简介：针对作物种质数据量大、多维带来的挖掘效率偏低的问题,通过探讨云计算技术及其解决方案,提出了一种基于Hadoop的农作物种质资源数据挖掘平台,详述了平台的各功能模块并给出了具体的开发方案。通过改进经典的Apriori算法并在平台上对其进行效率测试,验证了平台的有效性、可行性。

简介：在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLOunigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157-0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5-9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15-50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过qRT-PCR试验验证,结果表明：这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。

简介：目前芒属植物被视为最有前景的木质纤维素能源作物,在中国、美国、日本和欧洲国家得到了广泛研究和利用。但截至目前依然没有统一的芒属植物种质资源描述规范,一定程度上阻碍了其信息的共享与交流。鉴于此,本研究通过开展芒属植物种质资源描述和数据制定技术标准研究,旨在为芒属能源作物品种的选育、审定与推广提供科学规范的依据。本文论述了芒属种质资源描述规范、数据标准与数据质量控制规范的制定原则、方法与内容,对于促进整合全国芒属种质资源,规范芒属种质资源的收集、保存、评价具有指导作用。

简介：2017年7月20日,同方知网（CNKI）中国科学文献计量评价研究中心研发的《医院科研成果统计分析与评价数据库》召开了专家鉴定会。来自卫生和医疗主管部门、医院科研处、学协会等18个单位的20位专家参会,并对该项成果给予高度评价,认为其达到国内领先水平。

简介：选取15％的总体取样比例，采用2种分组方法、3种组内取样量比例和2种组内个体选择方法，分析了476份广西甘薯种质资源的18个农艺性状数据，构建出13个甘薯初级核心种质样本。为确定这些样本的代表性．分别与总体进行了5个指标的比较，包括表型保留比例、表型频率方差、遗传多样性指数、变异系数、极差符合率。结果表明，按资源类型分组优于按来源地分组；组内取样量以对数法代表性最好，简单比例法的代表性其次，平方根法最差；在个体选择中，最小距离逐步取样法优于随机法。因此，按资源类型分组，再按对数比例法确定组内取样量，通过最小距离逐步取样法选择个体是甘薯核心种质构建的最佳取样策略。

简介：用21个分布在谷子9条染色体上的SSR标记,对120份来自于核心种质的谷子材料进行遗传多样性研究。21个标记共检查出305个等位变异,各标记检测出的等位变异数在3～26个之间,平均每个位点检测出的等位变异数为14.5个;21个位点的平均多态信息量（PIC）为0.809。基于21个SSR标记的分子鉴定,计算了120份材料间的遗传相似系数,其变化范围为0.8393～0.9672,平均值为0.8906。根据计算的遗传距离,对120份谷子材料进行UPGMA聚类,在遗传相似系数0.8865处这些材料被划分为4个类群,分类结果与这些谷子来源地生态类型总体上表现一致,分别为西北内陆类群、黄土高原内蒙古高原类群、华北平原类群以及华北平原近年育成种类群。

简介：利用663份山西省普通菜豆资源基于14个农艺性状，采用比较不同分组原则、取样比例和总体取样量不同组合的取样方法，确定了“地理来源＋平方根比例＋20％总体取样量”为山西省初级核心种质构建的方法。同时．在此基础上对663份资源中一些具有极端性状的资源进行选择，最终确定152份普通菜豆可作为山西省普通菜豆初级核心种质。通过总体与初级核心种质资源多样性分析，数量性状均值比较，数量性状极值、变幅和标准差比较，性状多样性的差异性分析和各性状总体分布的χ^2检验，最终得出：152份普通菜豆资源能够代表山西省普通菜豆资源的总体，可作为山西省普通菜豆评价和创新利用的优先样品集。

简介：近年来，一系列重要医学致病真菌全基因组数据陆续被公布，使人类对这些致病菌的认识提高到全新水平。本文在回溯医学真菌基因组学和基因组测序技术发展历程、综述其发展现状及应用的基础上，再分别介绍重要医学真菌全基因组测序的进展。

简介：采用前期建立的快速无损伤测定SPAD值分析相对叶绿素含量的模型,于低氮与正常供氮大田试验处理下,对我国玉米育种与生产上重要的189份玉米自交系开展了低氮与正常供氮条件下不同时期与不同部位叶片的相对叶绿素含量分析。方差分析结果表明,低氮与正常供氮条件下,叶绿素含量均存在极显著的基因型与环境差异,基因型差异是氮敏感性差异的重要原因之一。散粉期和散粉后10d玉米主要功能叶穗三叶（穗位上第1叶、穗位叶、穗位下第1叶）叶绿素含量之间具有极显著正相关;大喇叭口期玉米全展叶叶绿素含量与各时期各部位叶绿素含量之间呈极显著中度相关。将正常供氮条件下的性状值与低氮胁迫下性状值的差值占正常供氮条件下性状值的百分比定义为氮敏感性。189份玉米自交系氮平均氮敏感指数变幅为23.86%~36.00%,表现高度耐低氮的材料有合344和昌7-2等40份自交系,高度敏感的材料有CML206和CA375等40份自交系。本研究提供了一种快速高效的种质资源氮敏感性鉴定与评价方法,并为玉米耐低氮与氮高效的遗传育种提供了重要分析结果与基础数据。

