简介：LBD基因家族是植物所特有的一类转录因子,在植物生长发育过程中起到非常重要的作用。本研究利用生物信息学方法,从萝卜基因组中鉴定出分布于9条染色体上的59个LBD基因。该家族成员结构比较简单,内含子数均不超过3个。萝卜LBD基因可分为两大类,分别包含50个和9个成员。它们在染色体上的分布不均匀,1号染色体上基因数目最多,有18个,而7号和8号染色体分别仅有1个LBD基因。对它们在不同组织和发育时期的表达模式研究发现,该基因家族具有一定的时空表达特异性,预测其参与萝卜不同的发育过程。本研究为萝卜LBD基因家族的功能分析奠定了基础。

简介：荧光定量PCR(qRT-PCR)是研究分子生物学中基因表达的一种新型核酸定量技术,具备快速高效、特异性强、重复性好、灵敏度高和自动化程度高等优点,因而根据相应的实验材料选择适宜的内参基因对于提高qRT-PCR分析的准确性显得尤为重要。Actin基因表达范围广且表达稳定,常常作为内参基因应用于qRT-PCR表达分析中。前期利用转录组测序(RNA-seq)技术获得了西葫芦低温弱光转录组数据库,本研究从中筛选到1条长达2543bp的cDNA,并对其进行了序列分析。生物信息学分析结果表明,该序列包含1个开放读码框(ORF),大小为2064bp,预测编码氨基酸数为682个,理论分子大小约为79.67kD,蛋白质等电点为6.28。WolfPsort分析发现,CpActin蛋白亚细胞定位于细胞核中。MotifScan分析显示,CpActin蛋白质的氨基酸序列207~406位和558~682位分别为Actin的中端和C端保守区域。同源性分析表明,基因编码的蛋白质与同为南瓜属的中国南瓜和印度南瓜同源蛋白的相似性达到99%,具有高度的保守性。基于所获得的基因全长cDNA序列,设计了基因ORF全长引物对CpActin-F、CpActin-R,经PCR扩增得到一条特异、明亮的条带,经测序验证,序列与RNAseq数据库的cDNA序列一致,基因命名为CpActin,GenBank登录号为MH211008。在此基础上,设计了一对荧光定量PCR引物CpActin-Fq、CpActin-Rq,分析显示,该引物具有较高的特异性和扩增效率,且在西葫芦不同组织(根、茎、花和果)和不同胁迫处理[正常(25℃,300μmol/m^2·s)、低温处理(4℃,300μmol/m^2·s)、弱光处理(25℃,80μmol/m^2·s)、低温弱光处理(4℃,80μmol/m^2·s)、强光处理(25℃,2000μmol/m^2·s)和高温处理(38℃,300μmol/m^2·s)]叶片中均能稳定表达,适合在西葫芦基因qRT-PCR表达分析的研究中作为候选内参基因。

简介：InDel在基因组中的分布密度仅次于SNP,可作为动植物群体遗传分析、分子辅助育种等研究领域的有效分子标记。花生是世界范围内重要的油料作物之一。目前,花生栽培种全基因组已经公布,为准确挖掘花生基因组信息提供了重要参考。本研究通过169份花生核心种质的GBS(Genotyping-by-sequencing)测序和比对,共获得大小分布在1~14bp范围内的10401个InDels。染色体Arahy.16上分布的InDels最多,达741个;而在染色体Arahy.08上分布的最少,有263个。参考基因组注释信息,仅有1167个InDels分布在功能基因相关区域。经GO注释,InDel分子功能主要包括催化活性(catalyticactivity)和结合(binding);生物过程主要涉及代谢过程(metabolicprocess)、单组织过程(single-organismprocess)和细胞过程(cellularprocess)。经KEGG通路分析发现,InDels所在的基因区域的功能主要与代谢相关。本研究开发出全基因组水平的InDel标记,并做了相应功能分类和注释,为进一步分子验证和利用提供丰富的基因资源。

简介：大麻THCA合成酶基因CsTHCA在调控大麻THC含量方面起着重要的作用。通过RT-PCR方法从大麻中克隆了CsTHCA,该基因开放阅读框全长1638bp,共编码545个氨基酸。通过pSKint中间载体,构建CsTHCARNA干扰植物转化载体并转化大麻茎尖,获得转基因植株,通过分析大麻中THCA合成酶基因的表达并结合薄层色谱法和SPE-HPLC法发现,转基因植株中基因表达量降低且THC含量降低,这表明CsTHCA通过某种机理正调控THC的含量。

