简介：微数组技术是的模仿的微严肃(SMG)生物反应器和DNA识别“玩的空间基因”的强大的工具在对微严肃的细胞的反应给角色调音。我们使用了这些生物工学工具由用生物反应器在正常严肃为15，50，和60d由恢复culturing跟随了的高方面比率容器为3，4，9，和10d暴露房间到SMG在人的表皮的keratinocytes上调查SMG和post-SMG恢复效果。作为结果，我们鉴别162差别表示了基因，其32是“最一致地在路线试验的时间被影响的中心基因”。十一中心基因从综合压力反应小径并且是并列地下面调整的。七个中心基因，都是金属硫蛋白MT-I和MT-IIisoforms，是并列地起来调整的。另外，HLA-G，在细胞的有免疫力的反应抑制的关键基因，被发现在恢复阶段期间显著地起来调整。总的来说，超过80%差别从更短的暴露表示了基因(/=9d)暴露，超过50d被需要恢复到更短的暴露的影响水平。数据显示那更短的SMG暴露持续时间将从微严肃效果导致更快、更完全的恢复。

简介：Werecentlyreportedtheuseofagene-trappingapproachtoisolatecellclonesinwhichareportergenehadintegratedintogenesmodulatedbyT-cellactivation.WehavenowtestedapanelofclonesfromthatreportandidentifiedtheonethatrespondstoavarietyofG-proteincoupledreceptors(GPCR).TheβlactamasetaggedEGR-3JurkatcellwasusedtodissectspecificGPCRsignalinginvivo.ThreeGPCRswerestudied,includingthechemokinereceptorCXCR4(Gicoupled)thatwasendogenouslyexpressed,theplateletactivationfactor(PAF)receptor(Gq-coupled),andβ2adrenergicreceptor(Gs-coupled)thatwasbothstablytransfected.Agonistsforeachreceptoractivatedtranscriptionoftheβ-lactamasetaggedEGR-3gene.InductionofEGR-3throughCXCR4wasblockedbypertussistoxinandPD58059,aspecificinhibitorofMEK(MAPK/ERKkinase).NeitheroftheseinhibitorsblockedisoproterenolorPAF-mediatedactivationofEGR-3.Conversely,β2-andPAF-mediatedEGR-3activationwasblockedbythep38,specificinhibitorSB580.Inaddition,bothβ2-andPAF-mediatedEGR-3activationcouldbesynergisticallyactivatedbyCXCR4activation.ThiscombinedresultindicatesthatEGR-3canbeactivatedthroughdistinctsignaltransductionpathwaysbydifferentGPCRsandthatsignalscanbeintegratedandamplifiedtoefficientlytunethelevelofactivation.

简介：Humantumornecrosisfactorα(hTNFα),apleiotropiccytokinewithactivitiesrangingfromhostdefensemechanismsininfectionandinjurytoseveretoxicityinsepticshockorotherrelateddiseases,isapromisingtargetfordrugscreening.UsingtheSELEX(systematicevolutionofligandsbyexponentialenrichment)process,weisolatedoligonucleotideligands(aptamers)withhighaffinitiesforhTNFα.Aptamerswereselectedfromastartingpoolof40randomizedsequencescomposedofabout1015RNAmolecules.RepresentativeaptamersweretruncatedtotheminimallengthwithhighaffinityforhTNFαandwerefurthermodifiedbyreplacementof2'-OHwith2'-Fand2'-NH2atallribopurinepositions.ThesemodifiedRNAaptamerswereresistanttonuclease.ThespecificityoftheseaptamersforhTNFαwasconfirmed,andtheiractivitytoinhibitthecytotoxicityofhTNFαonmouseL929cellswasdetermined.Resultsdemonstratedthatfour2'-NH2-modifiedaptamersboundtohTNFαwithhighaffinityandblockedthebindingofhTNFαtoitsreceptor,thusprotectingtheL929cellsfromthecytotoxicityofhTNFα.OligonucleotideaptamersdescribedherearepotentialtherapeuticsanddiagnosticsforhTNFc-relateddiseases.

简介：Domaindatabaseisessentialfordomainpropertyresearch.Eliminatingredundantinformationindatabasequeryisveryimportantfordatabasequality.Herewereportthemanualconstructionofanon-redundanthumanSH2domaindatabase.Thereare119humanSH2domainsin110SH2-containingproteins.HumanSH2swerealignedwithClustalX,andahomologoustreewasgenerated.Inthistree,proteinswithsimilarknownfunctionwereclassifiedintothesamegroup.Someproteinsinthesamegrouphavebeenreportedtohavesimilarbindingmotifsexperimentally.Thetreemightprovidecluesaboutpossiblefunctionsofhypotheticalproteinsforfurtherexperimentalverification.

