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  • 简介:MicroRNAs(miRNAs)areaclassofshort,endogenously-initiatednon-codingRNAsthatpost-transcriptionallycontrolgeneexpressionviaeithertranslationalrepressionormRNAdegradation.ItisbecomingevidentthatmiRNAsareplayingsignificantrolesinregulatorymechanismsoperatinginvariousorganisms,includingdevelopmentaltimingandhost-pathogeninteractionsaswellascelldifferentiation,proliferation,apoptosisandtumorigenesis.Likewise,asaregulatoryelement,miRNAitselfiscoordinativelymodulatedbymultifariouseffectorswhencarryingoutbasicfunctions,suchasSNP,miRNAediting,methylationandcircadianclock.Thismini-reviewsummarizedthecurrentunderstandingofinteractionsbetweenmiRNAsandtheirtargets,includingrecentadvancementsindecipheringtheregulatorymechanismsthatcontrolthebiogenesisandfunctionalityofmiRNAsinvariouscellularprocesses.

  • 标签: MIRNAS 调控机制 单核苷酸多态性 小分子RNA 细胞分化 相互作用
  • 简介:SmallinterferingRNA(siRNA)andmicroRNA(miRNA)aresmallRNAsof18-25nucleotides(nt)inlengththatplayimportantrolesinregulatinggeneexpression.TheyareincorporatedintoanRNA-inducedsilencingcomplex(RISC)andserveasguidesforsilencingtheircorrespondingtargetmRNAsbasedoncomplementarybase-pairing.ThepromiseofgenesilencinghasledmanyresearcherstoconsidersiRNAasananti-viraltool.However,inlong-termsettings,manyvirusesappeartoescapefromthistherapeuticalstrategy.Anexampleofthismaybeseeninthecaseofhumanimmunodeficiencyvirustype-1(HIV-1)whichisabletoevadeRNAsilencingbyeithermutatingthesiRNAtargetedsequenceorbyencodingforapartialsuppressorofRNAi(RNAinterference).Ontheotherhand,becausemiRNAtargetingdoesnotrequireabsolutecomplementarityofbase-pairing,mutationalescapebyvirusesfrommiRNAspecifiedsilencingmaybemoredifficulttoachieve.Inthisreview,wediscussstratagemsusedbyvariousvirusestoavoidthecells'antiviralsi/mi-RNAdefensesandnotionsofhowvirusesmightcontrolandregulatehostcellgenesbyencodingviralmiRNAs(vmiRNAs).

  • 标签: SIRNA MIRNA 爱滋病病毒 病毒感染 疾病预防
  • 简介:生物信息的途径补充了试验性的努力到inventorize植物miRNA目标。我们执行了产生通常认为的miRNA的一张全面的表的transcriptome指向的米饭(Oryzasativa)的全球计算分析。我们的预言(684个唯一的抄本)证明米饭miRNAs调停包括抄写(41%)的多样的功能的规定,催化作用(28%),绑定(18%),和transporter活动(11%)。在预言的目标之中,61.7%点击在编码区域,将近72%目标让独居的miRNA撞击。学习预言了通常认为地调整象压力反应,催化作用,和绑定一样的函数的34miRNAs的超过70个新奇目标。非常,目标的一半(55%)在O之间被保存,这被观察。sativaindica和O。sativa装饰用的梨树。31个miRNA家庭的成员被发现拥有在米饭之间并且至少的保存目标另外的草家庭成员之一。大约44%唯一的目标在二个不一样的miRNA预言算法之间是普通的。跨种类的保存和算法的一致的如此的程度在在这研究预言的米饭miRNA目标的表授与信心。

  • 标签: MIRNA 目标预测 稻米 基因表达
  • 简介:目的:分析物种间miRNA序列的共同点和差异点,为后续miRNA研究奠定基础。方法:从miRBase数据库下载8种模式生物,即智人、小鼠、大鼠、果蝇、线虫、拟南芥、水稻、玉米的全部miRNA,通过生物信息学相关软件及方法对其进行分析。结果:各物种成熟miRNA序列长度均约为22nt,植物miRNA长度分布范围较动物更集中;而pre-miRNA则相反,植物pre-miRNA的长度变异远大于动物;各物种miRNA序列第一个碱基倾向于U,而其他位点的碱基在不同物种间变异较大;miRNA的保守性有一定的范围,不存在在所有物种中均保守的miRNA。结论:找到了miRNA间的一些共同点及差异点,可为后续miRNA鉴定注释提供借鉴。