简介：大麦黄花叶病是我国长江中下游地区大麦种植区域的主要病毒病害,由大麦黄花叶病毒(BaYMV,Barleyyellowmosaicvirus)及大麦和性花叶病毒(BaMMV,Barleymildmosaicvirus)引起,自然条件下病毒寄生于禾谷多黏菌中,通过感染大麦根部导致病害发生。本研究通过分析RNA-seq数据,获得感染BaMMV后上调表达的基因HORVU1Hr1G069640(WRKY55)。荧光定量PCR分析发现WRKY55在感病品种中的表达水平极显著高于抗病材料,说明WRKY55参与到大麦感染黄花叶病的过程。WRKY55全长870bp,在415~594位核苷酸之间含有WRKY保守结构域,系统进化分析显示该基因位于独立的进化分枝。组织表达分析发现该基因主要在根部和幼嫩组织中表达,而其他成熟部位表达较少甚至没有。农杆菌介导的烟草亚细胞定位实验发现WRKY55位于整个细胞。酵母转录因子活性分析实验未检测到转录激活活性,酵母双杂交实验未检测到WRKY55与感病基因编码蛋白eIF4E和PDIL5-1存在物理相互作用。这些结果显示WRKY55参与到大麦黄花叶病感染。

简介：目的:探讨青海地区献血者乙型肝炎病毒(hepatitisbvirus,HBV)感染隐匿风险与基因型的相关性。方法:采用回顾性研究方法,选择2014年2月-2018年1月在我院进行无偿献血的青海地区人群750例,采用聚合酶链式反应-限制性内切酶片段法(PCR-RFLP)检测HBVDNA基因的多态性,并进行HBV感染隐匿风险分析。结果:在750例人群中,检出HBV隐匿性感染8例,检出率为1.1%,其中窗口期感染3例,一过性感染5例;基因C型6例,基因B型2例,基因B型患者的都为窗口期感染,核酸定量都≤20IU/mL,与基因C型患者对比差异有统计学意义(P<0.05)。多因素Logistic回归分析显示基因C型、核酸定量、家属病史、吸烟为导致HBV隐匿性感染的独立危险因素(P<0.05)。结论:青海地区献血者HBV感染隐匿风险相对比较低,多为基因C型,基因C型为导致HBV隐匿性感染的独立危险因素。

简介：目的:研究肿瘤坏死因子受体相关因子6(TRAF6)对NOD样受体蛋白3(NLRP3)炎症小体信号通路调控作用的机制。方法:利用免疫共沉淀和免疫印迹在HEK-293T细胞中研究TRAF6与NLRP3的相互作用;通过检测乳酸脱氢酶(LDH),在THP-1细胞中研究TRAF6对NLRP3炎症小体信号通路活性的影响。结果:TRAF6通过与NLRP3的相互作用增加NLRP3的稳定性,进而促进NLRP3炎症小体信号通路介导的LDH的释放。结论:TRAF6通过增加NLRP3的稳定性正调控NLRP3炎症小体信号通路。

简介：【目的】薇甘菊颈盲蝽是入侵植物薇甘菊的天敌昆虫。CYP4家族基因在专食性昆虫与宿主植物的相互作用中发挥着极其重要的作用,探明其在不同部位的表达情况,可为薇甘菊生物控制提供科学依据。【方法】采用RACE技术克隆薇甘菊颈盲蝽CYP基因,实时荧光定量PCR检测其在不同部位的表达情况。【结果】PmCYP4C1基因全长1713bp,其中ORF长1500bp,共编码500个氨基酸,理论分子质量为57.44ku,无信号肽;与其他昆虫CYP4家族基因的同源性大于40%,与温带臭虫CYP的亲缘关系最近。该基因在雌、雄虫各部位均有表达,且都是足部的表达量明显地高于其他部位;雌、雄虫的表达差异在于雄虫翅膀中的表达量明显地高于触角和残体,但在雌虫中这3个部位的表达量无显著差异,且雄虫翅膀中的表达量显著地高于雌虫,是其2.37倍。【结论】薇甘菊颈盲蝽PmCYP4基因除参与代谢有毒物质外,其主要功能可能是编码与薇甘菊颈盲蝽运动相关的酶。

