简介:摘要患者因“胸痛、皮疹、淋巴结肿大2年余,全身疼痛8个月,体重近半年下降15 kg”于 2020年9月15日就诊于北京协和医院。患者有胸痛、咳嗽、咳痰等,经验性使用头孢类抗感染和对症治疗,症状缓解,但出现药物性皮疹,抗过敏治疗后皮疹缓解。颈部淋巴结肿大无缓解,活检提示多灶性肉芽肿性炎,予诊断性抗结核治疗,淋巴结有所缩小,但病情反复,继而出现全身疼痛,完善检查提示右肺上叶肺癌伴阻塞性肺炎,伴全身多部位转移。患者无明确免疫抑制病史,γ干扰素抗体强阳性,考虑成人起病的免疫缺陷综合征,淋巴瘤和感染不除外。为明确诊断需进行骨穿和组织活检,但患者不配合。既往右颈部淋巴结和左侧髂骨活检组织病理学弱抗酸阳性,疑似诺卡菌感染,经验性用磺胺和亚胺培南抗诺卡菌治疗好转,宏基因组高通量测序结果为马内菲蓝状菌,含量较低,对此少见病原菌,积极完善实验室病原学检查培养阳性后,停用抗诺卡菌治疗,开始抗真菌治疗(两性霉素B联合伊曲康唑),2个月后患者全身结节和包块消失,皮肤创面愈合。患者标本取材合格性、实验室与临床之间及时沟通,及宏基因组高通量测序技术结果的合理解读,对患者的诊治具有重要意义。
简介:摘要宏基因组学利用新一代高通量测序技术,以特定环境下病原体基因组为研究对象,在分析病原体多样性、种群结构、进化关系的基础上,进一步探究病原体的群体功能活性、相互作用及其与环境之间的关系,发掘潜在的生物学意义。目前,绝大部分的宏基因组学研究都集中在临床价值评价,宏基因组检测临床应用前分析性能确认的研究相对空白,北京协和医院检验科研究团队结合多年病原宏基因组检测的经验和国内外相关研究成果,就病原宏基因组项目医院本地化开展前的性能确认工作,从临床预期用途、方法学建立、性能确认、标准操作作业书4个方面提出了具体的实施方案,具体包含:标本类型和病原体范围、生物信息流程建立、生物信息分析参考盘制备和评估、湿实验流程的建立、背景核酸数据模型的建立、参考盘制备和全流程的性能确认等。
简介:摘要目的监测2018年中国院内革兰阴性杆菌对常用抗菌药物的敏感性。方法前瞻性收集2018年1至12月全国13家教学医院革兰阴性杆菌。采用琼脂稀释法及微量肉汤稀释法测定美罗培南等抗菌药物的最低抑菌浓度(MICs)。采用美国临床和实验室标准协会(CLSI)2019年M100S(第29版)标准进行药敏结果判断。数据分析采用WHONET-5.6软件。结果共收集1 214株非重复革兰阴性杆菌,血和无菌体液标本来源占96.7%(1 174/1 214)。主要抗菌药物对871株肠杆菌科细菌的敏感率依次为阿米卡星(93.2%,812/871)、美罗培南(92.0%,801/871)、厄他培南(88.9%,774/871)、亚胺培南(88.4%,770/871)、哌拉西林/他唑巴坦(84.0%,732/871)、头孢哌酮/舒巴坦(83.1%,724/871)、头孢吡肟(71.4%,622/871)、米诺环素(68.9%,600/871)、头孢他啶(66.9%,583/871)及左氧氟沙星(54.4%,474/871)。大肠埃希菌对三代头孢菌素的耐药率分别为61.5%(155/252)(头孢曲松)和60.7%(153/252)(头孢噻肟)。肺炎克雷伯菌对三代头孢菌素的耐药率分别为56.3%(125/222)(头孢曲松)和57.7%(128/222)(头孢噻肟)。大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌超广谱β内酰胺酶(ESBLs)检测阳性率分别为50.4%(127/252)和18.0%(40/222),且全部ESBLs阳性菌株对亚胺培南和美罗培南的敏感率均>95%。碳青霉烯耐药的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌的发生率分别为2.8%(7/252)和20.3%(45/222)。对阴沟肠杆菌、产气克雷伯菌和弗劳地柠檬酸杆菌,抗菌活性最高的药物依次为替加环素(96.3%~100%)、阿米卡星(94.9%~97.1%)、美罗培南(89.8%~96.6%)及亚胺培南(89.8%~94.9%)。奇异变形杆菌、摩根摩根菌和黏质沙雷菌对美罗培南、阿米卡星的敏感率均大于90%。对67株碳青霉烯耐药的肠杆菌科细菌(CRE)进行改良碳青霉烯灭活试验(mCIM)显示,45株为丝氨酸型碳青霉烯酶,20株为金属酶。铜绿假单胞菌对美罗培南和亚胺培南的敏感率分别为73.2%(112/153)和66.0%(101/153)。鲍曼不动杆菌对黏菌素的敏感率最高(100%,163/163),其次是替加环素(87.1%,142/163)。血标本与其他感染来源的标本相比较,肺炎克雷伯菌[17.6%(27/153)比21.7%(15/69)]和鲍曼不动杆菌[68.3%(71/104)比71.2%(42/59)]碳青霉烯耐药比例低,而大肠埃希菌[2.5%(4/198)比0%(0/54)]和铜绿假单胞菌[37.0%(33/89)比18.8%(12/64)]碳青霉烯耐药比例高。结论碳青霉烯类对肠杆菌科细菌仍保持较高的抗菌活性,尤其是仅产ESBLs的菌株。碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌应引起足够重视。产碳青霉烯酶是当前我国碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌最重要的耐药机制。