  • 标签: MIRNA PRE-MIRNA 保守性 GC含量 碱基偏好性
  • 简介:MicroRNAs(miRNA)指导在基因表示的一个重要角色在植物为到环境条件的发展进程和回答要求了的顺序特定的posttranscriptional基因silencing玩。然而,很少对transcriptional和miRNA表示的posttranscriptional规定被知道。Histoneacetylation在染色质改变起一个重要作用并且为基因激活被要求。由在Arabidopsis的异种分析miRNAs和相应主要miRNAs的子集的累积,我们显示出那histoneacetyltransferaseGCN5(一般控制非镇压的protein5)在miRNA上有一般压抑的效果生产,当它为一个子集的表示被要求时(例如压力可诱导)MIRNA基因。在miRNA生产的GCN5的一般否定功能多半通过象DICERLIKE1(DCL1)那样的miRNA机械基因的间接压抑被完成,有锯齿(SE),偏下性的LEAVES1(HYL1)和ARGONAUTE1(AGO1)。染色质immunoprecipitation试金表明GCN5指向到MIRNA基因的一个子集并且为在这些loci的histoneH3离氨酸14的acetylation被要求。而且,由trichostatin的histonedeacetylation的抑制一个处理或在histonedeacetylase,基因异种损害了某些miRNAs的累积。这些数据一起建议ArabidopsisGCN5在transcriptional和posttranscriptional层次防碍miRNA小径,histoneacetylation/deacetylation是涉及miRNA的规定的epigenetic机制生产。

  • 标签: 组蛋白乙酰转移酶 MIRNA 拟南芥 通路 干扰
  • 简介:理解扩大多拷贝microRNA(miRNA)在植物的家庭,我们局部性从到他们的染色体的Arabidopsis和米饭的报导miRNA基因,分别地并且从Arabidopsis观察了117miRNA基因中的那37%个,从米饭的173miRNA基因中的35%个是在染色体的部分复制。为了描绘表示多样化是否多发生在植物之中,拷贝miRNA家庭成员,我们设计了在Arabidopsis和米饭从10个家庭指向48位预言的miRNA先锋的PCR教材。从RT-PCR数据的结果建议在一样的miRNA家庭以内的成员的抄录先锋在不同表示层次是在场的。另外,尽管miR160和miR162序列在Arabidopsis和米饭被保存,我们发现这些基因的表示模式在二种之间不同。这些数据建议那表达式多样化发生了在多拷贝miRNA家庭,在植物增加我们miRNAs的表达式规定的理解。

  • 标签: miRNA 基因表达 大米 基因序列
  • 简介:实时荧光定量PCR是目前基因表达量差异分析的首选方法之一。虽然其操作简单,但如何保证其定量结果的可信度一直是个难题,特别是针对只有20多个碱基的miRNA的定量分析。本研究以水稻miR408在不同组织中的表达差异为实例,系统地优化和阐述了有关荧光定量的新标准及要求。结果表明,引物的浓度对于荧光定量PCR体系的优化至关重要。

  • 标签: 基因表达量分析 MIQE标准 MIRNA 荧光定量PCR
  • 简介:miRNAsarenon-codingsmallRNAsthatinvolvediversebiologicalprocesses.Untilnow,littleisknownabouttheirrolesinplantdroughtresistance.Physcomitrellapatensishighlytoleranttodrought;however,itisnotclearaboutthebasicbiologyofthetraitsthatcontributeP.patensthisimportantcharacter.Inthiswork,wediscovered16droughtstress-associatedmiRNA(DsAmR)familiesinP.patensthroughcomputationalanalysis.DuetothepossiblediscrepancyofexpressionperiodsandtissuedistributionsbetweenpotentialDsAmRsandtheirtargetinggenes,andtheexistenceoffalsepositiveresultsincomputationalidentification,thepredictionresultsshouldbeexaminedwithfurtherexperimentalvalidation.WealsoconstructedanmiRNAco-regulationnetwork,andidentifiedtwonetworkhubs,miR902a-5pandmiR414,whichmayplayimportantrolesinregulatingdrought-resistancetraits.Wedistributedourresultsthroughanonlinedatabasenamedppt-miRBase,whichcanbeaccessedathttp://bioinfor.cnu.edu.cn/ppt_miRBase/index.php.OurmethodsinfindingDsAmRandmiRNAco-regulationnetworkshowedanewdirectionforidentifyingmiRNAfunctions.

