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  • 简介:摘要目的研究游离DNA分子标签检测(cell-free DNA barcode-enabled single-molecule test, cfBEST)技术用于苯丙酮尿症(phenylketonuria, PKU)无创产前诊断的适用性和可行性。方法研究对象为2019年7月至9月郑州大学第一附属医院进行产前诊断的4例诊断为PAH基因热点突变的苯丙酮尿症家系。采用cfBEST技术进行检测,设计巢式聚合酶链反应引物,计算孕妇血浆游离DNA突变频率和胎儿基因型,并将cfBEST技术检测结果与介入性产前诊断结果比较。对数据采用描述性统计分析。结果cfBEST技术检测发现,家系1中c.603T>G和c.842+2T>A位点的突变频率为48.40%(291/601)和9.70%(61/628),胎儿2个位点均为杂合突变型,为PKU患者。家系2中c.1238G>C和c.842+2T>A的突变频率分别为43.70%(786/1 798)和0%(0/1 550),胎儿2个位点均为野生型,非PKU患者,亦非携带者。家系3中,c.1045T>G和c.728G>A的突变频率分别为44.00%(930/2 112)和0%(0/705),胎儿2个位点均为野生型,非PKU患者,亦非携带者。家系4中,c.755G>A和c.728G>A的突变频率分别为45.40%(743/1 637)和4.50%(28/849),胎儿位点分别为野生型和杂合突变型,为携带者。介入性产前诊断结果与cfBEST技术检测结果完全一致。家系1选择引产,其余3个家系选择继续妊娠至足月分娩,其新生儿筛查苯丙氨酸水平均<120 μmol/L,生后1、3、6月龄电话随访,均未见明显异常。结论cfBEST技术有望应用于PKU PAH基因的无创产前诊断,但需要更大样本量的研究证实。

  • 标签: 苯丙酮尿症 苯丙氨酸羟化酶 非侵入性产前检测
  • 简介:摘要目的探讨基于游离DNA分子标签检测技术(cfDNA barcode-enabled single-molecule test,cfBEST)的无创产前检测方法对于眼皮肤白化病Ⅰ型产前诊断的价值。方法采用cfBEST方法为1个眼皮肤白化病Ⅰ型家系提供无创产前检测,之后通过羊膜腔穿刺产前诊断进行验证,并随访妊娠的结局。结果cfBEST的无创产前检测结果显示,胎儿游离DNA浓度为6.6%,眼皮肤白化病Ⅰ型相关的TYR基因c.929_930insC(p.Arg311Lysfs*7)变异占比为45.7%,c.1037-7T>A变异占比为0%,且2个变异未检出的后验概率均为1,提示胎儿未携带这两个变异。经羊膜腔穿刺产前诊断验证,结果一致,随访提示胎儿正常。结论基于cfBEST技术的无创产前检测方法可用于检测血浆游离DNA中的母婴基因型组合,具有临床可行性。

  • 标签: 眼皮肤白化病Ⅰ型 无创产前检测 游离DNA单分子标签检测技术
  • 简介:摘要基因遗传病种类多而复杂,且有不断增长的趋势,总体发病率较高,临床表现各异,通过产前筛查和诊断,及早阻止致死或严重致残的基因遗传病患儿的出生,是行之有效的防控策略。基于胎儿游离DNA的无创产前基因遗传病检测技术已应用于临床,检测的疾病种类不断增加,技术也在不断取得突破,本文就该领域的研究进展做一综述。

