行政执法与刑事司法衔接不仅是我国全面深化改革的重大问题之一，还是全面推进依法治国的重大问题之一。当前，两者之间的衔接面临着实体、程序以及监督等多方面的困境。实体衔接上的困境主要表现在针对特定的“违法行为”，如何认定其已涉嫌构成犯罪，如何认定其与犯罪行为是同一行为，以及针对该行为所作出的行政处罚与刑罚处罚之间如何折抵。程序衔接上的困境主要表现在对于涉嫌犯罪的“违法行为”，行政执法机关在移送过程中应采取哪种步骤，移送后行政执法的状态，以及衔接过程中的接受主体如何确定等方面。衔接监督上的困境主要体现为监督主体虚置、监督依据缺少，以及监督效果堪忧等方面。产生这些困境，既有理论研究上的原因，也有立法上的原因，还有衔接运作机制上的因素。应在反思衔接目的的基础上，探寻健全和完善衔接机制的最佳方案。