  • 标签: MIRNA 调控网络 干旱胁迫 小立碗藓 计算 合作
  • 简介:【目的】松墨天牛是松树的重要蛀干害虫,也是林业重大外来人侵种松材线虫的媒介昆虫。虽然松墨天牛和松材线虫互作的化学生态和分子进化机制受到人们的广泛关注,但miRNA等表观遗传因子在天牛一线虫互作中的作用未见报道。【方法】使用illuminaHiSeq2000平台进行miRNA高通量测序,得到4个携带线虫的天牛miRNA库和4个未携带线虫的天牛miRNA库。此外,对鉴定出的miRNA进行了差异表达分析,并对这些miRNA的靶基因进行了GO注释和KEGG通路富集分析。【结果】在携带线虫的天牛表皮、脂肪体、中肠和气管样本中分别鉴定出780、802、617和762个miRNA;在未携带松材线虫的天牛的不同组织样本中分别鉴定出784、723、713和837个miRNA。在携带松材线虫的松墨天牛中,某些已知miRNA表达量会显著升高,如miR-14、miR279和miR-312等。差异表达miRNA的功能大多指向代谢、免疫等方面。【结论】miRNA在松墨天牛和松材线虫互作中起着重要的调控作用。

  • 标签: 松墨天牛 松材线虫 共生互作 M iRN A
  • 简介:WestudiedstructuralandimmunologicalpropertiesoftheSARS-CoVM(mem-brane)protein,basedoncomparativeanalysesofsequencefeatures,phylogeneticinvestigation,andexperimentalresults.TheMproteinispredictedtocontainatriple-spanningtransmembrane(TM)region,asingleN-glycosylationsitenearitsN-terminusthatisintheexteriorofthevirion,andalongC-terminalregionintheinterior.TheMproteinharborsahighersubstitutionrate(0.6%correlatedtoitssize)amongviralopenreadingframes(ORFs)frompublisheddata.ThefoursubstitutionsdetectedintheMprotein,whichcausenon-synonymouschanges,canbeclassifiedintothreetypes.OneofthemresultsinchangesofpI(isoelectricpoint)andcharge,affectingantigenicity.ThesecondchangeshydrophobicityoftheTMregion,andthethirdonerelatestohydrophilicityoftheinteriorstructure.PhylogenetictreebuildingbasedonthevariationsoftheMproteinappearstosupportthenon-humanoriginofSARS-CoV.Toinvestigateitsimmunogenicity,wesynthesizedeightoligopeptidescovering69.2%oftheentireORFandscreenedthembyusingELISA(enzyme-linkedimmunosorbentassay)withserafromSARSpatients.Theresultsconfirmedourpredictionsonantigenicsites.

  • 标签: M蛋白 SARS 冠状病毒 结构 免疫学特征
  • 简介:目的:应用重组杆状病毒表达系统制备由HA、NA、M1和M2蛋白组成的H5N1高致病性禽流感病毒样颗粒,为研究H5N1高致病性禽流感疫苗奠定基础。方法:构建能共表达A/chicken/Jilin/2003(H5N1)禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)、A/PR/8/34(H1N1)流感病毒基质蛋白(M1)和离子通道蛋白(M2)的2个二元重组杆状病毒,共同感染HighFive细胞,同时表达HA、NA、M1和M2蛋白,使这4种蛋白在感染的细胞内自主组装成病毒样颗粒。经差速离心和蔗糖密度梯度超速离心收获病毒样颗粒,通过Western印迹鉴定病毒样颗粒的组成,透射电镜观察病毒样颗粒形态,血凝试验测定病毒样颗粒的活性。结果:HA、NA、M1、M2蛋白在昆虫细胞中共表达,并组装成病毒样颗粒;电镜观察到病毒样颗粒的形态与流感病毒一致,直径约80nm;血凝试验显示该病毒样颗粒具有凝集鸡红细胞的活性。结论:应用该方法可以制备流感病毒样颗粒,为H5N1流感疫苗研究提供了可行方案。

