简介:摘要目的初步探讨宏基因组二代测序(mNGS)在非结核分枝杆菌(NTM)骨关节感染病原学诊断中的应用价值。方法分析2014年1月至2019年10月间福建医科大学附属第一医院骨肿瘤与关节外科确诊的119例骨关节感染患者资料。所有患者均先采用传统培养,再进行mNGS筛选出病原学检测结果为NTM的患者,根据mNGS病原学检测结果进行优化培养。记录NTM患者的一般资料、传统培养、mNGS和优化培养的结果。结果119例骨关节感染患者中有12例(10.1%,12/119)mNGS结果为NTM感染,男6例,女6例;年龄31~82岁(平均51.1岁);慢生长型NTM 5例,快生长型NTM 7例。采用传统培养方法的初次培养阳性率仅为16.7%(2/12),优化培养的阳性率为66.7%(8/12),其中快生长型NTM的优化培养阳性率为100%(7/7),慢生长型NTM为20.0%(1/5)。结论对于NTM骨关节感染患者而言,传统的培养方法阳性率较低,mNGS技术在病原学精准诊断上有其优势,尤其对于快生长型NTM感染患者。
简介:摘要目的旨在采用二代测序(NGS)的技术平台检测肝细胞癌(HCC)组织样本中肿瘤抑制基因第10号染色体缺失的磷酸酶和张力蛋白同源等位基因(PTEN)基因启动子区的甲基化率,并对其与接受索拉非尼治疗患者预后相关性进行分析。方法2019年6月至2020年12月期间,对在解放军总医院第五医学中心收集和保存的52例单纯接受索拉非尼治疗患者的HCC成对肿瘤组织与癌旁组织样本,提取样本中的总DNA样品;使用亚硫酸氢盐处理DNA样品并设计特异性引物对PTEN启动子区进行扩增,进一步对扩增产物进行二代测序分析。在对PTEN甲基化的临床意义分析中通过log-rank统计学分析方法计算患者组间生存期是否具有统计学差异。结果肿瘤组织中PTEN启动子区甲基化率(29.17%±9.58%)显著高于癌旁组织(4.17%±2.86%)(t=19.970,P<0.05)。同时,在HCC组织中,PTEN启动子区甲基化率与其表达负相关(F=47.270,P<0.000 1;Y=-1 800×X+38.03),PTEN甲基化率与患者接受分子靶向药物索拉非尼治疗的预后负相关(χ²=4.313,P<0.05)。结论本研究成功建立了新型PTEN启动子区甲基化的检测方法,PTEN甲基化率可能是HCC诊断及靶向治疗的靶标之一。
简介:摘要目的探讨二代测序技术在非人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者肺孢子菌肺炎诊断中的应用价值。方法回顾性分析解放军总医院第四医学中心2017年9月1日至2018年9月1日采用二代测序技术诊断的5例非HIV感染者肺孢子菌肺炎的诊治过程,并与常规实验室微生物检验结果进行比较,分析二代测序技术在非HIV感染者肺孢子菌肺炎诊断中的应用价值。结果5例中男性3例,女性2例,平均年龄(48±6)岁。3例为膜性肾病,1例为结核性脑膜炎,1例为食管癌放化疗后,发病前均有糖皮质激素用药史。临床表现为发热、咳嗽、呼吸困难,胸部CT表现为双肺磨玻璃影,1, 3-β-D-葡聚糖试验结果均>1 000 ng/L。5例均行支气管肺泡灌洗,1例BALF六亚甲基四胺银染色发现肺孢子菌包囊,5例BALF二代测序均检出肺孢子菌和人类疱疹病毒核酸序列。5例均应用磺胺甲噁唑/甲氧苄啶治疗,中位治疗时间33(23,72) d,1.44 g,口服,1次/8 h;更昔洛韦治疗中位时间为15(6,22) d, 250 mg,静脉滴注,1次/12 h。经治疗后胸部CT表现及临床症状均好转,无死亡病例。结论BALF的二代测序诊断非HIV患者肺孢子菌肺炎的特异度及敏感度高,较常规实验室检验方法更快速、全面、准确,可作为肺孢子菌肺炎诊断的方法之一。
简介:摘要目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)在颅脑创伤(TBI)后中枢神经系统(CNS)感染中的诊断效能与应用价值。方法前瞻性纳入2018年8月至2020年1月上海交通大学医学院附属仁济医院神经外科高度怀疑存在CNS感染但缺乏病原学结果的TBI患者,采集其脑脊液标本,并行mNGS与微生物培养同步检测。以CNS感染临床诊断为"金标准",分别计算两种检测方法的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、Youden指数;通过受试者工作特征(ROC)曲线计算曲线下面积,以评估mNGS的诊断效能。结果行mNGS与微生物培养同步检测的21例TBI患者中,共有11例符合CNS感染临床诊断标准,其中脑室膜炎8例,脑脓肿3例;11例患者中,mNGS阳性9例,微生物培养阳性3例。mNGS与微生物培养的灵敏度分别为81.8%、27.3%,特异度均为90.0%,阳性预测值分别为90.0%、75.0%,阴性预测值分别为81.8%、52.9%,Youden指数分别为0.718、0.173,ROC曲线下面积分别为0.859(95% CI:0.639~0.970)、0.586(95% CI:0.354~0.794),且与AUC=0.5的诊断参考线比较,mNGS与其的差异有统计学意义(Z=4.553,P<0.001),而微生物培养与其差异无统计学意义(Z=1.000,P=0.317)。结论对于TBI相关的CNS感染诊断,mNGS较微生物培养具有更好的诊断效能,显示了其应用价值,可作为微生物培养等常规诊断技术的必要补充。