摘要目的对2014—2018年云南省文山州手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例进行病原分析，并对其中分离的柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6, CV-A6)进行分子流行病学分析。方法用RD细胞和Hep-2细胞从HFMD病例粪便标本中分离病毒，提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行RT-PCR和测序，确定病毒型别，再用各型病毒的相关引物扩增肠道病毒(enterovirus，EV)VP1区全序并测序；按参考文献下载基因库中CV-A6病毒完整VP1区基因参考序列，用MEGA5.2软件构建系统进化树，进行基因特征和分子流行病学分析。结果5年间共从2 848份标本中分离到581株EV，病毒分离率为20.40%(581/2 848)。581株病毒中CV-A6 74份，占阳性总数的12.74%(74/581)，CV-A16 124份，占21.34%(124/581)，EV-A71 374份，占64.37%(374/581)。其他病毒9份，占1.55%(9/581)。用MEGA5.2软件对74株CV-A6病毒的VP1基因完整序列(915 bp)作基因进化树，排除序列完全一样的序列后共对22株具有代表性的CV-A6病毒和52株参考株序列共74株病毒作基因进化分析，文山州所有22株均为D3a亚型，其中21株为分支1(cluster 1), 1株为分支2(cluster 2)。结论2014—2018年云南省文山州HFMD流行以EV-A71(占64.37%)、CV-A16(占21.34%)和CV-A6(占12.74%)为主。基因特征分析表明，跟往年全国的情况一样，云南省文山州2014—2018年流行的CV-A6为D3a基因亚型，其中进化分支1(cluster 1)是主要的流行分支。