  • 标签: 无创产前检测技术 单基因遗传性疾病 胎儿游离DNA
  • 简介:摘要目的通过分析孕妇外周血游离DNA(cf-DNA检测结果的随访资料及相关的妊娠结局,评估cf-DNA检测在产前筛查中的价值。方法收集2011年8月至2017年12月于南京医科大学附属妇产医院进行cf-DNA检测的孕妇的临床资料,包括孕妇的一般情况、cf-DNA检测结果及随访结果。并分析cf-DNA检测结果为常见染色体三体(包括21三体、18三体、13三体)高风险和低风险孕妇的妊娠结局,评价cf-DNA检测的价值,包括敏感度、特异度及阳性预测值、阴性预测值。结果(1)本研究共纳入了43 615例行cf-DNA检测的孕妇,其中44例(0.10%,44/43 615)检测失败;检出结果为常见染色体三体高风险314例(0.72%,314/43 571),低风险43 257例(99.28%,43 257/43 571)。(2)cf-DNA检测结果为常见染色体三体高风险的314例孕妇中,277例(88.21%,277/314)完成随访,其中228例(82.31%,228/277)孕妇接受了侵入性产前诊断为低风险的43 257例孕妇中,36 826例(85.13%,36 826/43 257)完成随访,其中572例(1.55%,572/36 826)妊娠结局不良,包括4例为cf-DNA检测结果假阴性。(3)在完成随访的37 103例孕妇中,21三体、18三体、13三体的敏感度分别为97.96%、96.67%、100.00%,特异度分别为99.96%、99.95%、99.95%,阳性预测值分别为90.57%、63.04%、17.39%,阴性预测值分别为99.99%、99.98%和100.00%。结论cf-DNA检测在胎儿常见染色体三体的产前筛查中具有极高的敏感度和特异度,但仍有一定数量的cf-DNA检测结果为常见染色体三体高风险的孕妇拒绝行侵入性产前诊断以验证cf-DNA检测结果。常见染色体三体低风险的孕妇,因未行侵入性产前诊断,导致部分孕妇出现不良妊娠结局时,无法获得胎儿的染色体核型信息。

  • 标签: 产前诊断 游离核酸 非整倍性 随访研究 妊娠结局
  • 简介:摘要目的探讨母体外周血游离DNA(cell-free DNA, cfDNA)检测失败的影响因素及其妊娠结局。方法回顾性选取2017年4月至2019年4月在北京大学第三医院接受cfDNA检测的5 195例孕妇,按照cfDNA首次检测是否得到有效结果分为cfDNA检测成功组(5 107例)及cfDNA检测失败组(88例)。采用Mann-Whitney U检验及χ2检验对比cfDNA检测成功与失败孕妇的临床特征,通过多因素logistic回归分析cfDNA检测失败的危险因素及体重指数(body mass index, BMI)对检测成功率的影响,评估重采血检测的可行性及重采血检测失败的影响因素。结果首次检测失败率为1.7%(88/5 195),失败者中85例选择重采血检测,74例(87.1%,74/85)获得了有效的cfDNA检测结果,11例(12.9%,11/85)仍无有效结果,cfDNA检测最终失败率为0.2%(11/5 195)。多因素回归分析显示孕妇年龄增加(OR=1.086,95%CI:1.023~1.152,P=0.006)、BMI增加(OR=1.083,95%CI:1.021~1.149,P=0.008)及双胎妊娠(OR=3.093,95%CI:1.715~5.577,P<0.001)是cfDNA检测失败的危险因素,而胎儿游离DNA(cell-free fetal DNA, cffDNA)浓度高(OR=0.758,95%CI:0.720~0.761,P<0.001)是检测失败的保护因素。进一步按孕妇采血检测cfDNA时的BMI分组,发现超重组(BMI 25~29.9 kg/m2)和肥胖组(BMI ≥30 kg/m2)孕妇发生cfDNA检测失败的风险分别为正常体重组(BMI 18.5~24.9 kg/m2)的3.626倍(OR=3.626,95%CI:2.298~5.724,P<0.001)和4.064倍(OR=4.064,95%CI:1.779~9.284,P=0.001)。重采血检测的成功率随母体BMI的增加而降低,但与2次采血的时间间隔无关(OR=0.840,95%CI:0.699~1.245,P=0.065)。74例重采血检测获得有效结果的孕妇中,检测结果高风险7例,经羊水细胞染色体核型分析证实1例45,X和1例47,XXY。11例重采血检测失败的孕妇中有8例进行了产前诊断,胎儿染色体核型均正常;其余3例未行产前诊断,但均分娩了表型正常的新生儿。cfDNA检测失败组与成功组间妊娠丢失率差异无统计学意义[9.1%(8/88)与2.5%(128/5 107),P=0.090]。结论孕妇年龄增加、BMI增加、cffDNA浓度低、双胎妊娠更容易发生cfDNA检测失败。肥胖孕妇可以适当推迟采血孕周以降低cfDNA检测的失败率。对于初次检测失败的孕妇,推荐重采血进行cfDNA检测,重采血检测失败或高风险者进行产前诊断。

