简介:摘要目的探讨分析我院耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的毒力基因和耐药基因基本情况。方法选择2016年12月-2018年2月期间我院住院患者中分离到的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌150株为研究对象,使用PCR法对MRSA菌株进行毒力基因和耐药基因分析。结果150株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌对tst、pνl、psm—mec、sasX、qacA/B、tetM、ermA/B/C、aph(3’)-Ⅲ、aac(6’)/aph(2’’)以及mecA的阳性率分别为0、96.67%、93.33%、74.67%、38.67%、90.0%、96.67%、77.33%、96.67%以及100%。结论MRSA同时携带毒力基因和耐药基因,与人体感染性疾病的转归、病程以及种类等有关。
简介:摘要目的基于生物信息学方法挖掘胆道闭锁(BA)差异表达基因(DEGs)并初步构建微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)调控网络,探索其在BA中的分子调控机制。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载数据集GSE46960,利用GEO2R在线工具分析BA和正常肝组织之间的DEGs,利用注释、可视化和富集发现数据库(DAVID6.8)对DEGs进行富集和功能注释。基于蛋白质互作数据库(STRING11.0)和Cytoscape_v3.7.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络,分析其关键基因。通过人类miRNA疾病数据库(HMDD_V3.2)查询与BA相关且经过验证的miRNA,并利用miRNA目标预测数据库(miRDB)预测其靶基因。将预测的靶基因和GSE46960中的差异表达基因求得交集,获得miRNA、mRNA相互作用关系。利用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA调控网络图。结果从GSE46960数据集中共获得565个DEGs,其中352个为上调基因,213个为下调基因。其中上调的DEGs显著富集于细胞外基质受体相互作用、黏着斑激酶、阿米巴病通路、磷酸酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路中,下调的DEGs显著富集于新陈代谢、抗生素的生物合成、视黄醇代谢通路中。根据PPI网络,筛选出10个关键基因。在DEGs基础上成功构建了BA miRNA-mRNA分子调控网络。结论通过生物信息学筛选出的DEGs及构建的miRNA-mRNA调控网络有助于全面了解BA发生的分子机制,为探索联合miRNA及DEGs作为临床诊断及治疗的分子靶点提供了新方向。
简介:摘要目的基于基因芯片数据挖掘的方法,对小儿肝母细胞瘤预后差异基因进行筛选后,对差异基因的功能及通路进行分析,同时利用共表达网络筛选出决定小儿肝母细胞瘤预后的核心基因并对其预测能力进行评估。方法本研究中所使用的小儿肝母细胞瘤基因芯片表达谱来自欧洲生物信息学研究所(http://www.ebi.ac.uk/embl/);数据收集的截止日期为2018年12月31日。先通过SAM法筛选得到差异表达基因(基因表达水平上升至原来的2倍或下降至原来的1/2),再基于降维原理通过共表达网络模型筛选得到核心基因,运用MCODE算法计算基因的调控评估能力评分,以评价其在整个网络模型中的调控能力。