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  • 简介:摘要目的通过高通量测序研究肺腺癌合并肺栓塞及肺栓塞患者基因表达谱数据,应用生物信息学方法挖掘肺腺癌合并肺栓塞及肺栓塞患者共同信号通路,筛选两对比组共同差异mRNA。方法收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月至2019年12月肺腺癌合并肺栓塞、单纯肺腺癌、单纯肺栓塞及健康体检者外周血(每组4例,共计16例),采用RNA测序技术检测16例入组人群基因表达谱数据,将肺腺癌合并肺栓塞组与单纯肺腺癌组基因表达谱数据作为一个数据集,单纯肺栓塞组及健康对照组基因表达数据为另一个数据集。经R语言筛选两数据集差异表达基因,并经Excel软件取交集,获得两对比组共同差异mRNA。并通过基因本体(GO)注释分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析筛选两对比组共同功能聚类及信号通路。结果肺腺癌合并肺栓塞组对比肺腺癌组、肺栓塞组对比健康对照组共同差异mRNA有14个,其中上调10个,下调4个,差异最明显下调mRNA是溶质载体家族9成员3(SLC9A3);GO分析表明两对比组均与细胞生物过程、补体反应、炎性反应等相关,KEGG通路分析表明两对比组共同富集通路包括补体和凝血级联、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。结论显著下调差异mRNA SLC9A3或可作为肺腺癌合并肺栓塞生物标志物。肺腺癌合并肺栓塞发生可能涉及补体反应、炎性反应等分子功能,也可能与补体和凝血级联、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、NF-κB信号通路等相关。

  • 标签: 肺腺癌 肺栓塞 RNA测序 基因表达谱 差异基因 静脉栓塞
  • 简介:摘要目的分析肺腺癌合并肺栓塞患者差异表达基因,探讨肺腺癌合并肺栓塞可能发病机制。方法前瞻性研究。采用RNA测序技术检测新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1~12月肺腺癌合并肺栓塞患者、肺腺癌患者及肺栓塞患者(每组均4例)外周血中RNA表达,使用生物信息学分析肺腺癌合并肺栓塞组对比肺腺癌组及肺栓塞组差异表达基因。经Excel软件取交集,筛选两对比组共同差异基因,利用Metascape在线工具对共同差异基因进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果从两对比组差异基因中筛选出147个共同差异基因,其中80个上调差异基因,67个下调差异基因,其中P值最小前5个共同差异基因分别为:CD177、S100P、HP、EPHA4、PRTN3。GO分析显示共同差异基因主要富集于中性粒细胞活化、轴突发育、白细胞分化、防御反应负调控等过程,KEGG富集分析显示共同差异基因主要参与代谢途径、肺结核、癌症途径、血小板活化等通路。结论CD177、S100P、HP、EPHA4、PRTN3等基因可能参与肺腺癌合并肺栓塞发生,中性粒细胞活化、血小板活化等生物学过程及通路也可能与肺腺癌合并肺栓塞相关。

  • 标签: 计算生物学 肺癌合并肺栓塞 差异基因 静脉栓塞 RNA测序