简介：摘要目的比较正常生育男性及少弱精子症患者DAZL基因启动子区域DNA甲基化水平的差异。方法采用病例对照研究，回顾性分析2018年6月至2019年6月期间于徐州医科大学附属连云港医院就诊的具有正常生育男性（对照组）15例和少弱精子症患者35例（少弱精子症组）的临床资料，对精液标本进行精子形态与精子浓度、活力分析。提取精液基因组DNA行亚硫酸氢盐处理，利用PCR体外扩增并将PCR产物经纯化后与pCR2.1载体连接及酶切验证，挑选阳性克隆进行测序和DNA甲基化程度差异比较。结果对照组DAZL基因启动子均呈低甲基化水平，甲基化率为0.96%±0.46%，少弱精子症组甲基化率为12.15%±11.35%，组间差异有统计学意义（P=0.000 4）；DAZL基因甲基化率在少弱精子症组患者中个体差异明显，有12例（34.3%）患者DNA甲基化水平超过10%。结论DAZL基因启动子区域甲基化异常可能和少弱精子症有关，有望成为男性生精缺陷的生物学标志之一。

简介：【摘要】目的：探究梧州市妇女人乳头瘤病毒(HPV)感染与高危型人乳头瘤病毒(HPV DNA)检测结果，为宫颈癌防治提供合理理论依据。方法：抽取梧州市2020年1月～2020年12月期间来我院就诊妇女总计142例，该142例都是先进行荧光定量PCR法HPV DNA检测，后予以反向杂交法对HPV进行基因分型确诊，对比分析结果。结果：142例就诊妇女中，总计检出HPV基因分型高危型阳性人数为97例，占比68.30%，疑似高危阳性人数为11例，占比7.75%，HPV DNA检出人数为115例，占比80.98%。结论：高危型HPV感染与宫颈癌前病变关系密切，通过HPV基因分型检测，在早期宫颈癌及癌前病变筛查中具有较高应用价值。

简介：摘要目的调查海南黎族21个非DNA联合索引系统(combined DNA index system, CODIS)基因座的遗传多态性，探讨其在法医亲子鉴定、个体识别及群体遗传学研究中的意义。方法采用荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术，对339名海南黎族无关个体的21个非CODIS基因座进行基因分型，并计算遗传学参数。结果21个非CODIS基因座在339例海南黎族无关个体中共检出173个等位基因，489种基因型，基因频率在0.0010～0.5434之间，基因型频率在0.0020～0.3274之间，杂合度分布在0.639～0.833之间，个人识别能力为0.803～0.948，三联体非父排除率为0.416～0.584，二联体非父排除率为0.140～0.238，多态信息含量为0.57～0.81，累积个人识别能力大于0.999 999 999 999 99，三联体累积非父排除率为0.999 999 883 211 752，二联体累积非父排除率为0.987 266。结论D6S474的21个短串联重复序列基因座在海南黎族群体中具有良好的遗传多态性，在个体识别及亲子鉴定中是一个高效的检测系统，可作为补充基因座用于单亲、疑难、亲缘鉴定和突变亲子鉴定案件中。

简介：摘要目的分析结肠癌全基因组DNA差异甲基化位点（DMS）及差异甲基化基因（DMG）水平，寻找结肠癌相关甲基化基因。方法在山东大学齐鲁医院结肠癌组织标本库中，随机数表法抽取5份结肠癌组织和配对癌旁组织，采用甲基化修饰依赖性内切酶测序法（Methyl-Rad）进行全基因组DNA甲基化测序，Edge R方法筛选DMS，并比较基因组不同功能元件上DMS的分布，对DMS绘制组间甲基化水平差异热图；进一步筛选DMG，对DMG进行Gene Ontology （GO）和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes （KEGG）功能富集分析。同时，下载肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库RNA测序数据分析差异表达RNA，将DMG和差异表达RNA共分析获得潜在的结肠癌相关甲基化基因，并采用实时荧光定量聚合酶链反应（RT-qPCR）和焦磷酸测序方法在30对结肠癌和癌旁组织中进行结肠癌相关甲基化基因的双向验证。基因的表达量和甲基化水平在结肠癌肿瘤组织和癌旁组织的差异采用配对样本的秩和检验进行统计学分析。结果共筛选出132 999个 CCGG和8 487个CCWGG DMS，其中CCGG和CCWGG的DMS主要分布在内含子区，比例分别为50.47%（67 127/132 999）和48.79%（4 141/8 487）。共发现1 359个CCGG和1 052个CCWGG DMG，对DMG进行GO和KEGG功能富集分析。DMG和差异表达RNA共分析发现113个结肠癌相关基因，其中14个基因在结肠癌组织中呈高甲基化且低表达，99个基因呈低甲基化且高表达。RT-qPCR和焦磷酸测序实验证实MAFA-AS1和MS4A18在结肠癌组织中呈高甲基化且低表达，而SMAD1-AS2、ARHGEF3-AS1和LOC440084则呈低甲基化且高表达，与测序结果一致（P<0.05）。结论DNA甲基化为结肠癌提供了潜在的生物标志物，并为结肠癌发生发展的分子机制提供了新的思路。

