高投入高产出的近代集约型农业生产方式,在提高了农业生产效率的同时,也由于化学肥料和化学农药的大量施用等,带来了对环境的污染和农产品的安全问题。日本农业以大多为分散的小农户为特征,在成本上难以对抗大规模生产的进口农产品,此外病虫害易发的湿润气候条件,劳动力的不足和高龄化等都意味着日本农业更难摆脱对化学肥料和化学农药的过度依赖,更难摆脱传统集约型生产方式的弊端。因此,与欧盟相比日本的环境保全型农业起步晚、发展慢。但是随着农产品供给不足状况的改变,人们对食品安全和环境安全的关注程度日益提高,日本的环境保全型农业也逐渐得到了发展。