简介：Shigellaflexneriisaninfectiouspathogenthatcausesdysenterytohuman,whichremainsaseriousthreattopublichealth,particularlyindevelopingcountries.Inthisstudy,theglobalproteinexpressionpatternsofS.flexneriduringtransitionfromexponentialgrowthtostationaryphaseinvitrowereanalyzedbyusing2-DPAGEcombinedwithMALDI-TOFMS.Inatime-courseexperimentwithfivetimepoints,therelativeabundanceof49proteinspotsvariedsignificantly.In-terestingly,aputativeoutermembraneproteinYciD(OmpW)wasalmostnotdetectedintheexponentialgrowthphasebutbecameoneofthemostabundantproteinsinthewholestationary-phaseproteome.SomeproteinsregulatedbytheglobalregulatorFNRwerealsosignificantlyinduced(suchasAnsB,AspA,FrdAB,andKatG)orrepressed(suchasAceEF,OmpX,SodA,andSucAB)duringthegrowthphasetransition.Theseproteinsmaybethekeyeffectorsofthebacterialcellcycleorplayimportantrolesinthecellularmaintenanceandstressresponses.Ourexpressionprofiledataprovidevaluableinformationforthestudyofbacterialphysiologyandformthebasisforfutureproteomicanalysesofthispathogen.

简介：Itisstandardpractice,wheneveraresearcherfindsanewgene,tosearchdatabasesforgenesthathaveasimilarsequence.Itisnotstandardpractice,wheneveraresearcherfindsanewgene,tosearchforgenesthathavesimilarexpression(coexpression).Failuretoperformco-expressionsearcheshasleadtoincorrectconclusionsaboutthelikelyfunctionofnewgenes,andhasleadtowastedlaboratoryattemptstoconfirmfunctionsincorrectlypredicted.WepresentheretheexampleofGliaMaturationFactorgamma(GMF-gamma).Despiteitsname,ithasnotbeenshowntoparticipateingliamaturation.ItisageneofunknownfunctionthatissimilarinsequencetoGMF-beta.ThesequencehomologyandchromosomallocationledtoanunsuccessfulsearchforGMF-gammamutationsinglioma.WeexaminedGMF-gammaexpressionin1432humancDNAlibraries.Highestexpressionoccursinphagocytic,antigen-presentingandotherhematopoieticcells.WefoundGMF-gammamRNAinalmosteverytissueexamined,withexpressioninnervoustissuenohigherthaninanyothertissue.OurevidenceindicatesthatGMF-gammaparticipatesinphagocytosisinantigenpresentingcells.Searchesforgeneswithsimilarsequencesshouldbesupplementedwithsearchesforgeneswithsimilarexpressiontoavoidincorrectpredictions.

简介：导致的模仿的微严肃(SMG)的知识在微生物的致病力变化为长期的空间飞行的成功是重要的。在用高方面比率容器生物反应器的以前的研究，当在建模的微严肃成长时，我们证明酵母种类Saccharomycescerevisiae经历了重要phenotypic回答，它在基因表达侧面的分析被反映。在这研究，我们证实Candidaalbicans以一种类似的方式对SMG作出回应，证明在到这个环境压力的酵母之中有保存回答。我们也报导C的生长。在SMG的albicans导致与提高的致病力一致的一个morphogenic开关。明确地，我们在有机体的细丝状的形式观察了增加，在二基因的表示伴随变化与酵母菌丝的转变联系了。词法反应可以为宇航员的安全有重要含意，当真菌的病原体可以在空间飞行期间变得更剧毒。

简介：Inthepost-genomicera,identificationofspecificregulatorymotifsortranscrip-tionfactorbindingsites(TFBSs)innon-codingDNAsequences,whichisessentialtoelucidatetranscriptionalregulatorynetworks,hasemergedasanobstaclethatfrustratesmanyresearchers.Consequently,numerousmotifdiscoverytoolsandcorrelateddatabaseshavebeenappliedtosolvingthisproblem.However,theseexistingmethods,basedondifferentcomputationalalgorithms,showdiversemotifpredictionefficiencyinnon-codingDNAsequences.Therefore,understandingthesimilaritiesanddifferencesofcomputationalalgorithmsandenrichingthemotifdiscoveryliteraturesareimportantforuserstochoosethemostappropriateoneamongtheonlineavailabletools.Moreover,therestilllackscrediblecriteriontoassessmotifdiscoverytoolsandinstructionsforresearcherstochoosethebestaccordingtotheirownprojects.Thusintegrationoftherelatedresourcesmightbeagoodapproachtoimproveaccuracyoftheapplication.Recentstudiesintegrateregulatorymotifdiscoverytoolswithexperimentalmethodstoofferacomplemen-taryapproachforresearchers,andalsoprovideamuch-neededmodelforcurrentresearchesontranscriptionalregulatorynetworks.HerewepresentacomparativeanalysisofregulatorymotifdiscoverytoolsforTFBSs.

