简介:生长素应答因子(ARF,auxinresponsefactors)是一类可以结合在生长素应答基因启动子部位的转录因子,在植物的生长发育中起至关重要的作用。本研究以谷子为材料,共鉴定出24个ARF基因,命名为SiARFs。利用生物信息学对谷子SiARFs基因的结构、染色体分布、基因倍增模式、系统进化以及基因的表达模式进行分析。结果表明,SiARF基因家族在染色体上呈不均匀分布,除2号染色体外,其他染色体上都有该家族基因,基因的扩增模式为分散复制与片段复制。SiARFs基因家族具有相对保守的结构,即包含1个保守的B3DNA结构域、ARF结构域和Aux/IAA结构域,ARF蛋白的3D结构含有3个α螺旋和7个β折叠结构。进化树分析表明谷子ARF蛋白和物种相近的高粱、玉米聚在一起。大多数ARF基因在谷子根、茎、叶和穗中都有表达,且不同基因表达量有较大差异。
简介:目的克隆、测序近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列并进行生物信息学分析。方法运用生物信息学的方法,通过与白念珠菌ERG11基因碱基序列同源性比对,在近平滑念珠菌基因组(www.sanger.ac.uk/sequencing/Candida/parapsilosis/)中寻找可能的ERG11基因序列(CpERG11),并据此序列设计引物,经PCR扩增近平滑念珠菌标准株(ATCC22019)的ERG11基因片段,产物经电泳、纯化、克隆到质粒prG-AMAI-NotI中,转染DH10B大肠杆菌细胞,并酶切鉴定筛选阳性克隆测序分析。结果近平滑念珠菌ERG11编码区由1569个碱基组成,编码一段含522个氨基酸的多肽。近平滑念珠菌ERG11的编码区序列与白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、酿酒酵母菌ERG11基因的同源性分别为74%、75%、65%、64%。该近平滑念珠菌ERG11的编码区为唑类药物作用靶酶基因。结论成功克隆、测序、并生物信息学分析近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列,为进一步的功能研究奠定基础。
简介:对用固相扣除杂交方法从低温驯化沙冬青克隆得到的AmLEA5基因进行表达模式分析和生物信息学分析,表明该基因编码一种第5族胚胎发育晚期丰富蛋白(LEA),全长693bp,含有1个297bp的开放阅读框,编码98个氨基酸,预测Am-LEA5的分子量为10.6kDa,是一种亲水性蛋白,有多个磷酸化位点。密码子偏好性分析表明该基因略偏好于用A或T结尾的密码子。系统发生分析表明,AmLEA5蛋白与蒺藜苜蓿LEA(ACJ84182.1)亲缘关系最近。qRT-PCR结果显示AmLEA5的表达量在低温、干旱、盐和热胁迫条件下均有上调,尤其在低温胁迫后期富集量最高。亚细胞定位表明,用YFP标记的AmLEA5位于细胞质和细胞核内。一系列试验结果表明AmLEA5基因在沙冬青抵御非生物胁迫,尤其是在抵御低温胁迫机制中发挥重要作用。
简介:NAC转录因子是高等植物所特有的具有多种生物功能的转录因子,在植物生长发育、抵抗逆境和激素调节等过程中发挥着重要作用。本研究利用RACE-PCR技术,克隆获得了紫花苜蓿NAC转录因子MsNAC1(GenBank登录号为JN099384.1)基因的cDNA序列。生物信息学分析显示,MsNAC1基因的开放阅读框(ORF)为993bp,编码一个由330个氨基酸残基组成的亲水性蛋白,N-端具有保守的NAM结构域,C-端高度变异,具备NAC转录因子的基本特征;MsNAC1蛋白被定位在细胞核中,含有2条核定位信号序列,具有9个糖基化位点和23个磷酸化位点,三级结构为对称的同型二聚体。多重比对发现,MsNAC1蛋白与拟南芥ATAF1和水稻OsNAC6蛋白的同源性较高;系统进化分析表明,MsNAC1蛋白属于NAC转录因子家族中的ATAF亚族,与ATAF1的亲缘关系最近。非生物逆境胁迫下的表达分析显示,MsNAC1基因在高盐、干旱和低温胁迫下表达量均呈现先上调后下调的趋势,不同处理时间的差异达到极显著水平,并且根中的表达量上调幅度高于叶片,说明该基因可能参与调控非生物逆境胁迫的生理响应。