结果针对213个差异表达基因的细胞信号通路富集结果显示,富集度最高的信号通路为代谢途径通路,富集度为2 122.529,信号通路富集结果误判率均<0.001,经SAM算法检验均具有统计学意义(P<0.001)。以213个在不同预后组发生差异表达的基因作为共表达网络的构建基础,本次构建得到的共表达网络共纳入12个发生差异表达的基因。以预后不良组为实验组,以预后较好组为对照组,采用MCODE算法计算基因调控能力评分的结果显示,决定小儿肝母细胞瘤预后调控能力评分最高基因为ADH1A基因,得分为19分。此外,HAO1、ADH1B、ALDOB以及DPYS基因的调控能力评分均高于或接近于5分,因此可认为它们是本次构建得到的共表达网络模块中的核心基因。结论从共表达网络模型结果来看,ADH1A基因与小儿肝母细胞瘤的发生发展存在较为密切的关联,其分子生物学证据对临床开展肿瘤靶向干预疗法的指导意义有待进一步挖掘。
简介:摘要目的基于基因芯片数据挖掘的方法,对小儿肝母细胞瘤预后差异基因进行筛选后,对差异基因的功能及通路进行分析,同时利用共表达网络筛选出决定小儿肝母细胞瘤预后的核心基因并对其预测能力进行评估。方法本研究中所使用的小儿肝母细胞瘤基因芯片表达谱来自欧洲生物信息学研究所(http://www.ebi.ac.uk/embl/);数据收集的截止日期为2018年12月31日。先通过SAM法筛选得到差异表达基因(基因表达水平上升至原来的2倍或下降至原来的1/2),再基于降维原理通过共表达网络模型筛选得到核心基因,运用MCODE算法计算基因的调控评估能力评分,以评价其在整个网络模型中的调控能力。结果针对213个差异表达基因的细胞信号通路富集结果显示,富集度最高的信号通路为代谢途径通路,富集度为2 122.529,信号通路富集结果误判率均<0.001,经SAM算法检验均具有统计学意义(P<0.001)。以213个在不同预后组发生差异表达的基因作为共表达网络的构建基础,本次构建得到的共表达网络共纳入12个发生差异表达的基因。以预后不良组为实验组,以预后较好组为对照组,采用MCODE算法计算基因调控能力评分的结果显示,决定小儿肝母细胞瘤预后调控能力评分最高基因为ADH1A基因,得分为19分。此外,HAO1、ADH1B、ALDOB以及DPYS基因的调控能力评分均高于或接近于5分,因此可认为它们是本次构建得到的共表达网络模块中的核心基因。结论从共表达网络模型结果来看,ADH1A基因与小儿肝母细胞瘤的发生发展存在较为密切的关联,其分子生物学证据对临床开展肿瘤靶向干预疗法的指导意义有待进一步挖掘。
简介:目的利用已经构建好的腺相关病毒-人组织激肽释放酶基因重组体(rAAV-HTK),感染体外培养的人脐静脉内皮细胞(HUVEC),观察HUVEC细胞中内皮型一氧化氮合酶(eNOS)、凋亡蛋白酶(caspase-3)、内皮素-1(ET-1)、血管内皮生长因子(VEGF)、内皮素B1受体(ETR-B1)以及缓激肽B1受体、缓激肽B2受体的mRNA表达量变化情况,探讨利用rAAV-HTK治疗高血压、缺血性心脏病的可行性.方法将已经构建好的rAAV-HTK重组质粒感染体外培养的HUVEC细胞,应用半定量RT-PCR方法检测感染rAAV-HTK前后HUVEC中eNOS、caspase-3、ET-1、VEGF、ETR-B1以及缓激肽B1受体、缓激肽B2受体的mRNA表达量变化情况.结果转染有rAAV-HTK的HUVEC细胞内其细胞内eNOS的mRNA合成量增加,caspase-3的mRNA表达量降低,VEGF、ET-1、ETR-B1、缓激肽B1受体、缓激肽B2受体的mRNA表达量没有变化.结论rAAV-HTK重组体感染HUVEC细胞能够使HUVEC细胞内eNOS的mRNA表达量增高,caspase-3的mRNA表达量减低,提示HTK能够改善内皮细胞功能,转HTK能够应用于高血压等血管内皮功能异常的心血管疾病的基因治疗.
