简介:我们为在人的线粒体与氨基酸新陈代谢联系的新陈代谢的小径的鉴定和重建使用了一条生物信息学途径。试验性、计算的方法决定的人的mitochondrial蛋白质从KEGG数据库在参考小径上被迭加识别mitochondrial小径。在为每条重建的小径的入口和出口点的酶被识别,并且mitochondrial溶质搬运人蛋白质是坚定的在哪儿适用。在mitochondrial小径的中间的酶基于从公共数据库,在当前的文学的证据,或我们的MITOPRED程序可得到的注解被识别,它预言蛋白质的mitochondrial本地化。通过从试验性、文献、计算的来源导出的数据的集成,我们重建了氨基酸在人的线粒体的新陈代谢的小径,它帮助能更好处于人的健康理解mitochondrial新陈代谢和它的角色。
简介:peritrophic矩阵(下午)为昆虫是必要的它由食物粒子,病原体,和毒素保护midgut上皮免受损坏的伤害的消化系统生理学。下午也由于它的peros可接近性是为新害虫控制策略的开发的一个吸引人的目标。理解PM怎么执行这些函数,PM的分子的体系结构用genomic被检验,proteomic在Mamestraconfigurata来临(鳞翅目:Noctuidae),饰有十字架的oilseed的一个主要害虫在北美洲收割。PM的液体层析双人脚踏车团spectrometry分析识别了是分类的82蛋白质:(i)peritrophins,与一个CBDIII领域包括一个新班;(ii)酶在几丁质修正(几丁质deacetylases)包含了,消化(丝氨酸朊酶,aminopeptidases,carboxypeptidases,脂肪分解酵素和α-amylase)或另外的反应(β-1,3-glucanase,碱的磷酸酶,dsRNase,虾红素,pantetheinase);(iii)没有已知的orthologs,由polycalin,REPAT,serpin,C类型lectin和Lsti99/Lsti201和3新奇蛋白质组成的一个异质的组。编码下午蛋白质的基因在midgut主要被表示。cDNAs编码几丁质synthase-2(McCHS-2),chitinase(McCHI),和β-N-acetylglucosaminidase(McNAG)酶,在下午几丁质新陈代谢包含了,也被识别。McCHS-2表示对显示它为在PM,的几丁质合成负责的midgut特定在midgut的唯一的几丁质的材料。相反,编码chitinolytic酶的基因在多重纸巾被表示。McCHS-2,McCHI,和McNAG在喂幼虫的midgut被表示,并且唠叨活动在PM是在场的。这个信息被用来产生鳞翅类的下午建筑学的一个更新的模型。