简介:利用以栽培番茄Lycopersiconesculentum(加工番茄M82)为背景创建的L.pennelliiLA716渐渗系群体(ILs,introgressionlines),对7个番茄果实主要性状进行了主成分和聚类分析。结果表明,7个果实性状可简化为3个主成分,分别为果实质量因子、果形因子和品质因子,累计贡献率85.435%。利用欧式距离,类平均法可将77份渐渗系分为3大类群,第Ⅰ类群包括70个渐渗系材料,在D=17.53的水平又可将第Ⅰ类群分为2个亚群,果实性状较好的材料主要集中在这个类群中;第Ⅱ类群包括1个材料,说明此材料的独特性;第Ⅲ类群包括6个材料。
简介:利用SRAP标记,对来源不同的56份有棱丝瓜和8份无棱丝瓜种质的亲缘关系进行了分析。从144对SRAP引物中筛选出60对多态性强、重复性好的SRAP引物。共扩增得到1433条谱带,其中多态性谱带1280条,平均每对引物扩增得到21.33条多态性谱带,多态性位点百分率为88.74%。将丝瓜种质利用UPMGA方法进行聚类分析,结果表明,64份丝瓜种质的遗传相似系数为0.17~0.98。在遗传相似系数0.17处,供试种质被分为2大类群,第一大类群为普通丝瓜,第二大类群为有棱丝瓜,在第二大类群中又被分为以长绿型丝瓜为主和短果型丝瓜2亚群。丝瓜类群的划分与形态学性状比较一致,即首先与棱沟的有无密切相关,其次与瓜条的长短、颜色有较高的相关性。
简介:花生是重要的油料作物,对花生种子含油量进行遗传分析具有重要意义。本研究以高油花生新品种SPI056(P1)和低油花生新品种花育17(P2)及其杂交组合的F1、F2群体为材料,应用P1、P2、F1和F24个世代的数量性状主基因+多基因混合遗传模型联合分离分析方法,对种子含油量进行了遗传分析。结果表明:花生种子含油量由两对加性-显性-上位性主基因+加性-显性多基因共同控制,主基因遗传率为72.55%。
简介:葡萄产量与品质和花序数量、特点、结构等密切相关。葡萄品种资源众多,不同品种结实系数、花序着生节住以及花序的结构等存在差异,花芽分化的高低与修剪有关。为对葡萄花序有更好的认识,以及为更好地利用葡萄种质资源、葡萄育种亲本选择以及栽培管理措施的实施提供一定理论参考,本研究对205份葡萄种质资源的花序特点进行了调查分析。研究发现:葡萄花序类型有花序紧凑型、花序松散型、无卷须型、卷须紧靠花序型、卷须非紧靠花序型等。欧美杂种花序着生初节位分布在3和4,其结实系数为1或2。欧亚种初节位分布在4和5,其结实系数主要为l。抽生花序节位的芽比非抽生花序节位的芽大。花序增长速度在开花前7d时最大。
简介:从贵州、云南、四川、陕西和辽宁收集了27份天麻样品,从64对AFLP选择性引物组合中筛选出16对组合,对不同分布区天麻的遗传多样性进行分析。16对引物共产生548条大小在100~1500bp的谱带,其中多态性带428条,多态性比率(PP)达78%,说明不同分布区的天麻中存在一定的遗传多样性,且AFLP可以有效地进行天麻遗传多样性的分析。遗传差异分析结果表明,27个样品的遗传距离在0.5930~0.0187,平均为0.2199,表明不同分布区天麻个体间存在一定的遗传差异。5个省份的样品中来自贵州的样品遗传差异相对较大,表明贵州蕴藏着相对丰富的基因资源,可以作为天麻遗传改良的重要种质资源。不同变型的AFLP分析结果显示,3种变型从分子上无明显差异,说明天麻种内的变型仅仅是表型上的变异,尚未在遗传上固定下来,对天麻几个变型的划分是否成立还有待进一步研究。