简介：我们为在人的线粒体与氨基酸新陈代谢联系的新陈代谢的小径的鉴定和重建使用了一条生物信息学途径。试验性、计算的方法决定的人的mitochondrial蛋白质从KEGG数据库在参考小径上被迭加识别mitochondrial小径。在为每条重建的小径的入口和出口点的酶被识别，并且mitochondrial溶质搬运人蛋白质是坚定的在哪儿适用。在mitochondrial小径的中间的酶基于从公共数据库，在当前的文学的证据，或我们的MITOPRED程序可得到的注解被识别，它预言蛋白质的mitochondrial本地化。通过从试验性、文献、计算的来源导出的数据的集成，我们重建了氨基酸在人的线粒体的新陈代谢的小径，它帮助能更好处于人的健康理解mitochondrial新陈代谢和它的角色。

简介：理解空间飞行怎么影响细胞的发信号的小径的分子的机制，静止正常人的WI-38成纤维细胞在STS-93航天飞机使命上被飞。随后，RNA取样从飞空间并且地面控制房间被用来构造二个cDNA图书馆，它然后为抑制被处理减少性的杂交(SSH)识别spaceflight特定的基因表达。与氧化应力，DNA修理，和丰满的酸氧化有关的关键基因被空间飞行激活的SSH数据表演，建议细胞的氧化应力的正式就职。这被neuregulin的起来规定进一步证实1并且钙绑定蛋白质钙调蛋白2。另一个明显的压力符号是空间飞行唤起Ras/mitogen-activated蛋白激酶和phosphatidylinositol-3激酶发信号小径，与一起起来调整几个官方补给阶段的房间周期穿越基因。显示出表示的起来规定的另外的基因涉及蛋白质合成和pro-apoptosis，以及支持幸存。机能上地相关的基因的Interactome分析证明c-Myc为显示出重要变化的那些基因是“中心”。因此，我们的结果建议微严肃旅行可以在主要与细胞的应力发信号联系的基因表达影响变化，指导到apoptotic死亡或早熟的老朽的房间。

简介：Transcriptionfactor(TF)bindingtoitsDNAtargetsiteplaysanessentialroleingeneregulation.Thelocation,orientationandspacingoftranscriptionfactorbindingsites(TFBSs)alsoaffectregulatoryfunctionoftheTF.However,hownucleosomalcontextofTFBSsinfluencesTFbindingandsubsequentgeneregulationremainstobeelucidated.Usinggenome-widenucleosomepositioningandTFbindingdatainbuddingyeast,wefoundthatbindingaffinitiesofTFstoDNAtendtodecreasewithincreasingnucleosomeoccupancyoftheassociatedbindingsites.WefurtherdemonstratedthatnucleosomalcontextofbindingsitesiscorrelatedwithgeneregulationofthecorrespondingTF.Nucleosome-depletedTFBSsarelinkedtohighgeneactivityandlowexpressionnoise,whereasnucleosome-coveredTFBSsareassociatedwithlowgeneactivityandhighexpressionnoise.Moreover,nucleosome-coveredTFBSstendtodisruptcoexpressionofthecorrespondingTFtargetgenes.WeconcludethatnucleosomalcontextofbindingsitesinfluencesTFbindingaffinity,subsequentlyaffectingtheregulationofTFsontheirtargetgenes.ThisemphasizestheneedtoincludenucleosomalcontextofTFBSsinmodelinggeneregulation.

