简介:病变组织差异表达基因的分析有助于寻找与疾病发生、发展和临床治疗有关的关键分子。目的:应用寡核苷酸芯片对Barrett食管与正常食管黏膜组织的差异表达基因进行高通量分析.以期筛选与Barrett食管发生、发展相关的分子标记物。方法:取6例Barrett食管患者病变食管黏膜和相应正常食管黏膜组织。Trizol一步法抽提总RNA.纯化后合成cRNA探针;探针荧光标记和纯化后,将两种组织探针分别与Agilent全基因组寡核苷酸芯片(含30968个基因组探针)进行杂交;获取芯片扫描图谱,以特征提取软件行定量分析、处理。结果:Barrett食管与正常食管黏膜组织的2倍差异表达(Ratio值≥2或≤0.5)基因中,上调基因142个,下调基因284个,涉及细胞周期相关基因、信号转导相关基因、黏蛋白相关基因、癌基因和抑癌基因、骨形态蛋白基因、凋亡抑制基因、bcl-2家族相关基因等。结论:高通量的基因芯片技术可筛选出大量Barrett食管相关基因,对这些相关基因的功能进行验证将有助于找到Barrett食管发生、发展的关键基因或通路。
简介:摘要目的探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱,为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据,根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组,每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析,应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络,筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法,通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分,根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果TCGA数据分析显示,AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因,其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调,451个基因表达下调。GO功能分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关,而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集,该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15,其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关,且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关(r=0.475,P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT-qPCR检测结果显示,特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达,其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关,但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。结论AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展,其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用,并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。
简介:摘要目的探讨与肝纤维化相关差异表达mRNA在发病机制中的作用。方法1构建胆汁淤积性肝纤维化化动物模型,分为胆管结扎模型组、只开腹不结扎对照组以及胆管结扎并且赖氨大黄酸(RHL)治疗的赖氨大黄酸组。2应用芯片技术分别检测模型组组与对照差异表达的mRNA、赖氨大黄酸组与模型组差异表达的mRNA。3对差异表达mRNA进行整合分析,确定对肝纤维化有影响的差异表达的mRNA。4应用MoleculeAnnotationSystem(MAS)软件对差异表达mRNA进行GO和KEGG分析。结果1模型组与对照组相比,635个基因表达上调,366个基因表达下;赖氨大黄酸组与模型组相比,59个基因表达上调,43个基因表达下调。2重合分析共43个差异表达的mRNA。3GO分析显示43个差异表达的mRNA主要在细胞质和细胞器参与结合、分子调节器、代谢调节过程等功能。4KEGG分析显示43个差异表达的mRNA主要PPAR信号通路、代谢途径、脂肪细胞因子信号通路等信号传导通路。结论差异表达的mRNA可能影响肝纤维化进程。
