存曲线的分析。结果共筛选出74个肝细胞癌DEGs,包括3个上调基因和71个下调基因。GO富集分析结果显示,下调的DEGs主要参与细胞对镉离子和锌离子的反应、生长负调节、异源代谢过程和激素介导的信号通路。KEGG通路富集分析结果显示,下调的DEGs通路主要涉及视黄醇代谢、化学致癌作用、药物代谢-细胞色素P450、细胞色素P450对异生物素的代谢、色氨酸代谢及咖啡因代谢等。蛋白质互相作用网络筛选出10个下调的核心基因:MT1G、MT1F、MT1X、MT1E、MT1H、胰岛素样生长因子1、FOS、CXCL12、EGR1、BGN,其中胰岛素样生长因子1与原发性肝细胞癌的预后有关。结论通过对肝细胞癌芯片数据的生物信息学分析结果显示10个关键基因可能对原发性肝细胞癌的发生和发展起关键作用。胰岛素样生长因子1与原发性肝细胞癌的预后有关。
简介:摘要目的探讨FOS样抗原1(FOSL1)基因多态性与胃癌易感性的相关性。方法收集2014年1月至2019年1月于厦门大学附属第一医院胃肠外Ⅲ科292例(观察组)新诊断胃癌患者和215例(对照组)健康体检者的资料,外周血提取DNA,采用聚合酶链反应(PCR)和限制性片段长度多态性(RFLP)检测FOSL1不同位点的基因型,并分析FOSL1多态性与胃癌易感性的关系。组间比较采用t检验;定性资料使用χ2检验;多态位点与胃癌发生风险之间的关联采用Logistic回归分析。结果与对照组比较,观察组FOSL1 rs1892901位点基因型GG频率降低(154/215比178/292,χ2=6.240,P<0.05),AA频率增高(7/215比28/292,χ2=8.300,P<0.05),差异有统计学意义;与对照组比较,观察组rs637571位点基因型GG频率增高(119/215比187/292,χ2=3.910,P<0.05),AA频率降低(21/215比14/292,χ2=4.770,P<0.05),差异有统计学意义。rs1892901位点AA基因型患胃癌风险增加[比值比(OR)=0.32,95%可信区间(CI):0.14~0.74,P<0.05],GG基因型减少(OR=1.62,95%CI:1.11~2.36,P<0.05),差异有统计学意义;rs637571位点GG基因型患者胃癌易感性增加(OR=0.70,95%CI:0.49~1.00,P<0.05),AA基因型患者患癌风险降低(OR=2.15,95%CI:1.07~4.33,P<0.05),差异有统计学意义。调整相关因素后,rs1892901位点AA基因型仍是胃癌的易感基因(OR=0.42,95%CI:0.11~0.83,P<0.05),差异有统计学意义。结论FOSL1基因多态性与胃癌易感性明显相关。FOSL1 rs1892901位点AA基因型患胃癌风险增加。
简介:目的调查耐药鲍曼不动杆菌菌株问的亲缘关系。方法收集2012年1月至2013年12月该院住院患者痰标本中分离的耐药鲍曼不动杆菌共20株,采用聚合酶链反应(PCR)的方法分析3种与耐药相关的看家基因(carO、gyrA、parC)和54种水平转移获得与β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因以及12种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗传元件遗传标记,再对检测结果作样本分析。结果20株耐药鲍曼不动杆菌共检出3种与耐药相关的看家基因carO、gyrA、parC突变,6种获得性β-内酰胺类耐药基因(TEM-1、PER、ADC-30、ADC-58、ADC-59、OXA-23),5种获得性氨基糖苷类耐药基因(aac(3)-Ⅰ、aac(6’)-Ⅰb、ant(3”)-Ⅰ、aph(3’)-I、armA),2种抗菌制剂外排泵基因(adeB、qacE△1),7种可移动遗传元件的遗传标记(intⅠ1、tnpU、tnp513、IS26、IS903、ISabal、ISabag)。样本聚类分析提示,20株耐药鲍曼不动杆菌可分为A与B二个簇,A簇为多耐药鲍曼不动杆菌,B簇为泛耐药鲍曼不动杆菌。结论A簇1,2,13,17,20号株与10,14,16号株之间亲缘关系较近;B簇4-6-8-9-15-19号株为同一克隆,即为克隆传播。获得菌株之间的亲缘关系对院内感染实时监测和控制院内感染意义重大。
简介:摘要目的研究耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的耐药基因与毒力基因携带情况。方法选取2014年1月至2014年12月期间我院收治患者临床检测标本中分离得到的45株金黄色葡萄球菌,采用聚合酶链式反应检测法测定金黄色葡萄球菌的耐药基因及毒力基因。结果45株MRSA菌株中,对红霉素的耐药率为95.6%,四环素的耐药率为91.1%,对环丙沙星的耐药率为93.3%,对其他抗生素耐药率为100%;β-内酰胺类、四环素类、大环内酯、消毒剂类以及氨基糖苷类耐药基因阳性率分别为100%、91.1%、95.6%、46.7%、97.8%;毒力因子粘附素、酚溶调制肽PSM-mec型、杀白细胞素以及TSST-1基因阳性率分别为80.0%、88.9%、93.3%,0.0%。结论对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的耐药基因、毒力基因的检测有助于分析MRSA的致病机理,为临床治疗MRSA感染提供参考。
