简介:摘要目的了解不同剂量亚砷酸钠(NaAsO2)对正常人肝细胞(L-02细胞)核苷酸切除修复(NER)相关基因mRNA转录水平及其启动子区组蛋白H3第9位赖氨酸二甲基化(H3K9me2)修饰水平的影响。方法以0(对照)、5、10、20 μmol/L的NaAsO2处理L-02细胞24 h(n = 3),采用单细胞凝胶电泳法(SCGE)检测L-02细胞DNA损伤情况[Olive尾距(OTM)、尾部DNA百分含量(Tail DNA%)];实时荧光定量PCR法检测NER相关基因着色性干皮病(XP)基因A(XPA)、XP基因D(XPD)、XP基因F(XPF)mRNA表达水平;定量染色质免疫沉淀(CHIP)技术检测XPA、XPD、XPF启动子区(CHIP1、CHIP2)H3K9me2修饰水平。结果OTM、Tail DNA%水平与染砷剂量均呈正相关(对照和5、10、20 μmol/L染砷组分别为0.35 ± 0.09、0.56 ± 0.18、3.18 ± 0.31、4.52 ± 0.55,0.72 ± 0.05、1.34 ± 0.26、3.93 ± 0.43、5.47 ± 0.65,r = 0.927、0.948,P均< 0.05)。与对照组比较,10、20 μmol/L染砷组L-02细胞XPA、XPD、XPF mRNA表达水平均较低(P均< 0.05)。与对照组比较,20 μmol/L染砷组L-02细胞XPA、XPD、XPF启动子区(CHIP1、CHIP2)H3K9me2富集水平均较高(P均< 0.05)。结论砷通过增加NER相关基因启动子区(CHIP1、CHIP2)H3K9me2富集水平,抑制NER相关基因转录,进而降低L-02细胞DNA损伤修复能力,导致DNA损伤加重。
简介:摘要目的通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别脓毒症发生发展过程中的关键基因。方法从基因表达数据库(GEO)中下载基因表达数据集GSE154918,其中包含对照40例、无症状感染12例、脓毒症39例、脓毒症随访14例,共105例芯片数据。采用R软件筛选出脓毒症差异表达基因(DEG),用分布式访问视图集成数据库(DAVID)、检索交互基因的搜索工具(STRING)和可视化软件Cytoscape进行基因功能和通路富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析及关键基因分析,筛选出脓毒症发生发展过程中的关键基因。结果通过WGCNA并结合DEG表达分析得到46个候选基因,对这46个基因进行基因本体(GO)、京都市基因与基因组百科全书(KEGG)途径富集分析得到基因功能和参与的信号通路。进一步使用STRING数据库构建PPI网络,通过PPI网络可视化软件Cytoscape选出5个关键基因,包括肥大细胞表达膜蛋白1基因(MCEMP1)、S100钙结合蛋白A12基因(S100A12)、脂肪因子抵抗素基因(RETN)、c型凝集素结构域家族4成员基因(CLEC4D)、过氧化酶增殖因子活化受体基因(PPARG),对这5个基因分别进行表达差异分析,结果显示,在脓毒症患者中上述5个基因的表达水平较健康对照者显著性上调。结论本研究通过构建WGCNA方法筛选出有关脓毒症的5个关键基因,可能成为潜在的脓毒症诊疗相关候选靶点。
简介:摘要目的分析单基因肾结石病患儿的基因型特点。方法回顾性分析2016年1月至2020年12月在首都医科大学附属北京友谊医院诊治的56例单基因肾结石病患儿临床资料和基因检测结果,所有患儿均为全外显子测序诊断,分析患儿基因型特点。结果56例单基因肾结石病患儿中男39例、女17例,平均年龄4岁(5个月~14岁),共发现11种基因存在突变,包括常染色体隐性遗传基因7种,X连锁隐性遗传基因1种,显性和隐性遗传基因3种,其中HOGA1基因突变最为常见(16例,28.6%),其次为AGXT基因(15例,26.8%),SLC3A1基因(6例,10.7%),SLC7A9基因(5例,8.9%)和GRHPR基因(5例,8.9%)。突变类型包括无义突变、移码突变和剪切位点突变等,新发突变14个。AGXT、GRHPR和HOGA1等基因具有突变热点或热点区域,分别为c.815-816insGA和c.33dupC突变、c.864_865delTG突变和c.834-834+1突变区域;SLC3A1和SLC7A9基因有9种新发突变,但未发现突变热点或热点区域。结论儿童单基因肾结石病多为常染色体隐性遗传,致病基因中以HOGA1、AGXT、SLC3A1、SLC7A9和GRHPR等基因突变多见;AGXT、GRHPR和HOGA1等基因具有突变热点或热点区域,且突变可能具有种族差异性。
