摘要目的了解北京市2018—2020年疱疹性咽颊炎（herpangina，HA）相关柯萨奇病毒A组6型（coxsackievirus A6，CV-A6）分子流行病学特征。方法收集2018—2020年北京市16个区哨点监测医院中就诊的18岁以下HA病例的基本信息及临床症状，利用real-time RT-PCR方法检测肠道病毒（enterovirus，EV）和CV-A6核酸，采用描述性统计方法分析HA病例流行特征。扩增CV-A6 VP1区并测序，采用IQ-tree软件进行最大似然法进行系统进化树的重建，对序列进行遗传进化分析。结果2018—2020年共收集HA病例2 937例，EV阳性1 373例，总阳性率为46.75%，其中CV-A6阳性占总阳性病例的29.42%（404/1 373）。在CV-A6阳性病例中，性别比为1.08：1，发病高峰为秋季，主要症状为疱疹（93.32%，377/404）、发热（86.39%，349/404），全部为轻症病例。本研究新定义了CV-A6的E基因型，所测89条CV-A6全长VP1核苷酸序列进行的遗传进化和核苷酸相似度分析发现，均属于D3基因亚型。结论CV-A6是2018—2020年北京地区疱疹性咽颊炎主要病原之一，主要流行株为D3亚型。应开展HA病例的常规监测，及时分析CV-A6的分子进化特征。
