简介：Theratioofnonsynonymoussubstitutionrate(Ka)tosynonymoussubstitutionrate(Ks)iswidelyusedasanindicatorofselectivepressureatsequencelevelamongdifferentspecies,anddiversemutationmodelshavebeenincorporatedintoseveralcomputingmethods.Wehavepreviouslydevelopedanewγ-MYNmethodbycapturingakeydynamicevolutiontraitofDNAnucleotidesequences,inconsiderationofvaryingmutationratesacrosssites.WenowreportafurtherimprovementofNG,LWL,MLWL,LPB,MLPB,andYNmethodsbasedonanintroductionofgammadistributiontoillustratethevariationofrawmutationrateoversites.Thenoveltycomesintwoways:(1)weincorporateanoptimalgammadistributionshapeparameteraintoγ-NG,γ-LWL,γ-MLWL,γ-LPB,γ-MLPB,andγ-YNmethods;(2)weinvestigatehowvariablesubstitutionratesaffectthemethodsthatadoptdifferentmodelsaswellastheinterplayamongfourevolutionalfeatureswithrespecttoKa/Kscomputations.Ourresultssuggestthatvariablesubstitutionratesoversitesundernegativeselectionexhibitanoppositeeffectonωestimatescomparedwiththoseunderpositiveselection.WebelievethatthesensitivityofournewmethodshasbeenimprovedthanthatoftheiroriginalmethodsunderdiverseconditionsanditisadvantageoustointroducenovelparametersforKa/Kscomputation.

简介：Hox基因，为沿着在embryogenesis的anteroposterior轴的地区性的说明负责，在迄今为止定序的大多数eumetazoan染色体作为簇被发现。无脊椎动物与第二等的簇破裂的一些例外拥有单个Hox基因簇，当时osteichthyans(多骨的脊椎动物)有多重Hox簇。在tetrapods，四Hox聚类，源于所谓的二回合的整个染色体复制(2R-WGDs)，被观察。总的来说，Hox基因簇的数字在动物染色体被认为是ploidy层次的一个可靠标记。事实上，这个计划也在经历了另外的WGD的teleost鱼适合状况。在这评论，我作为将充满在无脊椎动物和osteichthyans之间的差距的系集中于圆口动物和软骨的鱼。最近的研究在galeomorph鲨鱼系加亮HoxC簇的可能的损失，当软骨的鱼Hox簇的另外的方面通常标记他们的保存性质时。相反，存在资源建议圆口动物展出Hox的一个不同模式簇组织。为这组种类，其染色体能不同地从jawed脊椎动物对2R-WGDs作出回应，因此，Hox簇的数字不能用作他们的ploidy水平的好指示物。

简介：Ithasbeenshownthattheprogressinthedeterminationofmembraneproteinstructuregrowsexponentially,withapproximatelythesamegrowthrateasthatofthewater-solubleproteins.Inordertoinvestigatetheeffectofthis,ontheperformanceofpredictionalgorithmsforbothα-helicalandβ-barrelmembraneproteins,weconductedaprospectivestudybasedonhistoricalrecords.WetrainedseparatehiddenMarkovmodelswithdifferentsizedtrainingsetsandevaluatedtheirperformanceontopologypredictionforthetwoclassesoftransmembraneproteins.Weshowthattheexistingtop-scoringalgorithmsforpredictingthetransmembranesegmentsofα-helicalmembraneproteinsperformslightlybetterthanthatofβ-barreloutermembraneproteinsinallmeasuresofaccuracy.Withthesamerationale,ameta-analysisoftheperformanceofthesecondarystructurepredictionalgorithmsindicatesthatexistingalgorithmictechniquescannotbefurtherimprovedbyjustaddingmorenon-homologoussequencestothetrainingsets.Theupperlimitforsecondarystructurepredictionisestimatedtobenomorethan70%and80%ofcorrectlypredictedresiduesforsinglesequencebasedmethodsandmultiplesequencebasedones,respectively.Therefore,weshouldconcentrateoureffortsonutilizingnewtechniquesforthedevelopmentofevenbetterscoringpredictors.

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简介：Lekking男性聚集吸引女性并且完全作出贡献到鸡蛋授精，没有更进一步父母的照顾。进化理论因此预言他们是向他们的配偶的nonchoosy，因为任何失去的交配机会将超过与如此的偏爱联系的好处。但由于时间费用，精力充沛地昂贵的性显示的生产，和潜在的精子限制，lekking男性的交配努力经常是可观的。这些因素，与改变质量的许多女性是可能的访问列克的事实结合了，能赞成男配偶偏爱的进化。这里，我们证明lekking的男性更小的蜡蛾，Achroiagrisella，确实，对与在选择实验的更重的女性，一起的配偶可能的更多在他们交配的处女弄平(即，他们的繁殖资源什么时候还没有，被以前的matings弄空)。当重、轻的女性显示了类似的动机交配，这微分女性的交配成功不能被归因于女行为(即，走近男性的潜伏)并且交接的时间。男性们似乎得益于与更重的女性一起交配，当肥沃断然与女质量相关。这条新实验证据证明那种男配偶选择可能在lekking种类被低估了。

简介：Granulocyte巨噬细胞刺激殖民地的因素(GM-CSF)是一个重要造血的生长因素和有免疫力的调节的人。GM-CSF也在各种各样的传播白血球的功能的活动有深刻效果。它被许多房间类型在收到有免疫力的刺激之上包括T房间，巨噬细胞，endothelial房间和成纤维细胞生产。尽管GM-CSF局部地被生产，它能以一种paracrine方式行动到在主人防卫提高他们的功能的成员传播neutrophils，单核白血球和淋巴细胞。最近的集中的调查为它增加树枝状的房间(DC)成熟和功能以及巨噬细胞活动的能力作为一个有免疫力的助手在GM-CSF的应用程序上被集中。在经历化疗的癌症病人对待嗜中性白血球减少症临床上被使用，在在治疗期间的爱滋病病人，并且在在骨髓移植以后的病人。有趣地，GM-CSF-deficient老鼠的造血的系统看起来正常；最重要的变化在一些特定的T房间回答。尽管GM-CSF的分子的克隆用T房间的cDNA图书馆被执行，T房间在激活以后生产GM-CSF，是众所周知的，在T房间功能上有在由T房间和它的效果的生产的这cytokine的系统的调查的缺乏。在这篇文章，我们将在T房间主要集中于GM-CSF的免疫生物学。