简介:谷氧还蛋白(glutaredoxin,GRX)是一类小分子氧化还原酶,在植物生长发育调控及逆境胁迫中起着重要调节作用。本研究拟对玉米MS22基因的生物信息及玉米中GRX基因家族的亲缘进化进行分析研究。通过对MS22基因的生物信息分析,发现MS22基因全长881bp,编码159个氨基酸,属于CC型谷氧还蛋白。玉米基因组中共鉴定出22个GRX类基因,其中有6个基因为GRX-subⅠ,7个基因属于GRX-subⅡ,9个基因属于GRX-subⅢ。通过聚类分析发现MS22属于GRX-subⅢ类型,该蛋白与不同来源CC型谷氧还蛋白的氨基酸序列保守性较高,一致率介于61%-87%之间。通过该研究对玉米中该类型基因的进一步研究具有较好的理论指导意义。
简介:摘要目的探讨基因分型、基因测序和基因表达分析在血液肿瘤患者ABO血型鉴定疑难情况中的应用和发现。方法选择2019年6月至2020年5月河北燕达陆道培医院检验科与输血科在血型鉴定时发现血清法正反定型结果不符或凝集不典型的患者3例。分别使用序列特异性引物PCR和Sanger测序法鉴定ABO基因型,用转录组测序分析ABO和FUT1基因表达水平。结果1例12岁女性急性淋巴细胞白血病患者为O.01.02和BA.04基因亚型,对应B(A)血清亚型;ABO基因表达量正常(354.80)。1例41岁女性急性髓系白血病患者为A1.02和B.01基因型,对应A1B血清型;ABO基因表达显著减低(45.70)。1例42岁男性骨髓增生异常综合征伴骨髓纤维化患者为A1.02和A2.05亚型,分别对应A1和A2血清型;ABO基因表达量为0。3例患者FUT1基因表达量均在正常范围。临床根据基因型和对应的血清型制定血制品输注策略,无输血相关不良反应发生。结论血液肿瘤患者可因血型基因亚型或基因表达异常导致血清学血型鉴定困难。ABO基因分型和血型基因表达分析可帮助准确判定原因,为血制品输注提供更好的安全保障。
简介:本研究对基因枪导入了pBAC128F/R质粒(含有玉米Adh1内含子1的CaMV35S启动子驱动的bar基因作为选择标记,以来自拟南芥菜逆境诱导表达类型——亲水蛋白rd29b基因的启动子驱动脱水应答转录因子DREB1B基因的逆境诱导表达类型质粒)的T4代转基因小麦进行了稳定表达研究。PCR、PCR—Southern和Southern杂交分析表明,外源转录因子DREB1B基因已稳定整合到转基因株系的基因组中。半定量RT—PCR结果表明,部分转基因株系的DREB1B基因的相对表达量有所增强。叶片除草剂抗性检测结果显示有8个转基因株系可抗到150mg/L。叶片脯氨酸含量测定结果表明,有4个株系(编号为1,18,30和76)的脯氨酸含量提高幅度较大,同一株系,干旱与未干旱处理相比,脯氨酸含量提高了3~5倍。干旱处理后的转基因植株与非转基因植株相比,脯氨酸含量高2~3倍。在干旱条件下,T4代田间小区产量统计数据分析结果表明,有4个转基因株系(编号为30,51,70和76)的产量与非转基因植株相比有显著增加。研究表明,利用逆境诱导型rd29b基因的启动子来增强外源DREB1B基因的表达,能显著改良小麦的抗旱性。
简介:木薯是世界第三大薯类作物,所产淀粉广泛用作食品和工业原料,是重要的粮食和经济作物。木薯蔗糖合酶是将光合同化物蔗糖向淀粉转化的第一个关键酶,前期本课题组通过酵母单杂交分析发现αNAC可能是木薯蔗糖合酶Ⅰ基因的调控因子,本研究在此基础上获得了αNAC基因转录序列并克隆其编码序列,发现编码蛋白具有典型的NAC和UBA保守结构域。αNAC基因在木薯地上部叶和地下部块根肉中转录活性较高,为β-actin基因的5%~25%,在施用外源激素条件下转录活性显著上调,其中茉莉酸达到峰值时间最短,水杨酸次之,乙烯、脱落酸、赤霉素和生长素较长。此外,在MeSuSy1Promoter::GUS的转化株中二次过表达αNAC基因,发现二次转化株中GUS酶活显著低于单价转化株,表明过表达αNAC基因可以显著抑制木薯蔗糖合酶Ⅰ基因的转录活性。