  • 标签: 游离核酸 母体血清学筛查 妊娠结局
  • 简介:摘要目的设计一种能够基于原有的分析数据、结合游离DNA片段大小及计数的新的分析方法。方法选取180例孕妇血样进行无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)常规的高通量测序,探索游离DNA片段分子量大小与胎儿DNA含量的关系,提出一种新的结合游离DNA片段大小的Z值的算法。以羊水细胞染色体核型分析结果为金标准,比较两种算法的判断结果。结果当以150 bp为分割值时,小分子片段比例与胎儿DNA含量呈正相关。对高通量测序数据用新旧两种算法进行计算,发现基于计数的传统分析的敏感度为75.00%,特异度为98.86%;基于以150 bp为分割点的结合游离DNA片段大小及计数的分析敏感度和特异度在本次实验中都达到了100%。结论在结合游离DNA片段大小及计数的新方法中选取150 bp作为分子大小分割点,可能比传统基于计数的算法更为合理、有效。

  • 标签: 无创产前检测 游离DNA 胎儿染色体数目异常 Z值
  • 简介:综述几种DNA分子标记技术:RFLP是用限制性内切酶切割不同个体基因组DNA后,含同源序列的酶切片段在长度上的差异,可靠性较高、但操作烦琐,信息含量低;染色体原位杂交是利用特异性核酸片段作探针,直接同染色体DNA片段杂交,在染色体上显示特异DNA,准确、直观,但技术非常复杂;PCR是模仿DNA在生物体内的自然复制过程来扩增DNA片段,安全性好,快速易行;RAPD是以人工合成的碱基顺序随机排列的寡核苷酸链为引物,对所研究的基因组DNA进行PCR扩增,产生多态性的RAPD片段,可以检测多个基因位点,但不能识别杂合子位点;AFLP指纹技术是在RFLP与RAPD两种指纹技术基础上建立和发展起来的,有较高的稳定性,但对基因组纯度和反应条件要求较高;DNA芯片技术是一种以杂交测序基本理论为基础的新型生物技术,用于测序、基因表达、疾病诊断等,但造价、探针的密度与纯度还有待完善;小卫星DNA一般与RFLP技术结合以获得小卫星DNA指纹图谱,信息含量高,但它在染色体上分布不均匀;微卫星DNA既可用作探针获得指纹图谱,也可通过PCR方法进行微卫星位点多态性分析,但工作量大;ISSR即内部简单重复序列,也是一种新兴的分子标记技术,具有很好的稳定性和多态性.