简介：摘要 目的：探究基因组DNA污染及乳腺癌单样本预测器(single sample predictor, SSP)在RNA-seq中鉴定Basal-like亚型乳腺癌的一致性与稳健性。方法：使用4种SSP联合3种数据校正方法，按比例随机去掉一定比例的非Basal-like亚型样本，并使用正态分布模拟基因组DNA对基因表达量的影响。结果：数据校正方法影响乳腺癌SSP鉴定Basal-like亚型的一致性(κ=0.733-0.964)；乳腺癌SSP可以一致鉴定出Basal-like亚型(κ=0.846-0.958)，对Basal-like亚型鉴定的稳健性高；基因组DNA污染对Basal-like亚型鉴定的一致性影响较小(κ=0.922-1)。结论：Basal-like亚型的鉴定具有高度的一致性与稳健性且受基因组DNA污染影响较小。

简介：摘要目的探讨唐氏综合征(Down syndrome, DS)DNA甲基化模式以及基因不同元件甲基化水平与DS基因表达的相关性。方法应用全基因组亚硫酸氢盐测序技术筛选来源于DS患儿和正常对照的诱导多功能干细胞(induced pluripotent stem cells，iPSCs)中差异甲基化区域(differentially methylated region，DMR)，对其在染色体和基因位置上的分布进行统计分析。通过聚类分析，研究差异基因涉及的功能。并结合全基因组表达谱数据和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR，qRT-PCR)研究不同基因元件甲基化的调控作用。结果DS iPSCs中共检测出1569个DMR，启动子区高甲基化所占比例明显高于基因体(genebody)，且DMR不富集在21号染色体上。启动子和genebody高甲基化均对基因表达起到抑制作用。聚类结果显示，具有DMR的基因显著富集在神经发育、干细胞多能性以及组织器官大小调控的相关通路上。结论DS iPSCs中DNA甲基化异常在全基因组广泛分布，DS中DNA甲基化的分布模式和调控模式均不同于正常样本，DNA甲基化可能在早期胚胎发育过程中参与了唐氏综合征DS患者神经发育异常及其他异常的发生。

简介：摘要目地回顾性分析1例线粒体DNA耗竭综合征(MTDPS)肝脑型患者的临床特点，并对脱氧鸟苷激酶DGUOK基因突变进行家系分析。方法对2019年4月河北医科大学第二医院收治的1例MTDPS患儿临床资料、治疗过程、基因检测结果进行总结分析。结果先证者，女，出生第1周开始出现反复低血糖、顽固性高乳酸血症，并伴进行性胆汁淤积性肝功能障碍、凝血功能障碍，喂养困难、体质量增长迟缓，小头畸形、肌力差、逐渐出现双眼间断性震颤，最终未能存活。基因检测发现该患儿为DGUOK基因复合杂合突变c.42-c.43insTTCA(p.F15fs129X)/c.808-1(IVS6)G>A，前者为移码突变，产生截短蛋白，后者为剪切突变，导致异常剪切。患儿父母各携带1个DGUOK基因突变，患儿姐姐此2个位点均无突变发生。结论此2种突变均系世界范围内首次报道。MTDPS中的DGUOK基因突变是婴儿肝衰竭的一个重要原因。当新生儿及婴儿期出现低血糖、高乳酸血症、肝功能异常，婴儿或儿童患有急性肝衰竭时，即使缺乏神经肌肉受累，也应考虑进行DGOUK基因测序筛查，以便早期明确诊断。