简介:目的在中国肥厚型心肌病(hypertrophiccardiomyopathy,HCM)病例中观察分析TPM1基因突变特点和临床表型特点,以期为HCM的基因诊断提供理论支持。方法连续收集200例非亲缘关系的中国HCM患者以及307例对照人群的相关资料,完善临床评估。Panel二代测序检测MYH7、MYBPC3、MYL2、MYL3、TNNI3、TNNI2、TPM1和ACTC1基因,并对致病突变进行Sanger测序验证。分析TPM1基因(NM001018005.1,NP001018005.1)致病突变信息,总结基因型-临床表型特点。结果200例HCM患者中有3例携带TPM1基因致病突变:c.380T>A,c.523G>A,c.629A>G,分别导致编码蛋白α-原肌球蛋白突变:p.M127K,p.D175N,p.Q210R。3例患者发病年龄3456岁,平均45.3±11.0岁。其中p.M127K携带者于34岁发病,症状最重,有黑曚晕厥病史,给予经皮室间隔心肌消融术后一般情况好。其他两位有突变的患者症状相对较轻。3例患者随访数年对于治疗反应好。结论1.5%的中国HCM患者是由TPM1基因突变所致,均为错义突变。携带TPM1基因突变的HCM患者发病较晚,多为中年后发病,对于临床治疗反应好。
简介:【摘要】 目的:探究耐甲氧西林金黄色葡萄球菌耐药基因及毒力基因检测状况。 方法:本研究中所使用的 200 株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分离自我院 2018 年 6 月 -2019 年 5 月住院患者送检样本,主要为患者气管分泌物、脓液、患处血液、穿刺液、排泄物等。菌株抗菌药物敏感性试验依据 2019 年 CLSI 标准执行,所采用的方法为纸片扩散法 ; 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的毒力基因、耐药基因检测采用 PCR 法。 结果:本次研究在样本中共分离出 200 株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,其中气管分泌物中样本构成占比 61.5% 、脓液中样本构成占比 12.5% 、患处血液中样本构成占比 12.0% 、其它分泌物中样本构成占比 6.5% 、患者穿刺液中样本构成占比 4.0% 、排泄物中样本构成比为 3.5% ; 200 株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌对苯唑西林、头孢曲松、庆大霉素、亚胺培南、四环素以及环丙沙星耐药率分别为 100.0% 、 85.71% 、 73.68% 、 62.41% 、 51.13% 、 42.86% ,而对于万古霉素耐药率则为 0% ; fnbA 、 Pvl 、 clfA 、 tst 、 sec 、 sasX 的阳性率分别为 60.0% 、 88.5% 、 42.0% 、 7.5% 、 4.5% 、 0.0% ;依据 DNA 标志物( DL-2000 ): fnbA 基因为 642bp 、 pvl 基因为 939bp 、 clfA 基因为 292bp 、 tst 基因为 594bp 、 sec 基为 325bp 。 结论:本研究中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌对苯唑西林具有完全耐药性,分析原因可能是菌株的生物膜形成及毒力的下降具有一定的联系;菌株的毒力因子呈现不同的分布状态可能是由于其分离标本、遗传因素具有一定的差异。
简介:【摘要】目的:探讨基因芯片在胃癌及肿瘤球细胞差异表达基因筛选中的应用价值。方法:有血清培养液的条件下、无血清培养液的条件下,分别进行人胃癌细胞HCG-27的培养,进行总RNA的提取、纯化、基因表达谱芯片杂交处理,采集芯片图像,读取和分析相关数据。结果:应用DMEM培养基,在有血清培养液培养的过程中,可见胃癌细胞HCG-27均匀生长。应用DMEM/F12培养基,在无血清培养液培养的过程中,可见致密状态肿瘤球形成。在总RNA提取后,应用基因芯片技术进行试验。经过基因表达谱芯片杂交,采集芯片图像以及读取、校正和数据,对照胃癌细胞HCG-27和肿瘤球细胞,存在差异表达基因 924条。
简介:摘要 研究表明HOX基因与白血病的发生发展有着密切联系。HOX基因与早期造血干细胞的功能有关,又参与了后期造血细胞的分化与系定向分化过程,其表达异常可导致白血病的发生。RNA干扰技术是双链RNA(double strand RNA,dsRNA)介导的序列特异性转录后引起同源靶基因表达沉默,从而阻断靶基因的表达,是一种高效的基因阻断技术。利用RNAi技术,抑制HOX基因的表达,可能成为白血病基因治疗的新途径,本文对RNA干扰HOX基因用于白血病基因治疗的研究作一综述。
简介:摘要基因编辑技术是利用生物体DNA链自然解旋断裂后修复等原理而衍生出来的一种碱基对编辑技术。利用基因编辑可以很大程度上改变生物体蛋白质表达进而改变生物体的性状。因此,该技术自发明以来便备受重视。在具有广阔应用价值的同时,我们同样不应忽视其可能的发展弊端,正如“基因编辑婴儿”事件背后所反映出的伦理性、安全性等相关问题等。因此,做到对这一技术全面了解,谨慎利用才是进一步发展该技术的关键。
简介:摘要基因编辑技术是以改变靶基因序列为目的,实现定点突变、插入或敲除的技术。作为生命科学的新兴研究领域,基因编辑技术的不断发展与完善为基因的功能研究、基因检测和治疗提供了强有力的工具,极大地推动了生命科学的发展。本文首先介绍了基因编辑技术发展过程中的三种主要技术—锌指核酸酶(zinc-finger nucleases,ZFNs),类转录激活因子效应核酸酶(transcription activator-like effector nucleases,TALENs)和CRISPR-Cas9。通过改造现有Cas9核酸酶以及寻找新的具有特异性识别和切割目的序列的蛋白,适用范围更广泛的基因编辑系统被开发出来,推动了基因编辑技术的发展。本文同时对基因编辑技术的应用和存在的机遇及挑战进行了探讨,以增进对该技术及其未来研究的整体认识。