简介：理解控制全球基因表达模式的改变的规章的机制继续是在计算生物学的一项挑战性的任务。我们以前开发了一个蚂蚁算法，为微数组数据的一种生物学上启发的计算技术，和预言的通常认为的抄写因素绑定主题(TFBM)通过模仿国王自然蚂蚁的交互行为。这里，我们把算法扩大了到一套基于万维网的软件，蚂蚁Modeler，并且使用了它调查transcriptional机制内在的骨头形成。机械装载和骨头morphogenic蛋白质(BMP)的管理是二个已知的处理加强骨头。我们探讨了一个问题：有任何TFBM，刺激“机械装载的anabolism的回答”并且“调停BMP的osteogenic发信号”吗？尽管在在二回答的基因之中没有重要重叠，比较基于模型的分析建议二个独立osteogenic过程采用普通TFBM，例如一个压力为peroxisome的应答的元素和一个主题激活proliferator的受体(PPAR)。在用老鼠造骨细胞房间的vitro分析的modeling以后响应机械装载支持了象PPAR，Ikaros3，和LMO2那样的预言的TFBM的参与。总起来说，结果将是有用的导出一套可试验的假设并且在骨头形成的复杂transcriptional控制检验特定的管理者的角色。

简介：二维的polyacrylamide胶化电气泳动(2D页)并且帮助矩阵的激光解吸附作用/电离双人脚踏车time-of-flight团spectrometry(MALDI-TOF/TOF-MS)，与联机数据库寻找合并了，被执行调查乳癌和邻近的正常的微分蛋白质胸纸巾。考虑到那浆液白朊富有地在正常被介绍，控制样品，从12在11检测的15个微分点(91.7%)乳癌样品被联机SIENA-2DPAGE数据库寻找和MALDI-TOF/TOF-MS分析识别。结果显示乳癌的病理学的变化涉及物质新陈代谢的扩大，解朊的活动的提升，酶的一些禁止者的活动的衰落等等。与改变的表示涉及乳癌的病理学的进程的一些重要蛋白质可以是有用简历标记，例如alpha-1-antitrypsin，EF-1-beta，组织蛋白酶D，TCTP，SMT3A，RPS12，和PSMA1，SMT3A，RPS12，和PSMA1首先在这研究为乳癌在之中被报导。

简介：epigenetic修正的一个改变的模式例如DNAmethylation和histone修正，对许多普通人的疾病批评，包括癌症。最近，mitochondrialDNA(mtDNA)被报导通过methylation模式的epigenetic规定与tumorigenesis被联系。学习DNAmethylation和CpG岛(CGI)的有希望的途径之一正在定序，克隆的分析源于methyl-CpG-binding领域蛋白质和限制酶MseI产生的物理库。在这研究，我们观察到在一个人的CGI库的349克隆的最冗余的序列都从人的mitochondrial染色体被产生。进一步的分析显示从mtDNA有5,845-bpDNA转移到染色体1，并且所有克隆应该是510-bpMseI碎片的产品，它包含了270bp的通常认为的CGI。510-bp碎片作为细胞色素coxidase子单元II(COXII)的部分被注解，并且包含COXII的相应序列的种系发生的分析从mtDNA显示出三个DNA转移事件到原子染色体，其一个经历了在不同染色体之间的第二等的转移事件。这些结果可以推进我们mtDNA怎么在原子核调整DNAmethylation的理解。

简介：识别蛋白质的细胞的本地化是的潜水艇在基因产品的功能的注解特别地有用。在这研究，我们使用机器学习和探索数据分析(EDA)技术检验并且描绘在九细胞的分隔空间局部性的人的蛋白质的氨基酸序列。代表人的蛋白质的3,749个蛋白质序列的数据集从SWISS-PROT数据库被提取。特征向量被创造捕获特定的氨基酸顺序特征。相对一台支持向量机器，一个多层的视感控器，和一个天真的Bayes分类器，C4.5决定树算法是越过在可靠地预言蛋白质的细胞的本地化基于他们的氨基酸定序的潜水艇的所有九分隔空间的最历久不渝的表演者(平均Precision=0.88；平均Sensitivity=0.86)。而且，EDA图形在每分隔空间描绘了蛋白质的必要特征。作为例子，在血浆膜上局部性的蛋白质有恐水病的氨基酸的更高的比例；细胞质的蛋白质有中立氨基酸的更高的比例；并且mitochondrial蛋白质有中立氨基酸的更高的比例和极的氨基酸的更低的比例。这些数据证明C4.5分类器和EDA工具能为描绘并且预言人的蛋白质的细胞的本地化基于他们的氨基酸定序的潜水艇是有效的。

简介：人的osteosarcomaMG-63房间被5mmol/Lhexamethylene二度乙酰胺(HMBA)导致进区别。他们的原子矩阵蛋白质(NMP)有选择地被提取并且使遭到了到二维的胶化电气泳动分析。蛋白质模式的结果被Melanie软件分析。差别的点表示了NMP被切除并且使遭到了到在有胰岛素的situ消化。采指纹的肽质量的地图被MALDI-TOF-MS分析获得，并且被吉祥物工具为NCBI数据库搜索提交。有12个点，在HMBA，其九被识别导致的区别期间显著地改变。调整蛋白质的角色在MG-63区别期间被分析。这研究建议癌症房间的导致的区别被NMP的变化伴随，并且证实与癌症房间增长和区别有关的一些特定的NMP的存在。改变的NMP为癌症治疗是为癌症诊断或目标的潜在的标记。