简介：采用EST-SSR标记构建了国家种质广州甘薯圃中52份甘薯种质资源的DNA指纹图谱。利用52份供试资源,从早期筛选出的342对候选多态性引物中筛选出16对核心引物,16对引物在52份资源中共扩增出159个等位位点,每对引物的等位位点数为5～19个不等,平均为9.94个,多态性信息含量变化范围为0.6235～0.9593,平均为0.7991。选择带型清晰、重复性好、易于统计且能将52份资源完全区分开的2对引物组合构建供试资源的DNA指纹图谱。NTSYS软件聚类分析表明,EST-SSR标记能正确反映出不同资源间的亲缘关系,为构建甘薯大型DNA指纹图谱数据库奠定了基础。

简介：以山东省41份小麦种质资源为材料,使用46对引物,通过SSR技术对其进行了DNA指纹数据库的构建。结果显示,所采用的46对引物在本试验材料中共检测到69个等位基因,有较好的多态性。利用NTSYS进行UPGMA聚类分析后,发现这41种材料在遗传相似系数0.68为阀值处可以分为3个类群。试验证明该方法能够分辨各个种质间的亲缘关系,能够较好满足小麦DNA指纹数据库的构建要求,对山东省小麦遗传资源的收集、保存、分类、评价、核心种质的建立等研究工作提供理论依据。

简介：以包含甘薯近缘野生种、地方品种和育成品种的129份种质为供试材料．采用SRAP分子标记对其进行遗传多样性分析，同时用MEGA软件结合DPS软件绘制甘薯及其近缘种进化树。结果表明：（1）基于SRAP标记的124份甘薯栽培种平均遗传距离为0．1848，5份野生种平均遗传距离为0．4822，野生种与栽培种之间的遗传距离平均为0．4135。（2）当遗传距离为0．31时，可以把近缘野生种和栽培品种完全区分开。124份栽培种可以在遗传距离为0．21处划分为8个类别。（3）在基于SRAP标记绘制的进化树上，129份甘薯及其近缘种种质按演化顺序分为3部分，分别为处于进化树最底端的由5个近缘野生种组成的第Ⅰ部分、处于进化树中部的由6个育成品种和1个地方品种组成的第Ⅱ部分．以及进化树上部由117份地方品种和育成品种组成的第Ⅲ部分。（4）从进化时间来看，近缘野生种平均进化时间最长，地方品种次之．育成品种最短．与理论预期一致，同时菲律宾引入的品种与我国福建地方品种进化时间一致，验证了甘薯经由菲律宾引入我国福建地区这一传播途径。SRAP标记可以有效的运用于甘薯遗传多样性及其起源与演化分析。

简介：目的通过对甘肃,青海桃儿七遗传多样性研究,为野生桃儿七资源的保护提供依据。方法采用ISSR分子标记技术,对13个野生桃儿七居群的153份DNA进行扩增,对其扩增条带进行遗传多样性分析,在所得遗传距离的基础上进行UPGMA聚类和Mantel检验地理距离,对野生桃儿七居群间遗传多样性差异进行分析。结果11条ISSR引物共检测到155个条带,每条引物10-17个,平均14.1个,共1320个多态性位点;居群平均多态性位点百分率(PPL)65.50%;Nei’s遗传多样性指数(H)为0.2101,Shannon信息指数(I)为0.3191;遗传距离变化范围0.0316-0.3769;Mantel检验p=0.4220。结论甘肃,青海13个野生桃儿七居群间具有较高的遗传多样性,种群内的基因流十分丰富,居群内的遗传分化明显比居群之间的分化要大,各居群间遗传距离与地理距离无相关关系。

简介：采用SRAP技术分析了来源于不同国家和地区的42个大花蕙兰品种及4个国兰原生种之间的遗传亲缘关系。34对引物组合中筛选出29对带型稳定、多态性较好的引物组合,共扩增出398条谱带,其中387条为多态带,多态性比率97.2%,平均每个引物组合扩增多态性带13.3条。46份种质之间的相似系数变化范围为0.60-0.99,平均为0.76。基于29个SRAP标记的扩增结果,利用NTSYS2.10e软件计算Dice遗传相似系数,并建立UPGMA聚类图,结果表明：在遗传相似系数0.69处将供试材料分为4类,较好地揭示了大花蕙兰品种及国兰原生种间的遗传多样性与亲缘关系,可为大花蕙兰种质资源利用及杂交育种中亲本选择提供科学依据。

简介：为明确河北省小麦品种遗传多样性的基础和历史演变,本研究以所收集的该省近60年来审（认）定的125个小麦品种为研究材料,以8个农艺性状为基础进行了遗传多样性分析。结果表明：河北省小麦品种农艺性状变异比较丰富,以每穗不孕小穗数的变异系数最高（52.63%）,其次为单株粒重和有效分蘖数,每穗小穗数的变异最小;多样性指数从20世纪70年代的1.62增加到目前的1.89,平均值为1.76,但略低于其他省份。在上述分析基础上,用最长距离法可将125份材料聚为3大类,其中80.8%（101个）的品种归入第3大类,主要为20世纪90年代以后的品种。这说明该省小麦品种遗传多样性在逐步提高的同时,其遗传基础仍需进一步拓宽。