  • 标签: 流感病毒 病毒样颗粒 杆状病毒
  • 简介:目的研究Müller细胞在大鼠视网膜绿光损伤模型中的激活反应。方法72只出生后8周(约230~280g)的成年雄性Sprague-Dawley大鼠随机分9组。一组作为正常对照,另8组暗适应24h后置于波长为(530±10)nm的LED灯光箱中照射3h,并分别于暗恢复3、6、12h及1、2、3、7、15d取眼球,光学显微镜下观察同一定位处视网膜组织形态、检测(TUNEL)凋亡细胞、免疫组织化学染色及蛋白免疫印迹分析。结果光损伤后光感受器内外节变短,外核层变薄,细胞排列紊乱;细胞凋亡出现在外核层,暗恢复3h出现,3d时达到高峰,7d时消失;胶质细胞纤维酸性蛋白(glialfibrillaryacidicprotein,GFAP)表达量于暗恢复12h开始升高,随暗恢复时间延长逐渐升高;谷氨酰胺合成酶(glutaminesynthetase,GS)总表达量未见明显改变,但可见蛋白一过性重分布,表达部位由内核层移至外核层。pSTAT3蛋白表达量于损伤后12h出现一过性升高。结论绿光损伤视网膜激活Müller细胞,pSTAT3可能参与了此激活过程。

  • 标签: 视网膜 光损伤 MÜLLER细胞 磷酸化信号转导激活子-3
  • 简介:目的:探讨胃癌组织中烯醇化酶-α(enolase-α,ENOD、肿瘤型丙酮酸激酶(tumorM2pyruvatekinase,M2-PK)的表达、相互关系及临床病理学意义。方法:应用免疫组织化学SP染色方法分别对55例胃癌组织和23例胃良性病变组织切片染色,观察胃癌组织和良性病变组织EN01、M2.PK的表达情况及分析两者临床病理关系。结果:胃癌组织中EN01阳性表达率为67.3%(37/55),明显高于胃良性病变组30.4%(7/23)(P〈0.01),其表达与胃癌分化程度、浸润深度、淋巴结转移及TNM分期均显著相关(均P〈0.05)。M2-PK在胃癌组织中的阳性表达率为78.2%(43/55),明显高于胃良性病变组织39.1%(9/23)(P〈0.01),其表达与胃癌分化程度、浸润深度均显著相关(均P〈0.05)。胃癌组织中EN01与M2-PK的表达呈正相关(r:=0.5729,P〈0.05)。结论:EN01和M2-PK的表达上调与胃癌的发生、发展可能有关,联合检测两种蛋白在肿瘤组织中的表达,对临床判断胃癌的预后有一定的指导意义。

  • 标签: 胃癌 烯醇化酶-α肿瘤型丙酮酸激酶 免疫组化 肿瘤转移
  • 简介:M2型丙酮酸激酶是近年来发现的一种器官非特异性肿瘤标记物,在多种恶性肿瘤,尤其是在宫颈癌的发生发展中发挥着重要作用。本文综述了M2型丙酮酸激酶的生物学特征、及其在宫颈癌中的表达情况、致癌机制以及应用前景等。

  • 标签: M2型丙酮酸激酶 宫颈癌 癌蛋白
  • 简介:国内外学者将改良CLSIM38-A方案应用于红色毛癣菌时进行了改进。这些改进包括红色毛癣菌培养基为燕麦培养基、马铃薯葡萄糖琼脂(PDA)、沙堡弱葡萄糖琼脂(SDA),接种物仅含小分生孢子,培养基为RPMI1640,接种物量为CFU/ml,培养温度为28℃,培养时间为7d,MICs终点确定标准为MIC-0,质控菌株选择须癣毛癣菌MRL1957和红色毛癣菌MRL666。

  • 标签: 红色毛癣菌 抗真菌药物敏感性试验 试验方法
  • 简介:大白菜突变体的获得是种质创新的有效途径,也是开展功能基因组研究的材料基础。本研究选取自交亲和、易进行小孢子培养的大白菜自交系‘A03’作为构建突变体库的野生型材料。分析EMS种子处理对M1、m^2种子和幼苗活力及生理特性的影响,确定适宜诱变方案并构建突变体库,并针对突变体库m^2群体结球期、收获期和生殖生长阶段表型性状变异进行了分析。结果表明,以浓度0.4%的EMS浸泡种子16h,以及连续对两代种子进行诱变处理,均可以构建大白菜突变体库。突变体库m^2群体植株在结球期、收获期和生殖生长阶段表型变异丰富,变异频率分别为21.65%、22.40%和25.65%。

