简介:摘要目的验证全基因组关联分析所发现的7个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),包括rs13278062(TNFRSF10A)、rs3750846(ARMS2-HTRA1)、rs429358(APOE)、rs5817082(CEPT)、rs2043085(LIPC)、rs1626340(TGFBR1)以及rs8135665(SLC16A8)与四川汉族人群年龄相关性黄斑变性(age-related macular degeneration,AMD)的相关性。方法采用病例-对照研究,用飞行质谱对576例湿性AMD患者和572例健康对照进行SNPs分型并通过Sanger测序进行验证。在两组各SNP位点基因型分布均满足Hardy-Weinberg平衡的前提下,分析各位点的遗传模式,并比较其等位基因与基因型频率的分布。结果TNFRSF10A rs13278062在杂合子模型(P=0.000,OR=1.529,95%CI=1.196-1.954)和显性模型(P=0.002,OR=1.459,95%CI=1.154-1.865)下在两组之间存在显著的差异。结论TNFRSF10A rs13278062在杂合或显性模式下与AMD相关,携带rs13278062GT和rs13278062TT+GT的个体更容易患AMD。
简介:摘要目的预测跨膜蛋白26(TMEM26)的跨膜结构,观察该蛋白在人和小鼠视网膜中的表达情况,并探讨其与原发性开角型青光眼(POAG)的关系。方法将人和小鼠TMEM26的氨基酸序列输入跨膜蛋白结构预测软件(MemBrain)预测该蛋白的跨膜结构;选取SPF级21周龄C57BL/6小鼠5只及遗体捐赠人眼球1个,制作视网膜冰冻切片;采用免疫组织化学法观察TMEM26在人和小鼠视网膜中的表达及定位;结合TMEM26在视网膜的特异表达情况推测该基因可能的功能及其对眼的影响;在与TMEM26相关眼病的文献中检索该基因单核苷酸多态性(SNP)变异情况。结果预测人和小鼠的TMEM26均为8次跨膜蛋白,具有相似的8个疏水性跨膜结构域、4个亲水胞质结构域和5个亲水胞膜外区结构域,2种TMEM26的结构域氨基酸残基数目存在细微差别;且在人和小鼠的视网膜中,TMEM26蛋白均仅在外丛状层(OPL)和内丛状层(IPL)特异表达;全基因组关联分析数据提示TMEM26与POAG呈弱相关。结论TMEM26为多次跨膜蛋白,主要在视网膜的IPL和OPL表达,该基因与POAG呈弱相关。
简介:摘要目的探讨脉络膜新生血管(CNV)与LIPC基因单核苷酸多态性(SNP)位点rs10468017、rs920915和rs2070895的相关性。方法采用病例对照研究设计,纳入2010年1月至2016年12月于汕头国际眼科中心就诊的CNV患者221例作为CNV组,430名年龄、性别相匹配的健康志愿者作为正常对照组。抽取受试者空腹外周血各5 ml,抗凝后提取外周血DNA,对LIPC基因的SNP位点rs10468017、rs920915和rs2070895分别进行PCR扩增,纯化后使用单碱基延伸法(SNaPshot)对以上SNP位点进行基因分型。LIPC基因3个SNP位点的基因型频率采用Hardy-Weinberg平衡(HWE)检测;比较CNV组与正常对照组3个位点基因频率和基因型频率。结果LIPC基因3个SNP位点rs10468017、rs920915和rs2070895在总样本中的基因型频率分布均达到遗传平衡(P>0.05)。CNV组LIPC基因SNP位点rs10468017 TT基因型、rs920915 CC基因型和rs2070895 AA基因型的基因型频率分别为3.62%、5.43%和12.22%,正常对照组基因型频率分别为2.56%、5.58%和14.19%,差异均无统计学意义(均P>0.05);CNV组和正常对照组LIPC基因SNP位点rs10468017最小等位基因(T)频率分别为18.1%和17.2%,rs90915最小等位基因(C)频率分别为21.7%和23.1%,rs2070895最小等位基因(A)频率分别为33.7%和38.7%,差异均无统计学意义(均P>0.05)。CNV组和正常对照组LIPC基因3个SNP位点rs10468017、rs920915和rs2070895的优势比(OR)值[95%置信区间(CI)]分别为1.06(0.79~1.44)、0.92(0.70~1.21)和0.80(0.63~1.02)。结论本研究样本范围内未发现LIPC基因3个SNP位点rs10468017、rs920915和rs2070895与汕头地区汉族人群CNV的相关性。
