简介:摘要采用PCR-DGGE技术对中华按蚊成虫肠道细菌多样性进行研究,共检测到12条16SrRNA基因序列。在系统发育地位上主要归入3个细菌纲丙型变形菌纲、黄杆菌纲和放线菌纲,其中有59.8%的细菌属于丙型变形菌纲,占绝对优势,成为中肠主要细菌群落。从而显示出中华按蚊成虫肠道细菌的复杂性和多样性
简介:摘要PCR-DGGE技术目前已被广泛应用于环境微生物领域。介绍了PCR-DGGE技术的原理及其优点,概述了PCR-DGGE技术在环境工程废水微生物处理中的应用,分析了PCR-DGGE技术用于生物处理系统中微生物群落多样性和动态性研究的现状,并展望了其应用前景。
简介:摘要院微生物无论在地表水生物圈物质循环还是能量流动中的地位都是不可替代、举足轻重的,在湖泊生态系统中也起着非常重要的作用,是表征水体富营养化的主要原因之一。本文主要讨论拟将基于16SrDNA的PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术应用于水体微生物多样性研究,进而控制预防水体富营养化。
简介:目的:应用PCR-变性梯度凝胶电泳技术(denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE)技术检测早期儿童龋治疗前后唾液中微生物多样性的变化。方法:选取北京大学燕东幼儿园22名3-5岁儿童进行口腔检查,在龋齿治疗前和治疗后2周分别取样,采用PCR-DGGE技术检测受试儿童唾液样本,分析治疗前后唾液微生物多样性的变化。结果:治疗前唾液样本DGGE条带数为23±2.9,治疗后唾液样本DGGE条带数为28±4.1,差异有显著性(P〈0.01);在同一时期内各唾液样本DGGE图谱的相似性高于不同时期样本之间。结论:PCR—DGGE技术可用于与龋病相关细菌的生物多样性的研究以及监测微生物群落组成的动态变化。
简介:Soilmicrobialbiomassandcommunitystructuresarecommonlyusedasindicatorsforsoilqualityandfertility.Ainvestigationwasperformedtostudytheeffectsoflong-termnaturalrestoration,cropping,andbarefallowmanagementsonthesoilmicrobialbiomassandbacterialcommunitystructuresindepthsof0–10,20–30,and40–50cminablacksoil(Mollisol).Microbialbiomasswasestimatedfromchloroformfumigation-extraction,andbacterialcommunitystructuresweredeterminedbyanalysisof16SrDNAusingpolymerasechainreaction-denaturinggradientgelelectrophoresis(PCR-DGGE).Experimentalresultsshowedthatmicrobialbiomasssignificantlydeclinedwithsoildepthinthemanagementsofrestorationandcropping,butnotinthebarefallow.DGGEprofilesindicatedthatthebandnumberintop0–10cmsoilswaslessthanthatindepthof20–30or40–50cm.Thesesuggestedthatthemicrobialpopulationwashighbutthebacterialcommunitystructurewassimpleinthetopsoil.ClusterandprinciplecomponentanalysisbasedonDGGEbandingpatternsshowedthatthebacterialcommunitystructurewasa?ectedbysoildepthmoreprimarilythanbymanagements,andthesuccessionofbacterialcommunityasincreaseofsoildepthhasasimilartendencyinthethreemanagements.FourteenpredominatingDGGEbandswereexcisedandsequenced,inwhich6bandswereidentifiedasthetaxaofVerrucomicrobia,2bandsasActinobacteria,2bandsasα-Proteobacteria,andtheother4bandsasδ-Proteobacteria,Acidobacteria,Nitrospira,andunclassifiedbacteria.Inaddition,thesequencesof11DGGEbandswerecloselyrelatedtounculturedbacteria.Thus,thebacterialcommunitystructureinblacksoilwasstable,andthepredominatingbacterialgroupswereuncultured.
简介:目的探讨溃疡性结肠炎对大鼠胃肠道微生物多样性影响,为治疗溃疡性结肠炎提供可靠依据。方法采用2,4-二硝基氯苯乙酸复合法对健康SD大鼠进行溃疡性结肠炎造模;运用CTAB—SDS法提取肠道微生物总DNA,通过PCR.DGGE分析溃疡性结肠炎大鼠之间胃肠道微生物多样性差异。结果溃疡组、用药组和正常组大鼠的消化道中,不同部位细菌Shannon~数变化较大(1.64-3.05),结肠中Shannon指数最高,其次是胃,小肠最低。在结肠,不同组的细菌多样性Shannon指数变化幅度不大,以用药组最高(3.05),其次溃疡组(2.98),正常组2.95,说明大鼠结肠在健康状态下细菌多样性最低,结肠炎后会发生一定的变化。此外,发现病变后的大鼠胃中拟杆菌属、梭菌属、普氏菌属、紫单胞菌属等厌氧细菌增加,病变后的结肠中乳杆菌属细菌明显减少,紫单胞菌属和梭菌属细菌明显增加;病变后小肠中部分乳杆菌种类消失,同时梭菌属和紫单胞菌属等不常见菌群的出现。结论溃疡性结肠炎大鼠胃、小肠、结肠中有益菌乳杆菌明显减少,普氏菌属、紫单胞菌属、梭菌属等明显增多,这些菌属可作为条件致病菌引起内源性感染,可能是造成溃疡性结肠炎的重要原因。
简介:摘要院本课题拟使用基于16SrDNA的PCR-DGGE技术,对哈拉沁沟水库微生物的多样性进行分析和研究。对于进一步了解哈拉沁沟水库微生物的多样性、分布特性以及开展水体生态系统监测具有比较重要的意义。
简介:目的胸苷酸合成酶(TS)是DNA合成的关键酶,在DNA合成与修复中起重要作用,是叶酸代谢循环中起中心作用的酶类之一,也是以5-氟尿嘧啶(5-FU)为基础化疗的靶酶,TS的遗传多态性在抗白血病等肿瘤疾病5-FU类药物的体内代谢中起着重要作用。该文研究胸苷酸合成酶基因编码区单核苷酸多态性(cSNP)及基因突变在急性白血病(AL)患儿和正常儿童中的分布情况,以探讨TS基因变异与AL患儿5-FU类药物化疗效应之间可能的相关性。方法应用RT—PCR一变性梯度凝胶电泳(RT—PCR—DGGE)结合DNA直接测序技术,对53例AL患儿和115例正常儿童的cDNAs进行了TS基因cSNP及基因突变的筛查与鉴定,分析各基因型在两组之间的分布差异。结果首次鉴定了儿童TS381A〉G(E127E)cSNP位点,其在AL患儿及正常儿童中的等位基因频率分别为12.3%,13.5%,与国际SNP文库中12.3%基本一致。该cSNP在两组人群的等位基因频率差异无显著性意义,与白血病的易感性无相关性。研究未发现T349C,G470T及C500T变异。结论采用RT—PCR—DGGE结合DNA测序法首次确定了儿童TS基因存在381A〉GcSNP位点,其等位基因频率为13.1%,基因型分布频率在AL患儿及正常儿童两组人群中差异无显著性。