简介：InDel在基因组中的分布密度仅次于SNP,可作为动植物群体遗传分析、分子辅助育种等研究领域的有效分子标记。花生是世界范围内重要的油料作物之一。目前,花生栽培种全基因组已经公布,为准确挖掘花生基因组信息提供了重要参考。本研究通过169份花生核心种质的GBS(Genotyping-by-sequencing)测序和比对,共获得大小分布在1~14bp范围内的10401个InDels。染色体Arahy.16上分布的InDels最多,达741个;而在染色体Arahy.08上分布的最少,有263个。参考基因组注释信息,仅有1167个InDels分布在功能基因相关区域。经GO注释,InDel分子功能主要包括催化活性(catalyticactivity)和结合(binding);生物过程主要涉及代谢过程(metabolicprocess)、单组织过程(single-organismprocess)和细胞过程(cellularprocess)。经KEGG通路分析发现,InDels所在的基因区域的功能主要与代谢相关。本研究开发出全基因组水平的InDel标记,并做了相应功能分类和注释,为进一步分子验证和利用提供丰富的基因资源。

简介：采用PCR法扩增来自国内5个不同产地的裂叶荆芥ITS全序列,测序后以产自河北的裂叶荆芥代表中国裂叶荆芥与来自不同国家的裂叶荆芥ITS序列进行比较,构建分子系统发育树,探讨国内5个不同产地及不同国家的裂叶荆芥的亲缘关系和系统进化。结果表明：国内5个不同产地的裂叶荆芥ITS1和ITS2序列均有较高的G/C含量;5个产地的裂叶荆芥的扩增序列长度均为749bp,且序列完全相同;其中ITS1序列长231bp,5.8S序列长168bp,ITS2序列长236bp。中国裂叶荆芥与日本、韩国裂叶荆芥ITS序列一致性为100%,与美国裂叶荆芥ITS序列一致性为99.0%。与美国裂叶荆芥相比,中国裂叶荆芥ITS序列有7个碱基发生变异。来自不同国家的裂叶荆芥形成单系群和2个分支（中、日、韩3国为1个分支,美国单独形成1个分支）。ITS序列的一致性表明国内5个不同产地裂叶荆芥为同一个种。

简介：选用抗玉米丝黑穗病自交系Mo17和SH15为供体，与受体感病自交系黄早四和昌7-2构建回交群体（BC3F1＼BC4F2），通过田间人工接种玉米丝黑穗病原菌鉴定抗病性表现，评价群体抗病性。研究结果显示黄早四X（黄早四XMol7）BC。F：群体发病率明显高于BC3F1群体；两个BC4F2黄早四×（黄早四×M017）和昌7—2×（昌7—2×SH15）群体的发病率差异较大。采用SSR标记分析抗病株的供体染色体导入片段，发现随着回交次数的增多，导入片段数量减少，但不同回交群体中供体导入片段数目明显不同．通过连锁不平衡分析，在染色体2．09和3．04区段发掘和验证2个抗玉米丝黑穗病主效QTL，连锁标记分别为UInc2077和phi053或bnlg1965。本文研究结果为抗丝黑穗病基因精细定位和分子聚合育种提供了信息和材料。

简介：为研究耐热水稻品种Nagina22（N22）开花结实期高温胁迫下的主要生理响应,采用温室盆栽试验,在各供试材料的开花期,利用人工气候室进行高温胁迫处理。研究结果表明：N22在高温胁迫下不改变开花期但表现出日开花量的转峰;与N22相比,水稻感热品种Moroberekan花药开裂显著受阻,柱头上萌发的花粉数显著减少;花粉萌发数与花药开裂状况呈极显著的相关关系,进而表现出主穗结实率与柱头上花粉萌发数呈显著的相关关系;主穗日结实率在高温下呈递减趋势,且Moroberekan较N22的下降速率显著加快,表明耐热品种与高温胁迫对结实率存在累积效应,而且高温胁迫效应发生在开花授粉之前。

简介：目的探讨Hog-MAPK信号通路在白念珠菌氟康唑耐药机制中的作用。方法通过Real-TimePCR、Westernblot等方法比较白念珠菌氟康唑敏感株与耐药株Hog-MAPK信号通路相关的HOG1等基因的mRNA表达,以及磷酸化p38MAPK蛋白表达的差异,并应用微量液基稀释法检测白念珠菌HOG1基因缺陷株及其原始亲代菌株/标准株对氟康唑MIC值的差异。结果白念珠菌氟康唑敏感株与耐药株之间Hog-MAPK信号通路相关基因mRNA表达和蛋白表达存在一定差异性,敏感株的表达在一定程度上低于耐药株,HOG1基因缺陷株对氟康唑更为敏感。结论白念珠菌氟康唑耐药性可能与Hog-MAPK信号通路中部分基因和蛋白表达有关,这些基因和蛋白表达的降低可能使耐药性发生改变。