简介：DNA计算是近年来信息领域提出的一种全新的计算理念和模式,具有传统电子计算机不可比拟的优点。简要介绍了DNA计算的基本概念、特点、发展历程,4种基本的DNA计算模型及其应用,最后对DNA计算进行了展望。

简介：针对数值计算中的乘法计算,通过编码特定的DNA分子,将所有计算中可能出现的DNA分子链设定为特殊结构的DNA分子库,建立数值乘法DNA计算的自装配模型。相对于已有的针对数值计算的DNA计算模型,这种计算模型的优点是采用了并行计算的方式,特别在计算位数比较多时,表现出DNA计算极度并行的优点,使计算更加有效。虽然讨论的是十进制数的乘法,但其方法也适用于任意的N进制乘法运算。

简介：在文献中,DNA序列曾被描述为一维游动和三维游动.对前者,一个游动对应于多个DNA序列;对后者,游动和DNA序列一一对应.我们发现在三维游动(xn,yn,zn)中,由xn,yn和zn中任意有序的两个给出的二维游动已经与DNA序列一一对应,且余下的一维游动由该二维游动完全决定.因此,二维游动似乎是描述DNA序列最合适的模型.4个碱基A,C,G和T共有4!=24个排序.每一个排序都给出DNA序列用二维游动的一种描述.两个游动(x'n,y'n)和(x"n,y"n)被看作是等价的,如果(x'n,y'n)=(εx"n,δy"n)或(εy"n,δx"n),这里ε=±1,且δ=±1.于是这24个类型的游动被分成三个等价类;它们的代表分别是(xn,yn),(yn,zn),和(xn,zn),这里(xn,yn,zn)正好是张和张的三维游动.

简介：高通量测序技术的飞速发展让生物信息领域迎来了大数据时代。新技术在提供海量生物遗传信息的同时,也给分析这些数据带来了新的挑战。DNA序列比对是信息分析流程中的关键步骤,为后续的变异检测提供序列比对信息。2015"深圳杯"数学建模夏令营B题以DNA序列比对为研究课题,希望参赛学生给出序列快速比对的最佳方案。本文简要点评了各参赛队伍的解答情况,然后介绍了现有DNA序列比对软件中用到的算法和数据结构。

简介：构建基因调控网络是21世纪人类科学所面临的重要挑战之一。基因调控网络是一个基因组内基因相互作用而形成的关系网络,它从全基因组水平上以系统和全局的角度来研究复杂的生命现象及其本质。本文阐述了近几年来此领域的研究进展,着重介绍利用动态贝叶斯网络重构基因调控网络的若干模型,包括加权核l1模型,正则化模型、高斯混合贝叶斯网络模型和自回归时间变化模型。

简介：本文从复杂网络理论出发，在分析原有乳腺癌易感基因数据的基础上，综合统计分析易感基因彼此之间的关联与乳腺癌疾病之间的关系，并以此构建乳腺癌致病基因蛋白质网络．通过计算和研究网络度，聚类系数等指标发现，此网络具有高度聚集性，即少数核心节点控制着整个网络结构的稳定性．这将为进一步研究和发现乳腺癌致病基因提供新的理论依据和方法．

简介：基因组测序是当今生物学领域的一个重要研究手段,而基因组组装是其首要问题。2014年'深圳杯'数学建模夏令营B题要求学生对一个相对短的基因组(细菌人工染色体BAC)的下一代测序数据建立基因组组装算法,并编制程序加以实现。本文对学生所提交解答的情况进行了一个简单评述。

简介：本文在文献[2]的基础上研究了另一类遗传环境下的两性分支过程（其中配对单元类型多于一种且有一种类型的配对单元数仅由雌性数嚼决定）并得到了有关它们灭绝概率的一些结果。