简介：摘要目的探索局部晚期食管鳞癌同期放化疗敏感性相关基因及分子标志物。方法收集2017—2018年间31例在中国医学科学院肿瘤医院采用根治性同期放化疗的局部晚期食管鳞癌患者治疗前外周血并提取血浆Cf DNA，采用基于NovaSeq6000高通量测序平台的目标基因捕获测序技术检测靶基因与肿瘤突变负荷(TMB)变化。根据放化疗近期疗效将患者分为放化疗敏感组(CR+PR)和放化疗抗拒组(SD+PD)，综合生物信息学和临床资料分析两组间的基因突变和TMB差异。结果31例患者测序数据中突变频率>10%的肿瘤相关基因为Tp53、NOTCH1、BRAF、FGFR4、CDKN2A、ATRX和AXIN2，他们在放化疗敏感组和放化疗抗拒组均有分布且相近。高频突变基因主要与7条信号通路相关，主要涉及凋亡信号通路和细胞周期信号通路等，它们主要参与的是RTK-RAS信号通路。放化疗敏感组患者TMB值高于放化疗抵抗组(P＝0.04)，但GXYLT1和KRT18基因在放化疗抵抗组患者的突变率高于放化疗敏感组(P<0.05)。结论Tp53、NOTCH1和CDKN2A可能是与食管鳞癌发生发展相关的高频突变基因，而KRT18、GXYLT1和TMB与局部晚期食管鳞癌患者同期放化疗敏感性密切相关。

简介：摘要目的研究DNA甲基化介导的Klotho基因表达沉默在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的预后价值。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中搜集有关HNSCC患者标准化的上四分位转录组测序(RNA-seq)V2RSEM值和Klotho基因DNA甲基化的β值的信息，评估Klotho基因表达及其DNA甲基化与患者存活率之间的关系，分析其风险比及其95%置信区间。结果在HNSCC患者中，Klotho基因的表达水平与其DNA甲基化水平相反，且Klotho基因表达水平与HNSCC患者总生存期呈正相关，而其DNA甲基化水平与总生存期呈负相关。此外，Klotho基因DNA甲基化水平与患者的性别肿瘤分级(P<0.01)和肿瘤位置(P<0.01)之间明显相关。结论在HNSCC患者中，Klotho基因DNA甲基化抑制蛋白的表达，Klotho基因低表达及其DNA高甲基化可作为提示患者预后不良的潜在的生物标志。

简介：摘要：当下法医最为常用的物证检验鉴定方式便是DNA鉴定技术，这一技术也是当下生物基因研究领域准确率最高、最先进的技术。在社会发展速度逐渐加快的背景之下，该项技术被广泛应用在司法领域之中，解决了一系列的司法问题。但在使用过程中，也产生了一系列的问题，主要体现在伦理、法律、社会以及家庭等多个方面。基于此，就需要从现代社会伦理的角度探析亲子鉴定这一技术，将DNA鉴定技术的优势放至最大，这也是确保其严格遵循社会道德的关键依据。

简介：摘要目的检测p53和DNA损伤调控基因1(PDRG1)在结直肠癌细胞中的表达，探讨PDRG1在结直肠癌细胞增殖、侵袭及迁移过程中的作用及其机制。方法实时定量反转录聚合酶链反应法(RT-qPCR)和蛋白质印迹法(Western blot)检测结肠癌(SW620)和正常结肠(NCM460)2种细胞中PDRG1 mRNA及蛋白的表达。转染PDRG1过表达载体和小干扰RNA(siRNA)感染序列至SW620细胞，实验分为3组，过表达转染组，阴性转染对照组，抑制组。Western blot检测PDRG1、锌指蛋白转录因子1(Snail1)、上皮型钙黏附蛋白(E-Cadherin)、波形蛋白(Vimentin)和甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)蛋白的表达。细胞计数试剂盒(CCK-8)，Transwell小室检测细胞增殖、迁移及侵袭能力。检测转染Snail1 siRNA感染序列对过表达PDRG1 SW620的影响。计数数据采用χ2检验或者Fisher′s精确检验，采用t检验比较各组间差异。结果PDRG1 mRNA和蛋白在SW620的相对表达量分别为1.853±0.118、1.563±0.064，明显高于NCM460中的1.00±0.00、1.00±0.00(t＝12.51、15.08，P<0.01)。SW620细胞转染PDRG1过表达载体后mRNA和蛋白的相对表达量较对照组(t＝20.073、16.842，P<0.01)明显升高，转染72 h后细胞增殖水平高于对照组(t＝4.857，P<0.01)，侵袭和迁移细胞数122.3±18.1、174.6±13.2，较对照组99.5±16.2、110.5±12.2明显增加(t＝2.956、11.271，P<0.01)。Snail1、Vimentin的表达明显升高(t＝9.756、10.950，P<0.01)，E-Cadherin的表达明显降低(t＝-6.060，P<0.01)。SW620细胞转染PDRG1 siRNA后mRNA和蛋白的表达较对照组明显降低(t＝8.072、12.704，P<0.01)，转染48、72 h后增殖水平低于对照组(t＝5.557、-4.782，P<0.01)，侵袭和迁移细胞数(30.8±8.6、37.5±8.9)，较对照组(117.6±12.8、126.9±11.9)明显降低(t＝-17.734、-18.873，P<0.01)。Snail1、Vimentin蛋白的表达明显降低(t＝-7.588、-7.187，P<0.01)，E-Cadherin的表达明显升高(t＝13.239，P<0.01)。转染Snail1 siRNA感染序列逆转了PDRG1调节的上皮-间充质化(EMT)过程和细胞迁移和侵袭。结论PDRG1可通过调控Snail1的表达来影响EMT过程，从而促进肿瘤细胞的增殖，侵袭和迁移。

