目的：通过计算机模拟技术研究芪苈强心胶囊中已知结构化合物的分子特征，分析与强心西药分子结构、理化性质相似的中药成分，并寻找比对中西药分子的作用靶点，以期为新药研发或作用机制研究提供思路。方法：通过中西药的分子集构建，进行中西药分子的理化性质分析和结构比对，同时通过反向药效团搜索进行中西药分子的作用靶点结合的探讨。结果：我们利用软件构建了45个中药成分和3个强心类西药成分的平面结构和三维结构，通过分子结构相似度的比较和反向药效团搜索，发现这45个中药分子整体与洋地黄毒苷的相似度最高，同时中药分子中黄芪苷和人参皂苷与各西药分子的结构相似度最高；理化性质对比分析显示，3个强心西药的相对分子质量并不是最大的，然而其表面极性却最大；通过反向药效团搜索发现，这48个小分子中有10个小分子与66个蛋白药效团模型发生了较好的结合，其中西药地高辛只与一个药效团发生接合，而中药有6个成分都与多个药效团发生结合，其中以丹酚酸A结合的药效团最多。结论：与西药仅结合单一蛋白药效团不同，中药分子更易与多个蛋白药效团发生结合，由此推测其作用靶点和作用途径可能更为多样化。