  • 标签: DNA分子标记技术 RFLP 染色体原位杂交 PCR RAPD AFLP
  • 简介:摘要目的探讨胎儿游离DNA(cell-free fetal DNA,cffDNA)检测对13-、18-和21-三体以外的常染色体非整倍体的检测效能及其产前诊断策略。方法收集2019年3月至2020年3月在湖南省妇幼保健院医学遗传科就诊的3例cffDNA检测提示16-三体高风险孕妇的病例资料,回顾分析胎儿羊水常规G显带核型分析和单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)以及胎盘和/或皮肤低深度全基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术结果。结果(1)病例1、2和3 cffDNA检测均提示16-三体高风险(Z值分别为20.57、24.88和17.87)。(2)病例1和2胎儿羊水常规G显带核型分析未见异常,羊水SNP-array检测病例1提示在16p13.3p12.3和16q22.1q24.3区域分别存在19.2和23.0 Mb杂合度丢失,病例2在16q22.3q24.3区域存在16.0 Mb杂合度丢失;病例3胎儿羊水核型为47,XY,+16[3]/46,XY[97],羊水SNP-array未见5 Mb以上杂合度丢失以及拷贝数变异。(3)病例1和2合并胎儿生长受限,病例3胎儿宫内死亡,均引产。3例病例胎盘胎儿面/母体面中心组织CNV-seq检测均提示胎盘为嵌合型16-三体,16号染色体拷贝数分别为2.56/2.70、2.73/2.82、2.80/2.81。病例1和2引产胎儿皮肤组织CNV-seq检测均提示未见拷贝数变异。结论cffDNA检测对13-、18-和21-三体以外的16-三体具有一定检测效能;cffDNA检测提示16-三体高风险结果行产前诊断核型分析同时,建议结合SNP-array排除低比例嵌合和杂合度丢失。

  • 标签: 三体 染色体 非侵入性产前检测 镶嵌现象 胎盘 基因组测序
  • 简介:水环境DNA的研究及应用近年来逐渐被大家所认识。为了探讨水环境DNA浓度是否受季节以及地理位置的影响,该文利用实时荧光定量PCR技术对同一位置不同季节以及同一季节不同位置的南京市玄武湖水中游离DNA的浓度进行了比较与分析。结果发现,不同季节的水样中DNA会存在一定的差异,但是当温度上升到一定水平之后,水环境DNA的浓度便不再受温度的影响而变化;此外,湖水中不同位置的DNA浓度也存在一些差异。可见,水环境DNA的浓度能够较好反映特定水体的季节变化和位置信息,为相关生态环境保护和物种资源调查提供了新的方法和思路。

  • 标签: 水环境DNA 温度 季节 地理位置 玄武湖
  • 简介:目的:观察不同训练强度对运动员血浆游离DNA(cf-DNA)的影响并探讨其可能机制,以期为运动训练负荷监控提供新型标志物。方法:60名田径运动员随机分为三组:低强度训练组,中强度训练组和高强度训练组,在标准400m跑道上,分别进行60%、75%和90%HRmax(最大心率)强度训练(跑步)20min,测定训练前后cf-DNA、外周血淋巴细胞凋亡率、淋巴细胞促凋亡因子(Bax)和抗凋亡因子(Bcl-2)蛋白的表达。结果:低强度训练组和中强度训练组各指标在训练前后均无显著性变化。高强度训练组训练后即刻,cf-DNA升高了110.0%(102.23±21.37pg/μLvs48.67±12.72pg/μL,P〈0.01),淋巴细胞凋亡率升高了72.5%(7.16±1.05%vs4.15±0.55%,P〈0.01),Bax/Bcl-2比值升高了82.6%(0.42±0.10vs0.23±0.07,P〈0.01)。结论:cf-DNA具有训练强度依赖性,可能是运动训练负荷监控与组织损伤早期、敏感的新型标志物;外周血淋巴细胞凋亡参与了高强度训练后cf-DNA的升高。

  • 标签: 训练强度 运动员 血浆游离DNA 外周血淋巴细胞 凋亡
  • 简介:摘要目的探讨重新采血检测对于胎儿游离DNA(cell free fetal DNA,cffDNA)浓度过低导致的无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)失败病例的价值。方法收集2019年1月至2019年12月接受NIPT检测的20 387例孕妇的临床资料,对因cffDNA浓度过低而首次检测失败的孕妇重新采血进行检测,分析检测结果并随访妊娠的结局。结果17例因cffDNA浓度未达到要求而首次检测失败者全部接受了重新采血,重采率为0.08%。二次采血后有16例获得成功,成功率为94.12%。1例样本因两次cffDNA浓度均不达标而检测失败。结论因cffDNA浓度过低导致检测失败时,若孕周合适同时超声未发现严重异常则建议进行重新采血检测