简介：摘要面对各种因素导致的DNA损伤，细胞有一套应答修复机制。其中细胞周期阻滞在DNA损伤应答修复中扮演了重要角色，为修复受损DNA创造了条件。关于细胞周期调控的研究集中于细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶（CDK）与细胞周期检查点等方面。在DNA损伤修复过程中，损伤位点募集的磷脂酰肌醇-3-激酶样激酶（PIKKs）可引起细胞周期检查点相关蛋白的激活，导致细胞周期阻滞。在碱基切除修复、核苷酸切除修复、错配修复、DNA双链断裂修复等常见的DNA损伤修复途径中，招募的损伤修复相关蛋白在细胞周期调控中也起到一定的作用。因此综述了主要DNA损伤修复形式与细胞周期阻滞之间的关系及研究进展。

简介：摘要DNMT1不仅是一种重要的DNA甲基转移酶，维持子代与亲代甲基修饰的统一，它的N端还含有特异性序列，使其在DNA损伤应答反应中发挥重要作用。DNA损伤应答反应是细胞对DNA损伤反应的统称，包括对DNA损伤信号的识别和放大、招募DNA修复因子启动修复通路和协调周期调控、诱发细胞凋亡。本文对DNMT1的作用、DNA损伤应答反应过程以及DNMT1通过参与损伤信号的感知和传导，调控DNA修复、周期检查点停滞和细胞凋亡参与DNA损伤应答反应过程加以综述。

简介：

简介：摘要：在科学技术支撑下的法医学发展道路上，DNA检测技术的应用可谓是一场技术性革命。在法医物证期间，通过分析和检验DNA长度多态性和序列多态性，能够比较准确的实现亲权坚定，完成个体识别。在当前法医物证坚定工作中，DNA检验技术是比较具有技术性的检验手段，本文基于当前我国法医物证DNA检测技术发展现状，探究DNA检验存在的问题，并分析问题应对措施。

简介：摘要目的通过观察高灵敏乙型肝炎病毒(hepatitis B virus，HBV)DNA阴性的慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B，CHB)患者的血清乙型肝炎病毒前基因组RNA(hepatitis B virus pregenomic RNA，HBV pgRNA)水平，分析其与其他临床指标的相关性。方法纳入2019年7月至12月在南昌大学第一附属医院就诊的高灵敏HBV DNA检测均为阴性的70例初治CHB患者。比较乙型肝炎e抗原(hepatitis B e antigen，HBeAg)阳性患者和阴性患者年龄、性别、丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶、乙型肝炎表面抗原(hepatitis B surface antigen，HBsAg)、HBV pgRNA等水平的差异。统计学分析采用独立样本t检验和χ2检验，采用皮尔逊相关分析HBV pgRNA和HBeAg及HBsAg水平之间的相关性。结果70例患者中，HBeAg阳性患者25例，其中男14例，HBV pgRNA阳性25例；HBeAg阴性患者45例，其中男32例，HBV pgRNA阳性33例。HBeAg阳性患者和阴性患者的年龄[(36±9)岁比(45±12)岁]、HBV pgRNA低于检出下限比例[0比26.67%(12/45)]、血清HBV pgRNA水平[(3.22±1.08) lg拷贝/mL比(2.38±0.98) lg拷贝/mL]差异均有统计学意义(t＝8.382，P＝0.002; χ2＝5.331，P<0.01；t＝9.370，P＝0.003)。HBeAg阳性患者和阴性患者的性别比、HBsAg[(2.92±0.88) lg IU/mL比(2.62±0.87) lg IU/mL]、丙氨酸转氨酶[(24.46±11.63) U/L比(22.49±12.17) U/L]和天冬氨酸转氨酶[(23.67±8.49) U/L比(24.65±6.77) U/L]水平差异均无统计学意义(均P>0.05)。皮尔逊相关分析显示，HBV pgRNA与HBsAg无显著相关性(r＝0.146，P＝0.275)，与HBeAg呈显著正相关(r＝0.467，P<0.01)。血清HBV pgRNA阳性患者中，HBV pgRNA最高达6.13 lg拷贝/mL。结论即使在高灵敏HBV DNA阴性的情况下，CHB患者的HBV pgRNA检出率仍较高，HBeAg阳性CHB患者血清HBV pgRNA水平检出率高于HBeAg阴性患者。HBV pgRNA与HBeAg呈正相关。

