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  • 简介:采用20种天然氨基酸的47个informationindices描述符、33个connectivityindices描述符和44个eigenvalue-basedindices描述符分别进行主成分分析,得出一种新的氨基酸描述符-SVICE.将其分别对三血管收缩素转化酶(ACE)、抗菌十八(AMP)、苦味活性二(BTT)序列表征后,建立结构与活性的SMR-MLR模型,并采用内外部双重验证的方法检验模型的稳定性.所建模型相关统计参量如下:复相关系数(Rcum2)、留一法(LOO)交互校验复相关系数(RCV2)和外部样本校验复相关系数(Qext2)分别为0.988,0.964,0.985;0.990,0.970和0.855;0.949,0.887,0.830.结果表明,运用SVICE描述符建立的MLR模型拟合、预测能力均较好,能较好解释类药物的活性与结构间的关系从而为新的强活性类药物的分子设计和改造提供了指导.

  • 标签: 氨基酸 定量构效关系 SVICE描述符 多元线性回归
  • 简介:采用分子对接和分子动力学方法,考察了硝基类二类化合物抑制剂的侧链结构对嗜热菌蛋白酶(TLN)的抑制效能的影响.计算结果表明:当侧链基团为异丁基时,抑制剂与TLN的活性部位之间形成的氢键数目最多,并可以提高抑制剂与TLN的结合能力.理论计算的结合自由能大小与抑制剂的抑制常数相吻合.以上结果从理论上进一步揭示了硝基类二化合物侧链结构对TLN的抑制能力的影响复杂性,即除了一般意义上的疏水作用外,侧链结构的变化导致氢键的形成能力变化也不可忽略.

  • 标签: 抑制剂 嗜热菌蛋白酶 硝基 构效关系 氢键