简介:摘要目的研究8q22区域rs284489与中国四川汉族人群原发性开角型青光眼(POAG)的关联。方法采用病例对照研究设计。收集2015年9月至2017年3月于四川省人民医院就诊的四川省汉族POAG患者894例,同期纳入参加体检的对照者994人。所有受试者无血缘关系,全部为汉族。采集样本外周血各4 ml提取DNA,从NCBI网站得到rs284489位点信息,用Primer 5.0软件设计引物,基因分型使用定制的"中华芯片"对位于8q22区域的rs284489位点进行关联分析,使用卡方检验来计算Hardy-Weinberg平衡(HWE)并分析等位基因及4种基因型频率。Logistic回归校正POAG组与对照组之间的性别和年龄差异。应用PS:Power and Sample Size Calculation(3.1.2版本)评估检验效能。结果rs284489位点等位基因在POAG组与对照组的分布均符合HWE(均P>0.05)。rs284489次要等位基因G在POAG组与对照组的频率分布差异无统计学意义(等位基因P*=0.94,95% CI=0.83~1.23);为进一步分析rs284489与POAG的关系,应用加性模型1(AG vs.AA)、加性模型2(GG vs. AA)、显性模型(GG+AG vs.AA)、隐性模型(GG vs.AG+AA)4个遗传模型,rs284489位点的4个遗传模型在POAG组与对照组频率分布差异均无统计学意义(校正P#加性模型1=0.26、P#加性模型2=0.54、P#显性模型=0.50、P#隐性模型=0.25);本试验中性别差异与rs284489位点的多态性无关联(校正P#=1.00,原95% CI=0.88~1.14,校正95% CI=0.87~1.14)。结论rs284489位点的多态性与POAG的发生在中国四川汉族人群中无统计学关联。
简介:摘要目的探讨Toll样受体4(TLR4)基因单核苷酸多态性(SNPs)是否与中国汉族人群原发性开角型青光眼(POAG)有关联。方法采用病例对照关联研究设计,2014年5月至2018年3月在四川省人民医院收集样本数据,选取799例POAG患者及799名正常对照,用单碱基延伸法(SNaPshot)对已报道的TLR4基因的2个标签SNPs位点rs4986790和rs4986791进行基因分型。χ2检验用于评估2个SNPs的基因型和等位基因频率。结果等位基因关联分析显示,在POAG病例组和正常对照组之间TLR4基因SNP位点rs4986790(P=0.317)和rs4986791(OR=1.000,95% CI=0.062 5~16.002 2,P=1.000)的等位基因分布中未检测到显著关联。在病例组与对照组之中对这2个SNPs进行条件分析,未显示出基因型和等位基因频率的显著差异。在4种不同的遗传模型下,包括纯合子、杂合子、显性和隐性模型,同样未检测到2个SNPs与POAG的关联。结论TLR4基因的SNPs位点rs4986790和rs4986791与中国汉族人群的POAG无关。
简介:摘要渗出型老年性黄斑变性(wAMD)是由于脉络膜新生毛细血管通过破裂的Bruch膜到达RPE层和光感受器细胞层形成脉络膜新生血管(CNV),继而导致新生血管出血、渗漏以及瘢痕形成。鉴于VEGF在CNV发生发展过程中具有重要作用,各种眼内抗VEGF药物靶向治疗是目前wAMD治疗的一线选择。但抗VEGF药物治疗wAMD的疗效受多种因素影响,仍有部分患者存在治疗无应答、药物耐受、需要长期反复注射以及严重副作用等问题。深入探究wAMD发病的生理病理过程,寻找导致CNV形成的最根本原因,从病因出发探寻更优的治疗方案是未来研究的方向。