简介：摘要目的分析血浆循环肿瘤DNA （ctDNA）与肿瘤组织DNA检测晚期结直肠癌患者KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA基因突变的一致性，同时探索影响两者一致性的因素。方法纳入 2018年12月至2020年5月就诊于复旦大学附属中山医院的晚期结直肠癌患者165例，收集患者的ctDNA及组织基因检测结果、临床病理信息、治疗情况等。分析ctDNA与肿瘤检测KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA基因突变的一致性及影响因素。结果165例晚期结直肠癌患者［中位年龄61（28~84）岁，男102例，女63例］均接受了血浆ctDNA检测，ctDNA中KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA基因突变检出率分别为27.30%、2.42%、6.06%及9.70%。其中128例患者接受过组织基因检测，组织中KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA的突变检出率分别为30.47%、2.34%、7.03%及3.13%。血浆ctDNA与组织DNA检测KRAS/NRAS/RAF/PIK3CA基因突变的总体一致率为62.50 %（Kappa=0.200，P=0.023）。单因素分析发现，初诊未治组以及肝转移组中基因检测的一致性较高［OR 95%CI为0.206（0.043~0.985），P=0.048］，而肺转移组中的一致性较低。结论血浆ctDNA与组织DNA检测KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA基因突变存在一定的差异，抗肿瘤治疗以及肿瘤转移部位可能是影响不一致的重要因素。

简介：摘要循环肿瘤DNA（ctDNA）在肿瘤药物疗效预测、耐药监测、高危人群筛查、鉴别诊断、微小残余病变监测和预后判断等方面都展现出潜的在应用价值。其中基于ctDNA特定基因突变的标志物已写入部分肿瘤的临床诊疗指南，用于预测肿瘤药物疗效和监测耐药，国内外也有少量批准的伴随诊断试剂用于临床实验室检测。但是，大部分ctDNA相关标志物的临床有效性仍然处于医学研究阶段。实验室自建方法（LDT）的建立和性能确认，也是目前ctDNA临床应用亟需解决的问题。目前的ctDNA临床应用，是机遇和挑战并存的。

简介：摘要目的分析囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR）基因变异患儿临床特征。方法回顾性分析2013年12月至2020年10月就诊于重庆医科大学附属儿童医院经全外显子测序确定存在CFTR基因变异7例患儿的一般情况、临床表现、基因测序结果、诊断、治疗情况。结果7例患儿（男2例，女5例），年龄5.2（0.5~11.3）岁，主要临床表现为营养不良5例、反复呼吸道感染4例、支气管扩张3例、脂肪泻3例、婴儿期呕吐2例、肝硬化2例、胎粪性肠梗阻1例、代谢性碱中毒及低氯血症1例。经全外显子测序和Sanger 测序验证共发现15个变异位点，其中3个为新发现变异，7个为错义变异。4例患儿确诊为囊性纤维化，3例患儿囊性纤维化诊断依据不足，更倾向于诊断CFTR基因相关性疾病（CFTR-RD）。相较于囊性纤维化患儿，CFTR-RD患儿胰腺功能不全及进行性肺功能损伤表现较轻。6例患儿经对症治疗后，症状均得到控制，1例患儿因肺部感染重、严重水盐代谢紊乱放弃出院。结论CFTR基因变异相关疾病的发病年龄、变异位点及临床表现多样，全外显子测序可协助诊断。部分患儿CFTR基因变异致病性质不明，诊断囊性纤维化依据不足，不可过度诊断或漏诊，需警惕CFTR-RD，从而进行长期规范化管理。

简介：摘要单基因肾结石病虽在临床较为少见，但其逐年增加的发病率及对患者身心健康的影响足以引起重视。目前单基因肾结石病的治疗尚停留于药物及手术层面，本文以原发性高草酸尿症基因治疗的进展为切入点，对单基因肾结石病在病因学层面的治疗进行论述，以期推动更多基因治疗层面的研究和尝试，推动基因治疗方式和药物的研发与探索，推动单基因肾结石病精准化及个体的治疗模式的完善，进而提升该病的诊疗水平。