简介:目的骨肉瘤是一类发生于骨间叶组织的恶性肿瘤,恶性程度高。当前其发病的具体分子机制尚不明确且受多种因素影响。环状RNA(circRNA)已被证实在多种疾病中发挥重要的调控作用,可以通过分子海绵机制吸附miRNA进而调控关键基因表达。本研究拟通过查找骨肉瘤circRNA表达谱芯片,并分析差异表达circRNA及其潜在调控机制,预测其在骨肉瘤发生发展过程中的作用。方法通过GEO数据库查找circRNA芯片表达谱,通过GEO2R对芯片进行差异表达分析,对筛选出的上调和下调表达最明显的circRNA各5个做内源竞争性RNA调控网络图,预测出潜在靶mRNA,并应用生物信息学分析方法分析了这些靶mRNA的功能富集情况。结果在骨肉瘤circRNA表达谱芯片(GSE96964)结果中,有110个明显差异表达的circRNA,包括8个明显上调和102个明显下调的circRNA,通过位点预测网站,在5个上调最明显的circRNA下游预测出127个mRNA,5个下调最明显circRNA下游预测出158个mRNA。OMICSbean分析结果显示,这些基因所富集的通路与骨肉瘤的发生发展有密切关系。结论本研究筛选出的110个明显差异表达circRNA不仅可以作为骨肉瘤诊断与治疗的分子标志物,而且在骨肉瘤的发生发展过程中有潜在的调控作用。
简介:目的探讨食管癌患者和健康人群蛋白表达的差异,筛选用于早期诊断的肿瘤标志物并建立诊断模型.方法回顾性分析2008年1月至8月新疆医科大学第一附属医院收治的127例原发性食管癌患者(食管癌组)和63例健康体检者(健康对照组)的临床资料.采用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术,应用弱阳离子交换蛋白芯片检测和分析两组受试者的血清蛋白表达谱,筛选可以用于临床食管癌早期诊断新的肿瘤标志物,建立蛋白质指纹图诊断模型.采用秩和检验分析数据.结果食管癌组与健康对照组血清蛋白质荷比(M/Z)峰值图谱明显不同.得到差异性较大的10个蛋白中,有6个在食管癌组呈高表达,M/Z为4488、5495、15964、3948、8154、8166;4个呈低表达,M/Z为8789、6682、8714、6650.建立由6个蛋白组成的蛋白质指纹图诊断模型,食管癌组患者中124例判定正确,3例误判;健康对照组患者中60例判定正确,3例误判,其准确度为96.8%(184/190),敏感度为97.6%(124/127),特异度为95.2%(60/63).结论应用SELDI-TOF-MS技术筛选食管癌肿瘤标志物建立的蛋白质指纹图诊断模型灵敏度高、特异性强.
简介:目的使用RNA-Seq技术分析Miif-m敲除鼠与野生鼠的血管纹转录组,研究Mitf-m基因敲除后的差异表达基因及相关改变的分子机制。方法分别取Miif-m敲除鼠(Mitfmi-△M/mi-△M;MM组)与野生鼠(Miif-m+/+;ww组)的血管纹进行总RNA提取;制备cDNA文库,用IlluminaHiSeq2000测序系统行高通量测序。利用软件Tophat2.2.0将cleanreads比对到参考基因组;分别用软件RSeQS-2.3.2和cufflinks来检测测序结果的均一性和基因表达水平。使用edgeR和DESeq程序筛选差异表达基因(differentialexpressedgenes,DEGs);选择下调DEGs,用KOBAS2.O进行基因本体(geneontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes,KEGG)代谢途径的富集分析。结果MM组与WW组在参考基因组上mapping的cleanreads数分别为42463888和39718542,分别有88.7%和87.4%的reads是唯一映射,说明RNA-Seq结果可靠。DEGs筛查结果表明,相对于WW组,Mftf-m敲除鼠血管纹有45个DEGs,上调表达基因有7个,下调表达基因有38个。GO富集分析发现下调表达基因与黑色素的合成和代谢过程、色素沉着有关,值得关注的是与内向整流钾离子通道Kcnj10和Kcnj13相关。KEGG富集分析显示下调表达基因主要富集于黑色素生成通路。结论RNA-Seq分析拓展了Mftf-m基因调控网,为探究Mitf-m突变所致听力-色素综合征的分子机制及特异性研究Mitf不同转录子的功能奠定了基础。
简介:目的研究肠道组织CFTR基因表达与分泌性腹泻发生的关系。方法选取KM小鼠24只,雌雄各半,随机分为3组(每组8只):对照组经小鼠腹腔注射0.2mL生理盐水,实验组小鼠经腹腔注射LPS[6mg/(kg·bw)]分别作用1h、8h,于注射后通过小鼠精神状态、肠道组织形态学判定分泌性腹泻模型的建立,利用荧光定量PCR法检测各段肠道组织CFTR基因的表达。结果LPS成功诱导小鼠发生了分泌性腹泻;CFTR基因在小鼠十二指肠、空肠、回肠和结肠组织中均有不同的表达丰度,以结肠最高,但各段肠道间差异不显著;与对照组相比,LPS上调了十二指肠、空肠和回肠CFTR基因的转录,下调了结肠CFTR基因的转录。结论提示肠道组织CFTR基因转录水平的上调与LPS诱导分泌性腹泻的发生密切相关,且在各肠段发挥的作用不同,其中空肠在氯离子(Cl-)分泌中发挥主要作用,结肠的作用最弱。