  • 标签: 无创产前检测 胎儿游离DNA浓度 失败 重新采血
  • 简介:摘要目的探讨数字PCR方法检测肺癌患者中血浆游离DNA中T790M突变的效果。方法收集40例经穿刺活检证实存在T790M突变的晚期肺腺癌耐药患者和20例正常人的外周血标本并提取血浆游离DNA,分别采用ARMS法和数字PCR法检测血浆游离DNA中的T790M突变情况。结果40例患者标本中数字PCR法检测到32例T790M突变阳性,ARMS发检测到27例T790M突变阳性。20例正常人标本中数字PCR和ARMS法均未检测到T790M突变。结论数字PCR法可以作为一种新的检测血浆游离DNA中T790M突变的方法。

  • 标签: 肺腺癌 数字PCR 表皮生长因子 T790M突变
  • 简介:摘要本文笔者从教材、教法与学法、教学过程、板书、教学反思五个方面对《DNA分子的结构》一节内容进行详细说课。在教学过程中分析学生现有的知识认知水平,学习生物发展史,培养了学生正确的科学研究理念;利用多媒体课件以及实验模具将微观抽象的内容具体化,从而帮助学生对DNA分子结构的理解,了解生命的不易,加以提高学生的生物学核心素养。

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  • 简介:摘要目的基于下一代测序技术(NGS)检测非小细胞肺癌(NSCLC)患者血浆循环游离DNA(cfDNA)突变的性能验证,评估NGS、微滴式数字PCR(ddPCR)和超级扩增阻滞突变系统(super-ARMS)在NSCLC患者中的应用。方法入组75例于复旦大学附属中山医院呼吸科就诊的NSCLC患者。采用NGS检测标准品、25例初诊未治疗患者的血浆cfDNA、以及血浆中掺入血红蛋白(0.5 mg)、胆红素(0.5 mg)、脂肪乳(0.5 mg)、肠球菌基因组DNA(gDNA)和大肠埃希菌gDNA的自制混合标本,以验证NGS平台的空白限、分析灵敏度、精密度、准确性及分析特异性。采用ddPCR和NGS检测75例NSCLC患者的cfDNA突变,比较两平台的突变阳性率,采用Pearson相关性检验比较两平台对于cfDNA突变丰度之间的线性关系。在75例患者中采用简单随机抽样法抽取12例进行血浆super-ARMS平台的检测,比较NGS、ddPCR与super-ARMS的检测一致性。结果NGS平台对血浆cfDNA突变检测的空白限为0.00%;敏感度为0.2%;批内精密度、批间精密度均为100%;准确性为100%;检测结果不受血浆内源性血红蛋白、胆红素、甘油三酯或外源性DNA干扰影响,分析特异性好。75例NSCLC患者血浆cfDNA 的ddPCR平台和NGS平台的突变阳性率分别为61.33%、60.00%,完全一致率为89.33%。NGS与ddPCR均检测出突变的51个位点的突变丰度呈正相关(r=0.984,P=0.001)。在简单随机抽样法抽取的12例NSCLC患者血浆中,NGS、ddPCR与super-ARMS三平台检测结果完全一致的共7例,包括2例野生型,5例突变型。结论NGS平台经验证可用于NSCLC患者cfDNA突变检测,ddPCR、NGS、super-ARMS对血浆cfDNA的突变检测各有优势。

  • 标签: 非小细胞肺癌 液体活检 循环游离DNA 下一代测序 微滴式数字PCR
  • 简介:中学教材中关于DNA分子复制的特点一般提到两点:半保留复制、边解旋边复制.随着现代生物科技的突飞猛进,发现DNA分子复制还有许多新的特点,如真核生物DNA分子的多起点双向复制,所合成的两条子链方向相反等.在近年的高考中,有关DNA分子复制的试题常以新情境、信息给予题的形式出现,较好地考查了学生独立收集信息、处理应用信息的能力.在平常的生物教学中,如进行相关的内容补充,还有利于培养学生的发散思维和创新精神.

  • 标签: DNA分子 复制 生物科技 信息给予题 中学教材 收集信息
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