简介:目的:对炎症细胞因子TNF-α及IFN-γ刺激下,人NOX1基因的表达调控进行初步分析。方法:将NOX1基因5′-端上游序列连接到无启动子的PGL3-BASIC质粒,构建了PGL3-BASIC/NOX1报告质粒。PGL3-BASIC/NOX1质粒转染A549细胞,用TNF-α、IFN-γ刺激12h,双荧光素酶报告基因系统检测基因表达情况。结果:克隆的NOX1片段具有较强的启动子活性,在TNF-α和IFN-γ共同刺激下,转染报告基因的A549细胞萤光素酶活性与对照相比有明显的增高(约4.3倍)。分析显示NOX1基因5′端上游序列片段含有NF-KB结合位点,提示细胞因子刺激的荧光素酶表达增强可能与NF-KB位点激活相关。结论:NOX1基因表达水平明显受到炎症细胞因子的调控,提示该基因可能参与机体免疫防御(特别是上皮细胞免疫防御),值得进行深入研究。
简介:目的应用cDNA芯片技术进行胃癌患者抑郁症状相关基因表达谱差异分析及信号转导通路分析,探讨其可能的作用机制。方法采用Zung抑郁量表判定胃癌患者的精神状态,分为两组,抑郁组10例患者,非抑郁组10例患者。手术切除原发灶肿瘤,30min内液氮保存。Trizol一步法提取细胞总RNA并纯化mRNA,逆转录法分别标记荧光素Cy3和Cy5,合成cDNA探针与人类全基因组芯片杂交,扫描荧光信号图像,分析比较两组差异表达基因,行GeneOntology分类和通路分析。结果基因芯片筛选出1088个基因表达水平发生改变且有统计学意义,包括787个上调基因和301个下调基因。GeneOntology分类提示显著变化的基因网络是"Notch信号传导通路"及"神经肌肉突触传递功能"。BioCarta通路分析得到通路网络中相关基因的表达改变情况,Notch通路中5个基因表达上调,为NOV、CNTN1、YY1、Maml2和Spen,5个基因表达显著下调,为PSEN2、APH1A、PSENEN、TP63和TLE1,神经肌肉突触传递相关基因中2个显著下调,为DTNA和KIF1B。结论肿瘤相关性抑郁可能与能量代谢、细胞骨架、营养因子以及酶等多层次的基因表达改变有关,其中Notch信号传导通路和神经肌肉突触传递功能可能发挥了重要作用。
简介:摘要目的旨在了解浙闽地区人群恙虫病东方体感染的基因型,并分析其基因变异。方法从浙闽地区5例散发恙虫病发热期患者血中分离病原体并进行细胞培养;提取感染细胞DNA,巢式PCR扩增完整恙虫病东方体56-kD型特异性抗原(TSA)基因和热休克蛋白基因(groESL)并测序;采用MEGA 7.0软件,进行序列比对和系统发育分析。结果病原学确认5例恙虫病患者,并分离到恙虫病东方体菌株。序列比对表明,5菌株中有2株的56-kD TSA基因和groESL基因100%一致,另2菌株的此二个基因序列一致性亦为100%,分别将两组菌暂时命名为浙江-1型和浙江-2型。56-kDa TSA基因比对和系统发育分析表明,浙江-1型和浙江-2型分别与台湾-A基因型和Gilliam-C基因型亲缘较近(98.45%和98.50%),但有明显变异;另1株菌Wuj/2014与台湾-A基因型高度相似(99.94%)。56-kDa TSA基因各基因型支系的时间树分析表明,台湾-A基因型、浙江-1型和浙江-2型3支系与祖先的分歧时间相对其他原型株晚,尤其是浙江-2型,说明这些基因型或亚型在恙虫病东方体的进化过程中出现较晚。结论本研究病例所感染恙虫病东方体基因型不同,可能为未被认识的新的基因亚型,迫切需要进行全基因组测序确认,并探讨其基因变异与人恙虫病严重程度间的关系。