简介:摘要药物基因组学研究旨在探究遗传变异与药物的疗效和不良反应之间的关联,对样本量有很高的要求。为有效进行Meta分析以探究药物遗传关联,亟需提高药物基因组学研究报告质量。2020年制定的加强药物基因组学研究报告规范(Strengthening the Reporting of Pharmacogenetic Studies,STROPS)在STREGA规范(Strengthening the Reporting of Genetic Association Studies)的基础上进行补充和修改,为药物基因组学研究报告提供专门的指导。本文将重点介绍STROPS并对部分条目进行解读,同时给出实例以便理解和应用。
简介:摘要目的基于生物信息学筛选肺腺癌预后基因,探讨预后基因与免疫治疗反应性的关系,同时筛选其潜在药物。方法在基因表达谱(GEO)数据库用GEO2R对GSE30219、GSE31210、GSE32863、GSE33532、GSE40791和GSE75037数据集进行差异表达分析,取P<0.05且Log2(fold change)≥1的基因,用在线网站取交集得共同上调基因。在GSE31210、GSE42127、GSE68465、GSE72094数据集和癌症基因图谱计划(TCGA)数据库中获取生存资料,用R软件对上调基因行单因素COX回归分析,得到7个预后关键基因。通过基因表达谱交互分析(GEPIA2)网站验证基因表达与预后的关系。使用人类蛋白图集(HPA)在线工具验证关键基因的蛋白表达水平。京东基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)进行基因功能富集分析。使用仙桃学术分析关键基因与免疫治疗反应的相关性。最后通过CellMiner数据库筛选关键基因的敏感性药物。两组间的比较通过Student’s t检验评估。结果共获得142个共同上调基因,经单因素COX回归分析和GEPIA2网站验证得到7个预后关键基因,即细胞周期蛋白B2(CCNB2)、细胞分裂周期蛋白20(CDC20)、瓣状核酸内切酶1(FEN1)、鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF)上皮细胞转化序列2(ECT2)、微小染色体维持蛋白4(MCM4)、母胚亮氨酸拉链激酶(MELK)和溶质载体家族2成员1(SLC2A1)。通过GO和KEGG功能富集分析,关键基因生物学功能主要富集在作用于DNA的催化活性方面,以及在细胞周期、人类T细胞白血病病毒1感染等信号通路上。此外,免疫相关性分析显示7个关键基因与肿瘤突变负荷(TMB)、表面抗原分化簇274(CD274)表达以及肿瘤免疫功能障碍和排斥评分(TIDE)明显相关。最后,7个关键基因得到37个对应的敏感性药物。结论CCNB2、CDC20、FEN1、ECT2、MCM4、MELK和SLC2A1可以作为肺腺癌预后不良标志物,且可能与免疫治疗低反应性相关,同时得到37个对应的敏感性药物。
简介:摘要目的了解一组多药耐药克雷伯菌氨基糖苷类修饰酶基因和16SrRNA甲基化酶基因的存在状况。方法收集南京医科大学附属淮安一院2013年2月至2015年3月病人标本中分离的多药耐药克雷伯菌属共20株,用分子鉴定法鉴定菌种,将15种氨基糖苷类修饰酶基因和6种16SrRNA甲基化酶基因使用聚合酶链反应(PCR)方法进行分析。结果本组20株菌中19株为肺炎克雷伯菌,1株为变栖克雷伯菌。氨基糖苷类修饰酶基因或/和16SrRNA甲基化酶基因检出率达80.0%。其中aac(3)-Ⅱ、aac(6’)-Ⅰb群、ant(3″)-Ⅰ、aph(3’)-Ⅰ、rmtB的检出分别为9株、12株、10株、5株、4株。并且在变栖克雷伯菌中发现了aac(6’)-Ⅰb-cr基因。结论本组克雷伯菌对氨基糖苷类产生耐药,造成该结果的主要原因是其产4种氨基糖苷类修饰酶基因和1种16SrRNA甲基化酶基因。在变栖克雷伯菌中发现了aac(6’)-Ⅰb-cr基因是国内外首次报道。