简介：目的:利用慢病毒载体建立稳定表达猪载脂蛋白BmRNA编辑酶催化多肽样蛋白3F(pAPOBEC3F,简称pA3F)的PK15细胞系。方法:以实验室前期构建的pBPLV-flag-pA3F质粒为模板,PCR扩增pA3F基因,克隆到pLenti-Puro-3Flag载体构建成pLenti-Puro-pA3F-3Flag质粒,Western印迹鉴定其在HEK293T细胞中的表达;将pLenti-Puro-pA3F-3Flag质粒与包装载体共转染HEK293T细胞,包装成Lenti-pA3F慢病毒并测定病毒滴度;将Lenti-pA3F慢病毒感染PK15细胞,通过嘌呤霉素压力筛选并结合有限稀释法,筛选稳定表达pA3F的细胞单克隆株,最终Western印迹检测细胞单克隆株中pA3F的表达。结果:菌落PCR和序列测定表明pLenti-Puro-pA3F-3Flag质粒构建正确,Western印迹显示该质粒可在HEK293T细胞中表达pA3F蛋白;包装了Lenti-pA3F慢病毒,滴度为1.32×10^8TU/mL,慢病毒感染PK15细胞后可检测到pA3F蛋白的表达;经Western印迹鉴定,筛选得到的单克隆细胞可稳定表达pA3F蛋白。结论:建立了稳定表达pA3F的PK15细胞单克隆株,为进一步深入研究猪内源性反转录病毒在pA3F作用下的免疫逃逸机制奠定了基础。

简介：【目的】为探究转Cry1Ac/1Ab基因棉花对异色瓢虫生长发育及其捕食功能的影响。【方法】以转Cry1Ac/1Ab基因棉与其亲本常规棉为实验材料,利用取食不同棉花品种叶片的棉铃虫饲喂异色瓢虫幼虫。【结果】与常规亲本棉相比,取食饲喂转基因棉花叶片的初孵棉铃虫幼虫的异色瓢虫幼虫从1龄发育至化蛹期时间延长0.77d,但差异不显著;除1龄幼虫体重增加(0.0773mg)外,其余各龄期幼虫体重均有所下降,但差异均不显著;异色瓢虫1、2、3、4龄幼虫对初孵棉铃虫捕食量均随棉铃虫密度的增加而增加,捕食功能反应均符合HollingⅡ圆盘方程。【结论】转Cry1Ac/1Ab基因棉花对异色瓢虫生长发育无显著影响,饲喂取食转Cry1Ac/1Ab基因棉花的棉铃虫对异色瓢虫捕食功能无显著差异。

简介：MultitoxinBt-cropsexpressinginsecticidaltoxinswithdifferentmodesofaction,forexample,CryandVip,areexpectedtoimproveresistancemanagementintargetpests.WhileCry1Aresistancehasbeenrelativelywellcharacterizedinsomeinsectspecies,thisisnotthecaseforVip3A,forwhichnomechanismofresistancehasyetbeenidentified.HereweappliedHT-SuperSAGEtoanalyzethetranscriptomeoftheguttissueoftobaccobudwormHeliothisvirescens(F.)laboratory-selectedforVip3Aaresistance.Fromatotalof1324252sequencereads,5895126-bptagswereobtainedrepresenting17751nonsingletonuniquetranscripts(UniTags)fromgeneticallysimilarVip3Aa-resistant(Vip-Sel)andsusceptiblecontrol(Vip-Unsel)strains.Differentialexpressionwassignificant(≥2.5foldor≤0.4;P<0.05)for1989sequences(11.2%oftotalUniTags),where420representedoverexpressed(OE)and1569underexpressed(UE)genesinVip-Sel.BLASTNsearchesmapped419UniTagstoH.virescenssequencecontigs,ofwhich,416(106OEand310UE)wereunambiguouslyannotatedtoproteinsinNCBInonredundantproteindatabases.GeneOntologydistributed345ofannotatedUniTagsin14functionalcategorieswithmetabolism(includingserine-typehydrolases)andtranslation/ribosomebiogenesisbeingthemostprevalent.AUniTaghomologoustoaparticularmemberoftheREsponsetoPAThogen(REPAT)familywasfoundamongmostoverexpressed,whileUniTagsrelatedtotheputativeVip3Aa-bindingribosomalproteinS2(RpS2)wereunderexpressed.qRT-PCRofasubsetofUniTagsvalidatedtheHT-SuperSAGEdata.ThisstudyisthefirstprovidinglepidopteranguttranscriptomeassociatedwithVip3Aaresistanceandafoundationforfutureattemptstoelucidatetheresistancemechanism.