简介:摘要目的总结SYNGAP1基因相关儿童癫痫的临床特点。方法回顾性收集首都医科大学附属北京儿童医院神经内科2017年3月至2020年10月就诊的13例SYNGAP1基因变异相关癫痫患儿,并进行随访,对其临床特点、脑电图、头颅影像学、基因结果、治疗等进行总结。结果13例患儿(男4例、女9例)随访到12例,末次随访年龄5岁7月龄(3岁1月龄至9岁)。癫痫发作起病年龄为2岁(4月龄至3岁),发作类型包括眼睑肌阵挛伴或不伴失神(9例)、肌阵挛发作(5例)、不典型失神(4例)、可疑失张力发作(4例)、跌倒发作(6例,具体发作类型不详),发作频率每日数次到百余次。4例表型类似肌阵挛-失张力综合征。10例发作有诱因,包括进食(5例)、情绪(5例)、发热(3例)、声音(2例)、劳累(2例)等。10例患儿脑电图提示9例发作间期广泛性或局灶性痫样放电,监测到不典型失神4例、肌阵挛发作2例和眼睑肌阵挛伴失神发作1例。12例中9例加用丙戊酸钠均有效(发作减少50%以上),5例联用左乙拉西坦3例有效,至末次随访3例发作相对控制(6个月至1年1个月),余7例仍有发作(数日1次或每日数次)。13例均存在发育落后(语言落后为著),2例重度,10例中度,1例轻度。13例患儿携带SYNGAP1基因变异,均为新生变异,包括12个变异位点。其中移码变异4个,无义变异4个,错义变异2个,剪切位点变异2个。结论SYNGAP1基因相关儿童癫痫起病年龄较早,发作类型多样,主要发作类型为眼睑肌阵挛伴或不伴失神,还可有肌阵挛发作、不典型失神、跌倒发作等。丙戊酸治疗多有效,部分可为药物难治性癫痫。患儿存在不同程度发育迟缓,以语言落后为著。
简介:摘要目的探讨卵巢癌中细胞黏附分子1(cell adhesion molecule 1,CADM1)基因启动子甲基化对基因转录和蛋白表达水平的影响,及miRNA-148a对CADM1甲基化水平的调控机制。方法选取2018年6月至2020年6月在杭州师范大学附属医院行手术治疗的86例卵巢癌患者,定量检测卵巢癌组织和癌旁组织CADM1基因CpG岛甲基化水平;使用定量实时聚合酶链反应检测CADM1基因mRNA和miRNA-148a表达量;采用western blot法检测CADM1基因和DNMT1蛋白水平。使用不同浓度甲基转移酶抑制剂(5-Azacytidine,5-Aza)处理人卵巢癌SKOV3细胞,72 h后检测其CADM1 mRNA表达量。将miR-335-5p类似物(analog)、抑制物(inhibitor)和各自阴性对照分别转染入卵巢癌细胞系SKOV3,然后检测转染后的miR-335-5p表达量和CADM1基因甲基化水平。结果卵巢癌组织的CADM1-1岛的甲基化水平为(2.89±0.82)%,显著高于癌旁正常组织的甲基化水平(1.86±0.68)%(t=4.936,P<0.001),卵巢癌组织的CADM1-2岛的甲基化水平为(3.12±0.93)%,显著高于癌旁正常组织的甲基化水平(2.27±0.69)%(t=5.114,P<0.001);Pearson相关分析表明卵巢癌组织CADM1-1岛和CADM1-2岛的甲基化水平与mRNA相对表达量间均呈显著负相关(r分别为-0.615和-0.582,P均<0.001),且与CADM1蛋白表达量间也均呈显著负相关(r分别为-0.521和-0.612,P均<0.001);卵巢癌组织中的miRNA-148a相对表达量为1.53±0.42,显著低于癌旁组织中的miRNA-148a相对表达量2.59±0.73(t=6.113,P<0.001);不同浓度5-Aza处理后,SKOV3细胞CADM1基因在低浓度组和高浓度组的mRNA表达水平均显著高于对照组(P均<0.05),且高浓度组的mRNA表达水平显著高于低浓度组(P<0.05);miRNA-148a对SKOV3细胞转染后,mimic组的miRNA-148a相对表达量显著升高,inhibitor组的表达量显著降低(P<0.001),而mimic组的DNMT1表达量和CADM1基因甲基化水平显著降低,inhibitor组的DNMT1表达量和CADM1基因甲基化水平显著升高(P<0.001)。结论在卵巢癌中,miRNA-148a可通过作用下游靶蛋白DNMT1,调控CADM1基因的DNA甲基化水平,从而影响CDM1基因的mRNA和蛋白表达水平,参与卵巢癌的发病机制。
