简介：摘要对山东省人感染猪链球菌菌株开展基因组流行病学及病原学分析，为制定合理、精准的猪链球菌预防、控制措施提供依据。本研究对分离的猪链球菌菌株开展分子分型、基因组系统进化树、毒力基因型别、耐药谱、耐药基因及其传播元件等方面的分析，并通过比较菌株刺激宿主细胞产生细胞因子的能力评价不同菌株的致病力。结果显示，血清2型、ST1型是山东患者来源猪链球菌的优势型别，其主要临床表现为脑膜炎。系统进化树分析表明山东菌株主要由5个分枝组成。山东菌株均属高致病型菌株，但细胞因子试验表明分枝2的菌株致病力显著强于其他山东菌株。除分枝3的SD2与SD4菌株外，其余山东菌株均携带不同种类的耐药基因及其传播元件。综上，山东猪链球菌的来源及进化途径存在多样性的特征，且致病能力有显著差异，需要在基因组水平开展菌株监测的工作。

简介：摘要目的了解2019年秋冬季青岛地区手足口病住院患者柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6，CV-A6)流行情况及VP1区基因特征和种系进化关系。方法收集2019年秋冬季青岛地区手足口病住院患者104份咽拭子，使用肠道病毒通用RT-PCR筛选出阳性标本。再用肠道病毒VP1区的通用分型引物扩增阳性样本，扩增序列测序并进行BLAST比对。用CV-A6 VP1全长引物，扩增CV-A6阳性样本，扩增产物测序，通过DNAstar和MEGA软件进行核苷酸和氨基酸的同源性分析并构建系统发育树。结果104份咽拭子样本中，肠道病毒检测阳性60份，总体阳性率为57.7%，其中CV-A6阳性率26.9%(28/104)，柯萨奇病毒A组16型(CV-A16)阳性率30.8%(32/104)。对28份CV-A6阳性的样本进行VP1区全长扩增、测序并进行比对和同源性分析获得22株阳性序列，其核苷酸同源性为93.6%～99.9%，氨基酸同源性为98.0%～100%。系统进化分析表明22株CV-A6均属于D基因型中的D3亚型。结论引起2019年秋冬季青岛地区住院手足口病的病原体是CV-A6和CV-A16，CV-A6的流行株主要是D3亚型。