简介：Pheromone-bindingproteins(PBPs)arethoughttobindandtransportsexpheromonesontotheolfactoryreceptorsonthedendritemembraneofolfactoryneurons,andthusplayavitalroleinsexpheromoneperception.However,thefunctionofPBPshasrarelybeendemonstratedinvivo.Inthisstudy,twoPBPs(PBP1andPBP3)ofChilosuppressalis,oneofthemostnotoriouspyralidpests,wereinvivofunctionallycharacterizedusinginsectswiththePBPgeneknockedoutbytheCRISPR/Cas9system.First,throughdirectinjectionofPBP-singleguideRNA(sgRNA)/Cas9messengerRNAintonewlylaideggs,ahighrateoftarget-geneediting(checkedwithpolledeggs)wasinducedat24hafterinjection,21.3%forPBPl-sgRNAinjectedeggsand19.5%forPBP3-sgRNAinjectedeggs.Second,byanin-crossingstrategy,insectswithmutantPBP1orPBP3(bothwithaprematurestopcodon)werescreenedandhomozygousmutantswereobtainedintheG3generation.Third,themutantinsectsweremeasuredforelectroantennogram(EAG)responsetofemalesexpheromones.Asaresult,bothPBPmutantmalesdisplayedsignificantreductioninEAGresponse,andthisreductioninPBP1mutantswashigherthanthatinPBP3mutants,indicatingamoreimportantroleofPBP1.Finally,therelativeimportanceoftwoPBPsandthepossibleofftargeteffectinducedbysgRNA-injectionarediscussed.Takentogether,ourstudyprovidesadeeperinsightintothefunctionofandinteractionbetweendifferentPBPgenesinsexpheromoneperceptionofC.suppressalis,aswellasavaluablereferenceinmethodologyforgenefunctionalstudyinothergenesandothermothspecies.

简介：目的:构建斑马鱼FOXP3A融合蛋白的原核表达系统,诱导表达并制备多克隆抗血清。方法:选取斑马鱼foxp3a基因cDNA的894bp特异区段(s-foxp3a),对该片段进行密码子优化后构建原核表达载体pET-32a-s-foxp3a,转化大肠杆菌BL21(DE3),诱导表达斑马鱼S-FOXP3A-His融合蛋白并纯化,纯化后的蛋白免疫家兔,制备斑马鱼FOXP3A蛋白的多克隆抗血清,4次免疫后取血清,采用间接ELISA法检测抗血清效价。结果:在16℃经0.5mmol/LIPTG诱导10h的条件下,SDS-PAGE分析表明斑马鱼S-FOXP3A-His融合蛋白以包涵体形式产生;间接ELISA检测结果显示,FOXP3A蛋白多克隆抗血清的效价在1.6×10^5以上。结论:制备了高效价的斑马鱼FOXP3A多克隆抗血清,为进一步解析斑马鱼FOXP3A蛋白的功能提供了基础工具。

简介：目的:探讨围手术期应用ω-3多不饱和脂肪酸对胃癌根治术患者术后恢复及生活质量的影响。方法:选择2015年1月~2016年12月期间南充市中心医院收治并行胃癌根治术的胃癌患者100例,按照随机数字表法分为对照组和观察组,每组50例。对照组接受常规静脉营养支持治疗,观察组在此基础上接受ω-3多不饱和脂肪酸治疗。检测并比较两组患者术前、术后1d、术后2周血清视黄醇结合蛋白(RBP)、前白蛋白(PA)、白蛋白(ALB)、转铁蛋白(RTF)、CD3~+、CD4~+、CD8~+细胞水平,并于术前、术后2周应用生活质量核心量表(EORTCQLQ-C30)评价患者生活质量。结果:两组患者术后1d以及对照组术后2周的RBP、PA、ALB、RTF、CD3~+、CD4~+、CD4~+/CD8~+均较术前显著降低(P<0.05),而CD8~+均较术前显著升高(P<0.05),术后1d、术后2周观察组RBP、PA、ALB、RTF、CD3~+、CD4~+、CD4~+/CD8~+显著高于对照组(P<0.05),而CD8~+显著低于对照组(P<0.05);术后两组患者EORTCQLQ-C30功能量表各项评分较术前均显著提高,症状量表各项评分较术前显著降低(P<0.05),术后观察组功能量表各项评分显著高于对照组,症状量表各项评分显著低于对照组(P<0.05)。结论:应用ω-3多不饱和脂肪酸能够促进胃癌根治术后患者机体免疫功能的恢复,改善患者的营养状况,提高患者的生活质量。