简介:摘要目的探讨人乳头瘤病毒(HPV)-DNA、巨细胞病毒(CMV)-DNA病毒含量与子宫内膜癌(EC)危险因素关系及预测模型。方法选取安徽医科大学附属宿州医院2017年1月至2020年6月EC患者58例作为观察组,根据1∶1匹配病例对照原则选取同期子宫内膜增生(EH)患者58例作为对照组。比较两组临床资料、HPV-DNA、CMV-DNA阳性率及病毒含量,经由单因素分析将P<0.05的自变量纳入Logistic回归模型,分析EC危险因素,评价HPV-DNA、CMV-DNA与EC危险因素的相关性,采用似然比卡方、拟合优度检验评价Logistic回归模型,受试者工作特征(ROC)曲线分析模型对EC的预测价值。结果观察组年龄≥ 55岁、体质量指数(BMI)≥ 24 kg/m2、有高血压史、有糖尿病史、有恶性肿瘤家族史、有激素替代治疗史均高于对照组[72.41%(42/58)比39.66%(23/58)、70.69%(41/58)比43.10%(25/58)、36.21%(21/58)比10.34%(6/58)、31.03%(18/58)比8.62%(5/58)、29.31%(17/58)比5.17%(3/58)、27.93%(17/58)比8.62%(5/58)],差异有统计学意义(P<0.05);观察组HPV阳性率、CMV阳性率、HPV-DNA、CMV-DNA病毒含量高于对照组[62.07%(36/58)比29.31%(17/58)、81.03%(47/58)比41.38%(24/58)、(471.16 ± 33.58)copies/ml比(240.08 ± 17.41)copies/ml、(256.19 ± 24.77)copies/ml比(132.27 ± 13.20)copies/ml](P<0.05);年龄≥ 55岁、BMI ≥ 24 kg/m2、高血压史、糖尿病史、恶性肿瘤家族史、激素替代治疗史、HPV阳性、CMV阳性是EC发生的危险因素(P<0.05);HPV-DNA病毒含量与EC患者年龄、恶性肿瘤家族史、糖尿病史呈正相关(P<0.05),CMV-DNA病毒含量与年龄、恶性肿瘤家族史、高血压史呈正相关(P<0.05);根据Logistic回归模型预测值和真实值绘制ROC曲线,曲线下面积为0.930(95% CI 0.885~0.976),当个体发生医院感染的预测概率>0.528时,预测灵敏度为84.48%,特异度为89.66%。结论EC发生与多种因素有关,而HPV-DNA、CMV-DNA病毒含量均是其发生的危险因素,构建基于EC病理特征及HPV-DNA、CMV-DNA病毒含量的Logistic回归模型,整体预测价值较高,具有临床应用前景。
简介:摘要目的探讨人乳头瘤病毒(HPV)-DNA、巨细胞病毒(CMV)-DNA病毒含量与子宫内膜癌(EC)危险因素关系及预测模型。方法选取安徽医科大学附属宿州医院2017年1月至2020年6月EC患者58例作为观察组,根据1∶1匹配病例对照原则选取同期子宫内膜增生(EH)患者58例作为对照组。比较两组临床资料、HPV-DNA、CMV-DNA阳性率及病毒含量,经由单因素分析将P<0.05的自变量纳入Logistic回归模型,分析EC危险因素,评价HPV-DNA、CMV-DNA与EC危险因素的相关性,采用似然比卡方、拟合优度检验评价Logistic回归模型,受试者工作特征(ROC)曲线分析模型对EC的预测价值。结果观察组年龄≥ 55岁、体质量指数(BMI)≥ 24 kg/m2、有高血压史、有糖尿病史、有恶性肿瘤家族史、有激素替代治疗史均高于对照组[72.41%(42/58)比39.66%(23/58)、70.69%(41/58)比43.10%(25/58)、36.21%(21/58)比10.34%(6/58)、31.03%(18/58)比8.62%(5/58)、29.31%(17/58)比5.17%(3/58)、27.93%(17/58)比8.62%(5/58)],差异有统计学意义(P<0.05);观察组HPV阳性率、CMV阳性率、HPV-DNA、CMV-DNA病毒含量高于对照组[62.07%(36/58)比29.31%(17/58)、81.03%(47/58)比41.38%(24/58)、(471.16 ± 33.58)copies/ml比(240.08 ± 17.41)copies/ml、(256.19 ± 24.77)copies/ml比(132.27 ± 13.20)copies/ml](P<0.05);年龄≥ 55岁、BMI ≥ 24 kg/m2、高血压史、糖尿病史、恶性肿瘤家族史、激素替代治疗史、HPV阳性、CMV阳性是EC发生的危险因素(P<0.05);HPV-DNA病毒含量与EC患者年龄、恶性肿瘤家族史、糖尿病史呈正相关(P<0.05),CMV-DNA病毒含量与年龄、恶性肿瘤家族史、高血压史呈正相关(P<0.05);根据Logistic回归模型预测值和真实值绘制ROC曲线,曲线下面积为0.930(95% CI 0.885~0.976),当个体发生医院感染的预测概率>0.528时,预测灵敏度为84.48%,特异度为89.66%。结论EC发生与多种因素有关,而HPV-DNA、CMV-DNA病毒含量均是其发生的危险因素,构建基于EC病理特征及HPV-DNA、CMV-DNA病毒含量的Logistic回归模型,整体预测价值较高,具有临床应用前景。