简介：AcomputationalsystemforthepredictionandclassificationofhumanG-proteincoupledreceptors(GPCRs)hasbeendevelopedbasedonthesupportvectormachine(SVM)methodandproteinsequenceinformation.ThefeaturevectorsusedtodeveloptheSVMpredictionmodelsconsistofstatisticallysignificantfeaturesselectedfromsingleaminoacid,dipeptide,andtripeptidecompositionsofproteinsequences.Furthermore,thelengthdistributiondifferencebetweenGPCRsandnon-GPCRshasalsobeenexploitedtoimprovethepredictionperformance.ThetestingresultswithannotatedhumanproteinsequencesdemonstratethatthissystemcangetgoodperformanceforbothpredictionandclassificationofhumanGPCRs.

简介：人的造血作用用控制干细胞区别的技术被评估，二维的胶化基于电气泳动的proteomics，和功能的基因组学。我们提供神经胶质成熟因素鲸鱼群妈(GMFG)是cytokine应答的蛋白质在的第一份报告导致erythropoietin并且刺激导致因素的造血的系开发的granulocyte殖民地。从全球功能的基因组学分析的结果显示GMFG拥有几个另外的特征：造血的织物特定的基因表示，与高分数的造血作用特定的抄写因素集中的一个倡导者，和有一个原始血/免疫者系统的可能的分子的coevolution。根据我们的调查结果，我们假设那GMFG是可以调停的造血特定的蛋白质人的造血的干细胞的pluripotentiality和系承诺。

简介：Thecommonapproachtofindco-regulatedgenesistoclustergenesbasedongeneexpression.However,duetothelimitedinformationpresentinanydataset,genesinthesameclustermightbeco-expressedbutnotnecessarilyco-regulated.Inthispaper,weproposetointegrateknowntranscriptionfactorbindingsiteinformationandgeneexpressiondataintoasingleclusteringscheme.Thisschemewillfindclustersofco-regulatedgenesthatarenotonlyexpressedsimilarlyunderthemeasuredconditions,butalsosharearegulatorystructurethatmayexplaintheircommonregulation.Wedemonstratetheutilityofthisapproachonamicroarraydatasetofyeastgrownunderdifferentnutrientandoxygenlimitations.Ourintegratedclusteringmethodnotonlyunravelsmanyregulatorymodulesthatareconsistentwithcurrentbiologicalknowledge,butalsoprovidesamoreprofoundunderstandingoftheunderlyingprocess.Theaddedvalueofourapproach,comparedwiththeclusteringsolelybasedongeneexpression,isitsabilitytouncoverclustersofgenesthatareinvolvedinmorespecificbiologicalprocessesandareevidentlyregulatedbyasetoftranscriptionfactors.

简介：Differentialproteomeprofilesofhumanlungsquamouscarcinomatissuecomparedtopairedtumor-adjacentnormalbronchialepithelialtissuewereestablishedandanalyzedbymeansofimmobilizedpHgradient-basedtwo-dimensionalpolyacrylamidegelelectrophoresis(2-DPAGE)andmatrix-assistedlaserdesorption/ionizationtimeofflightmassspectrometry(MALDI-TOF-MS).Theresultsshowedthatwell-resolved,reproducible2-DEpatternsofhumanlungsquamouscarcinomaandadjacentnormalbronchialepithelialtissueswereobtainedundertheconditionof0.75-ugprotein-load.Theaveragedeviationofspotpositionwas0.733+0.101mminIEFdirection,and0.925+0.207mminSDS-PAGEdirection.Fortumortissue,atotalof1241±88spotsweredetected,987±65spotswerematchedwithanaveragematchingrateof79.5%.Forcontrol,atotalof1190+72spotsweredetected,and875±48spotswerematchedwithanaveragematchingrateof73.5%.Atotalof864±34spotswerematchedbetweentumorsandcontrols.Forty-threedifferentialproteinswerecharacterized:someproteinswererelatedtooncogenes,andothersinvolvedintheregulationofcellcycleandsignaltransduction.Itissuggestedthatthedifferentialproteomicapproachisvaluableformassidentificationofdifferentiallyexpressedproteinsinvolvedinlungcarcinogenesis.Thesedatawillbeusedtoestablishhumanlungcancerproteomedatabasetofurtherstudyhumanlungsquamouscarcinoma.