  • 标签: 大白菜 EMS 突变体库 诱变育种
  • 简介:利用TP-M13-SSR分子标记方法,构建27份中国原产苹果属植物在12个SSR位点的指纹图谱,并运用条码技术生成其分子身份证。12对引物共获得251个等位基因,平均21个。引物多态性好,仅用引物CH05b06即可区分全部供试材料。27份苹果材料在12个SSR位点遗传多样性、多态性信息含量和位点杂合度的变化范围分别为0.6620~0.9455、0.6327~0.9211和0.6538~0.9319。基于CH05b06位点处获得的指纹谱图即可得到每份供试材料独有的分子身份证。TP-M13-SSR分子标记技术适用于苹果属植物种质资源的指纹图谱构建,利于分子基础数据库的积累。基于苹果种质资源TP-M13-SSR指纹图谱可获得每份苹果种质资源独有的分子身份证。

  • 标签: 中国原产 苹果属 TP-M13-SSR 分子身份证
  • 简介:试验性的工作在位于Irbid区域并且在乔丹舒纳·诺思的二个蜂房被进行在年期间20042006。这些调查的目的是处于蜜蜂虱(Braulasp)的群袭率估计季节的变化并且开发与蜜蜂Braula在工人上估计群袭率的一个容易、快速的方法。二主要蜂蜜蜜蜂亚种在乔丹被饲养;Apismelliferacarnica和Apismelliferasyriaca在这研究被使用。结果证明群袭率开始在5月很快增加了,到达季节为A的16.2%,15.8%和17.4%的最大的率。m。carnica并且22.6%,23.9%和22.9%为A。m。在2004,2005和2006的12月的syriaca分别地。蜜蜂的最大的成年数字在4月和6月被发现,而为一年的最小在学习时期期间在在两个蜂蜜蜜蜂亚种殖民地的1月。蜜蜂虱的实际人口能被认为日报扔了虱并且由158的一个因素乘估计。这个因素为亚种在半干旱的地中海条件下面为3把年作为的两个的试验性的殖民地是有效的。

  • 标签: 西方密蜂 优良品种 咯尼阿兰蜂 昆虫
  • 简介:Integrinανβ6isexpressedatanundetectablelevelinnormaltissues,butisremarkablyupregulatedduringmanypathologicalprocesses,especiallyincancerandfibrosis.Noninvasiveimagingofintegrinανβ6expressionusingaradiotracerwithfavorableinvivopharmacokineticswouldfacilitatediseasediagnosisandtherapymonitoring.Throughdisulfide-cyclizedmethod,wesynthesizedinthisstudy,anewintegrinανβ6-targetedcyclicpeptide(denotedascHK),andradiolabeleditwith99mTc.Theabilityoftheresultingradiotracer99mTc-HYNIC-cHKtodetectintegrinανβ6expressioninpancreaticcancerxenograffsandidiopathicpulmonaryfibrosiswasevaluatedusingsmall-animalsingle-photonemissioncomputedtomography(SPECT)/computedtomography(CT).99mTc-HYNIC-cHKshowedsignificantlyimprovedinvivometabolicstabilitycomparedtothelinearpeptide-basedradiotracer99mTc-HYNICHK.99mTc-HYNIC-cHKexhibitedsimilarbiodistributionpropertiesto99mTc-HYNIC-HK,butthetumorto-muscleratiowassignificantlyincreased(2.99±0.87vs.1.82±0.27,P<0.05).High-contrastimagesofintegrinανβ6-positivetumorsandbleomycin-inducedfibroticlungswereobtainedbySPECT/CTimagingusing99mTc-HYNIC-cHK.Overall,ourstudiesdemonstratethat99mTc-HYNIC-cHKisapromisingSPECTradiotracerforthenoninya-siveimagingofintegrinανβ6inlivingsubjects.

  • 标签: INTEGRIN ανβ6 Pancreatic CANCER Pulmonary FIBROSIS
  • 简介:记者手记:采访赛默飞世尔是《生物技术世界》记者每年的必修课.一年之中总有崭新的创举、重大的成就让媒体对这个科学仪器的巨人趋之若鹜。而无论采访的是位高权重的总裁级高管、还是硕果累累的科学家、或是睿智的市场开拓精英,每次都让记者感慨良多,这个服务科学、

  • 标签: 科学仪器 服务 总裁 世界 LAN 亚太区