简介:摘要目的基于生物信息学方法,利用基因表达数据库(GEO)分析脓毒症相关长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱,结合微小RNA(miRNA)数据库进行竞争性内源RNA(ceRNA)网络分析。方法从GEO数据库下载脓毒症相关lncRNA数据集,使用生物信息分析工具对数据集进行基因表达差异分析,得到差异表达lncRNA(DElncRNA)和差异表达mRNA(DEmRNA),并绘制聚类热图。通过miRNA结合图谱数据库(miRcode)预测与DElncRNA结合的miRNA,并检索miRNA靶基因数据库TargetScan、miRDB和mirTarBase筛选出同时满足3个数据库的靶mRNA,比对后得到lncRNA-miRNA-mRNA相互作用关系,导入调控网络可视化软件CytoScape中得到ceRNA网络。将ceRNA网络中的DEmRNA导入基因与蛋白质相互作用检索数据库(STRING),绘制基因编码蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。对DEmRNA进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果在GEO数据库中通过检索、筛选获得两个脓毒症相关lncRNA芯片数据集,分别为GSE89376和GSE145227。差异分析显示,GSE89376数据集中老年脓毒症组有14个DElncRNA、359个DEmRNA,成人脓毒症组有8个DElncRNA、153个DEmRNA;GSE145227数据集中儿童脓毒症组有1 232个DElncRNA、1 224个DEmRNA。聚类热图显示,脓毒症组与对照组lncRNA和mRNA的表达存在明显差异;通过筛选的miRNA构建ceRNA网络,发现多个DElncRNA和DEmRNA参与了脓毒症的ceRNA网络。PPI网络图显示有多个基因编码蛋白相互作用,且分别与多个基因编码蛋白形成多节点的相互作用网络。在对相关基因进行功能注释及富集分析后发现,在核受体活性、配体激活的转录因子活性、类固醇激素受体活性等功能相关基因上可能存在串扰机制,并通过叉头框转录因子(FoxO)、Janus激酶/信号转导与转录激活因子(JAK/STAT)、p53、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)等信号通路发挥作用。结论通过构建脓毒症相关lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络,结合通路分析发现,脓毒症中存在多个lncRNA和mRNA参与ceRNA网络,并在多个重要信号通路上发挥作用。
简介:摘要目的比较脂多糖(lipopolysaccharides,LPS)对多能干细胞诱导的人源心肌细胞(human induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes,hiPS-CMs)及原代新生大鼠心肌细胞(cardiomyocytes,CMs)的影响。方法不同浓度LPS处理hiPS-CMs和原代新生大鼠CMs 24 ~ 48 h,通过实时无标记细胞分析技术(xCELLigence Real-Time Cell Analyser Cardio system RTCA) 观察hiPS-CMs和原代新生大鼠CMs的电生理变化;qRT-PCR方法检测NPPB mRNA表达水平和qPCR阵列法检测炎性基因表达水平。结果不同浓度LPS刺激后,原代新生大鼠CMs的电生理变化为搏动频率增加和搏动幅度减少(P<0.01),NPPB mRNA表达水平增加(P<0.01)。在hiPS-CMs中,相对应的LPS浓度刺激未能引起搏动幅度和搏动频率显著变化(P>0.05),NPPB mRNA表达水平未显著增加(P>0.05)。进一步增加浓度(2.5 μg/mL~40 μg/mL),hiPS-CMs的搏动幅度和搏动频率仍未发生明显变化(P>0.05),NPPB mRNA在高浓度LPS(5 μg/mL~40 μg/mL)发生差异性改变(P<0.01)。最后,在炎症相关基因表达方面,原代新生大鼠CMs表现为C3、Gpnmb、Atf3、Il6r和Ly96基因水平上调至1.5倍,hiPS-CMs表现为AK4、TOLLIP、SPP1、FABP1、IL6R、LY96和C3基因水平上调至1.5倍。结论与原代新生大鼠CMs相比,hiPS-CMs受到LPS的损伤明显减轻,表现出不同的炎症基因表达模式。
简介:摘要目的本次研究主要针对2014年至2017年入某院治疗的心血管系统疾病的患者,分析3年来心血管患者疾病的演变趋势和护理模式。方法收集2014年2月到2017年2月在某医院住院治疗的心血管疾病患者200位,统计这些病例的患病情况,分析患者的入院资料,统计其年龄特征,考察护理手段对于心血管患者康复的影响,探讨患者及家属的满意程。结果得出结果,心血管疾病一般为高领人群多发疾病,近些年年轻患者数量呈现上升趋势,采取有效的护理手段会提升心血管患者的治愈率,取得良好的治疗效果。结论通过分析和对比,得出心血管疾病患者的特殊性,了解心血管患者的年龄及其他特点,有助于开展针对性的护理工作,进而提高患者的康复水平。