简介:摘要:目的:探讨分析药物基因组学检测为导向应用于高血压患者个性化用药指导中效果,评估其临床可应用价值。方法:将2020年8月-2021年12月作为研究时段录入该时段内我院中收入的高血压患者72名作为研究对象,对患者进行随机分为对照组与实验组,每组各36名患者,采用选择随机对照方法,对照组患者选择常规循证医学指南指导下的药物治疗方案,实验组内患者则选择以药物基因组学检测为导向的高血压个性化指导用药,在患者病情稳定后由医务人员评估两组患者的治疗效果。结果:相较于对照组来说,实验组患者的血压控制优于对照组,两组差异显著(P<0.05)。结论:药物基因组学检测为导向应用于高血压患者的个体化用药指导时,能够使患者的治疗效果有更好保障,对于患者的用药指导来说有十分积极的作用,值得进行临床推广。
简介:【摘要】目的:本研究旨在观察精神分裂症患者用药选用抗精神病药物基因检测指导和不选用抗精神病药物检测指导下用药两种方式的疗效性和安全性。方法:收集我院精神科自2019年6月-2021年12月收治的精神分裂症患者共120例。其中60例根据病情主治医生决策药物治疗作为对照组,期间可能根据病情和副反应调整用药。剩余60例采用核酸质谱方法对治疗药物的相关基因位点进行检测,根据检测结果和副反应及病情控制情况由主治医生调整抗精神病药物类型及计量,并作为观察组。比较两组患者经调整前和部分调整后第2周、4周、8周、12周的精神分裂症患者阳性和阴性症状量表(PANSS总分)、药物副作用量表总分(TESS)、社会功能缺陷选查量表(SDSS)、临床疗效总评量表(CGI)。结果:120例精神分裂症患者常用的精神疾病药物包括氯氮平、氨磺必利、奥氮平、利培酮、阿立哌唑以及喹硫平。其中观察组的60例患者CYP2D6异常共28例,突变率为46.66%。CYP1A2基因突变的异常11例,突变率为18.33%。CYP3A5
简介:作为人体的物理屏障,肠道微生物分泌的细菌酶改变多种药物的口服利用度。机体内代谢产物均是基因表达的终产物,肠道内微生物代谢产物基因组模型的成功构建为深入研究微生物群落如何参与调节药物代谢奠定了一定的理论基础。确定由细菌酶催化代谢的药物、对其基因表达与调控进行研究,将为临床合理用药提供理论基础。通过14个基因组筛选及酶型分布比例证实肠道微生物在基因水平上支持细胞行使正常功能;而基于代谢组学和基因组学的结合确定将抑制次生代谢产物氧化三甲胺过量产生作为治疗靶标,为细菌酶改善心血管病程进展及新药的研究提供新框架;基于基因组图谱分析,发现人类及微生物基因组均有成为研究新药作用靶点的无限潜力。
简介:检索2009至2013年PubMed、Nature数据库、ScienceDirect数据库和中国期刊全文数据库,收集基因多态性与药物不良反应(ADR)相关性研究的期刊文献进行资料提取和分析,就药物代谢酶、转运蛋白、免疫分子、受体的基因多态性与ADR发生的关系进行综述.药物代谢酶主要涉及细胞色素P4502C9、N-乙酰基转移酶2、尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶1A6、亚甲基四氢叶酸还原酶、基质金属蛋白酶9和二氢嘧啶脱氢酶;转运蛋白主要涉及水溶性载体家族22成员2、电压依赖性钙通道γ亚基6、水溶性载体家族6成员12、ATP结合盒转运体B1;免疫分子主要涉及人类白细胞抗原(humanlymphocyteantigen,HLA)相关的基因复合体,包括HLA-B、HLA-A和HLA-C;受体主要涉及多巴胺2受体/含锚蛋白重复和激酶域1TaqIA基因、趋化因子受体3、孤儿核受体NR4A1、孕烷X受体和白细胞介素4受体α.了解基因多态性与ADR的关系有助于实施个体化用药,避免或减少ADR的发生.
简介:摘要目的研究Stathmin1基因表达对微管药物抑制细胞增殖作用的影响。方法分析Stathmin1基因表达与微管药物联合对人肺腺癌细胞A549细胞存活率的影响。结果0.5μM紫杉醇和去氧鬼臼毒素作用A549细胞时,细胞存活率分别为28.5%、45.8%,Stathmin1与0.5μM紫杉醇、DPPT联合作用A549细胞时,细胞存活率有所下降。结论Stathmin1基因表达与微管药物结合,能够起到抑制细胞增殖作用,降低肿瘤药物用量。